基于ISSR分子标记对蒙古沙冬青遗传多样性研究
发布时间：2020-12-02 13:19
蒙古沙冬青（Ammopiptanthus mongolicus）属于豆科沙冬青属（Ammopiptanthus）常绿阔叶灌木,也是阿拉善荒漠地区特有且唯一的超旱生常绿阔叶灌木,作为古地中海第三纪孑遗植物,已被列为国家三级珍稀濒危保护植物。沙冬青种群分布呈现出斑块状分布,其分布区由于地处于生态系统脆弱、极端气候多发地带,以及人类活动等原因,种群数量发生明显下降的趋势。因此探寻气候变化下种群遗传结构与其遗传多样性,不仅对合理利用沙冬青遗传资源及育种具有重要的参考价值,而且在研究不同微生境下沙冬青的进化方向和其生长地区的环境的关系方面也具有指导意义,为后续对沙冬青的其它研究奠定了基础。具体研究结果如下:1.通过正交试验法对沙冬青的ISSR-PCR反应体系进行优化。确定了沙冬青的最佳反应体系（20μ L）为:10μL mix、1 μL引物、5μL DNA模板、4uL水。以该体系为基础对引物进行筛选,从哥伦比亚大学公布的100条通用引物中共筛选出15条适合沙冬青扩增的引物,分别为UBC808、UBC826、UBC827、UBC856、UBC857、UBC888、UBC889和UBC890,并利用...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１技术路线图??Ｆｉｇ．?１?Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?Ｒｏａｄｍａｐ??
样本被带入实验室超低温保存直至ＤＮＡ的萃取，见表１。??表１沙冬青采样种群??Ｔａｂｌ?Ｔｈｅ?ｓａｍｐｌｉｎｇ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?Ａｍｍｏｐｉｐｔａｎｔｈｕｓ?ｍｏｎｇｏｌｉｃｕｓ??种群?种群来源?ｍ．?讳度?海拔?样本编号??ＡＬＳＺＮＲＧ?阿拉善左旗诺闩公?１０４。５３＇４４．７＂?４０°?１０３０＂?１４１１．８３?１－２０??ＥＪＮＹＧ?额济纳雅杆?１０３°１３，１２＂?４１°３７＇３７＂?１００１．６２?２?Ｍ０??ＡＬＳＹＳＨＴ?阿拉善右旗苏海图?１０６°３３＇４２〃?４０°０９，１０，＞?１０５９．１８?４１－６０??ＨＬＳ?贺兰山?１０６。０１＇５７＂?３９〇０３，１，，１?２０４７．９８?６１－８０??ＤＫ?巴彦淖尔磴口?４０。２５＇４３＂?１０５５．８?８１－１００??ＡＬＳＺＣＨＥ?阿拉善左旗查哈尔?１０５。４９，４９，，?３９０２８２５＂?１１４６．０３?１０１－１２０??ＷＬＴＨ?乌拉特后旗?１０６。３３，４２＂?４１°１６，２９＂?１８２１．８５?１２１－１４０??ＡＬＳＹ?Ｐ?可拉善右旗?１０１。４５，１７＂?３９。１６，５０＂?１５９４．９７?１４１－１６０??ＷＨ?乌海?１０６。３９，４９＂?３９°３４，５４＂?１１１３．６５?１６１－１８０??ＷＬＴＱ?乌拉特前旗?１０８。４０’５７＂?４０。４３２８＂?１１８４．２０?１８１－２００??
?胀因子（ＶＩＦ）分析来减少多重共线性［６８］。去除具有高ＶＴＦ值（ＶＩＦ＞１０）的变量，??然后计算保留的生物气候变量在种群中的环境距离用于测试ＩＢＥ假设（图５）。通??过计算确定影响沙冬青种群遗传结构的最可能的环境因素。??通过Ｍａｎｔｅｌ?（或部分Ｍａｎｔｅｌ）测试进行模型选择以评估１９个模型，每个生物??气候距离作为ＭＬＰＥ中的固定因子。这些单生物气候距离ＩＢＥ模型按ＡＩＣ排序，??具有最低ＡＩＣ的模型被认为是预测种群遗传结构的最佳模型。??进行ＩＢＤ假说模型时，将遗传距离用作响应，地理距离用作预测因子，环境??距离用作条件因子。??具体操作步骤可见影响种群遗传结构的环境因素的实验设计流程图（图２）。??（ａ）从数据库中提取生物气候层；（ｂ）使用方差膨胀因子（ＶＩＦ）分析去除具有??多重共线性的因子（层）：丢弃ＶＩＦ＞?１０的因子；（ｃ）通过部分Ｍａｎｔｅｌ检验将剩??余的生物气候因子（ｂｉｏ３，ｂｉｏ４，ｂｉｏ６和ｂｉｏｌ８）与遗传距离相关联，并找出关键的??生物气候因子（ｂｉｏｌ８）?；?（ｄ）最终确定与关键生物气候因素（ｂｉｏｌ２，ｂｉｏｌ３，ｂｉｏｌ６??和ｂｉｏｌ８）相关的因素。??ａ?ｂ??下载１９个气象数据资料?去除共线性因子??????：．．＇丨．＊?參??：芸：ＶＩＦ分析－?減??？ｚ??ｃ?ｄ??分析影响遗彳雜构的?确定最终影响因子??气候因子??ｔｆｔ?Ｍｍｕｍｔ??．．．．?｜ｕ?’?』?３??Ｍａｎｔｅｌ检，．旬?．，?ｒ?．??验?■？？．＝
【参考文献】：
期刊论文
[1]3种药用甘草的遗传多样性研究进展[J]. 李文斌,罗琳,崔洁,陈晓玉,侯俊玲,王文全. 中药材. 2019(02)
[2]寒地稗草ISSR-PCR反应体系的正交优化[J]. 张婉茹,杨军丽,吴丽群,吴姝菊,王晓萍. 分子植物育种. 2019(02)
[3]基于植物转座子的分子标记研究进展[J]. 何虎翼,樊吴静,唐洲萍,杨鑫,李丽淑,谭冠宁,何新民. 江苏农业科学. 2018(23)
[4]西北干旱区孑遗濒危植物蒙古沙冬青群落特征及与环境因子的关系[J]. 段义忠,杜忠毓,亢福仁. 植物研究. 2018(06)
[5]PEG6000模拟干旱胁迫对2种沙冬青种子萌发的影响[J]. 姜生秀,严子柱,吴昊. 西北林学院学报. 2018(05)
[6]中国大豆种质资源遗传多样性研究进展[J]. 蒲艳艳,宫永超,李娜娜,刘艳,王秋玲,宋东涛,颜廷进,丁汉凤. 大豆科学. 2018(02)
[7]孑遗濒危植物蒙古沙冬青ISSR遗传多样性分析[J]. 段义忠,王建武,亢福仁. 分子植物育种. 2018(15)
[8]沙地云杉、沙冬青和山杏ISSR-PCR反应体系优化及种间多态性比较[J]. 郑舒文,洪晓松,王昊. 江苏农业科学. 2018(02)
[9]沙冬青属植物研究进展[J]. 李晓燕,廖里平,高永,党晓宏,尉迟文思,程波,张岑. 草地学报. 2017(05)
[10]中国沙冬青属植物的地理分布及生境特征[J]. 刘美,吴世新,潘伯荣,王丹. 干旱区地理. 2017(02)
博士论文
[1]中国特有第三纪孑遗植物香果树（Emmenopterys henryi）的亲缘地理学和景观遗传学研究[D]. 张永华.浙江大学 2016
[2]基于SSR、SNP和形态学标记的甘薯种质资源遗传多样性研究[D]. 杨新笋.中国农业大学 2016
[3]沙冬青根瘤内生细菌多样性及生物地理研究[D]. 赵亮.西北农林科技大学 2015
[4]野生紫花苜蓿种质资源遗传多样性研究[D]. 关潇.北京林业大学 2009
[5]沙冬青与根瘤菌和丛枝菌根真菌（AMF）共生关系影响因素的研究[D]. 王华.北京林业大学 2008
硕士论文
[1]中国北部和蒙古国山羽藓遗传多样性及五大连池火山群山羽藓谱系地理学的研究[D]. 麻扬.内蒙古大学 2018
[2]基于SSR和ISSR梁子湖野生菰种质资源遗传多样性研究[D]. 董琳.江西财经大学 2018
[3]阿拉善荒漠区沙冬青种群特征与遗传多样性[D]. 李梓豪.内蒙古农业大学 2016
[4]线叶忍冬群落学特征及线叶忍冬繁殖特性[D]. 李亚兰.新疆农业大学 2016
[5]沙冬青繁殖行为与种群自组织更新[D]. 赵新艳.内蒙古农业大学 2009
本文编号：2895378
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：51 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１技术路线图??Ｆｉｇ．?１?Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ?Ｒｏａｄｍａｐ??
样本被带入实验室超低温保存直至ＤＮＡ的萃取，见表１。??表１沙冬青采样种群??Ｔａｂｌ?Ｔｈｅ?ｓａｍｐｌｉｎｇ?ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ?ｏｆ?Ａｍｍｏｐｉｐｔａｎｔｈｕｓ?ｍｏｎｇｏｌｉｃｕｓ??种群?种群来源?ｍ．?讳度?海拔?样本编号??ＡＬＳＺＮＲＧ?阿拉善左旗诺闩公?１０４。５３＇４４．７＂?４０°?１０３０＂?１４１１．８３?１－２０??ＥＪＮＹＧ?额济纳雅杆?１０３°１３，１２＂?４１°３７＇３７＂?１００１．６２?２?Ｍ０??ＡＬＳＹＳＨＴ?阿拉善右旗苏海图?１０６°３３＇４２〃?４０°０９，１０，＞?１０５９．１８?４１－６０??ＨＬＳ?贺兰山?１０６。０１＇５７＂?３９〇０３，１，，１?２０４７．９８?６１－８０??ＤＫ?巴彦淖尔磴口?４０。２５＇４３＂?１０５５．８?８１－１００??ＡＬＳＺＣＨＥ?阿拉善左旗查哈尔?１０５。４９，４９，，?３９０２８２５＂?１１４６．０３?１０１－１２０??ＷＬＴＨ?乌拉特后旗?１０６。３３，４２＂?４１°１６，２９＂?１８２１．８５?１２１－１４０??ＡＬＳＹ?Ｐ?可拉善右旗?１０１。４５，１７＂?３９。１６，５０＂?１５９４．９７?１４１－１６０??ＷＨ?乌海?１０６。３９，４９＂?３９°３４，５４＂?１１１３．６５?１６１－１８０??ＷＬＴＱ?乌拉特前旗?１０８。４０’５７＂?４０。４３２８＂?１１８４．２０?１８１－２００??
?胀因子（ＶＩＦ）分析来减少多重共线性［６８］。去除具有高ＶＴＦ值（ＶＩＦ＞１０）的变量，??然后计算保留的生物气候变量在种群中的环境距离用于测试ＩＢＥ假设（图５）。通??过计算确定影响沙冬青种群遗传结构的最可能的环境因素。??通过Ｍａｎｔｅｌ?（或部分Ｍａｎｔｅｌ）测试进行模型选择以评估１９个模型，每个生物??气候距离作为ＭＬＰＥ中的固定因子。这些单生物气候距离ＩＢＥ模型按ＡＩＣ排序，??具有最低ＡＩＣ的模型被认为是预测种群遗传结构的最佳模型。??进行ＩＢＤ假说模型时，将遗传距离用作响应，地理距离用作预测因子，环境??距离用作条件因子。??具体操作步骤可见影响种群遗传结构的环境因素的实验设计流程图（图２）。??（ａ）从数据库中提取生物气候层；（ｂ）使用方差膨胀因子（ＶＩＦ）分析去除具有??多重共线性的因子（层）：丢弃ＶＩＦ＞?１０的因子；（ｃ）通过部分Ｍａｎｔｅｌ检验将剩??余的生物气候因子（ｂｉｏ３，ｂｉｏ４，ｂｉｏ６和ｂｉｏｌ８）与遗传距离相关联，并找出关键的??生物气候因子（ｂｉｏｌ８）?；?（ｄ）最终确定与关键生物气候因素（ｂｉｏｌ２，ｂｉｏｌ３，ｂｉｏｌ６??和ｂｉｏｌ８）相关的因素。??ａ?ｂ??下载１９个气象数据资料?去除共线性因子??????：．．＇丨．＊?參??：芸：ＶＩＦ分析－?減??？ｚ??ｃ?ｄ??分析影响遗彳雜构的?确定最终影响因子??气候因子??ｔｆｔ?Ｍｍｕｍｔ??．．．．?｜ｕ?’?』?３??Ｍａｎｔｅｌ检，．旬?．，?ｒ?．??验?■？？．＝
【参考文献】：
期刊论文
[1]3种药用甘草的遗传多样性研究进展[J]. 李文斌,罗琳,崔洁,陈晓玉,侯俊玲,王文全. 中药材. 2019(02)
[2]寒地稗草ISSR-PCR反应体系的正交优化[J]. 张婉茹,杨军丽,吴丽群,吴姝菊,王晓萍. 分子植物育种. 2019(02)
[3]基于植物转座子的分子标记研究进展[J]. 何虎翼,樊吴静,唐洲萍,杨鑫,李丽淑,谭冠宁,何新民. 江苏农业科学. 2018(23)
[4]西北干旱区孑遗濒危植物蒙古沙冬青群落特征及与环境因子的关系[J]. 段义忠,杜忠毓,亢福仁. 植物研究. 2018(06)
[5]PEG6000模拟干旱胁迫对2种沙冬青种子萌发的影响[J]. 姜生秀,严子柱,吴昊. 西北林学院学报. 2018(05)
[6]中国大豆种质资源遗传多样性研究进展[J]. 蒲艳艳,宫永超,李娜娜,刘艳,王秋玲,宋东涛,颜廷进,丁汉凤. 大豆科学. 2018(02)
[7]孑遗濒危植物蒙古沙冬青ISSR遗传多样性分析[J]. 段义忠,王建武,亢福仁. 分子植物育种. 2018(15)
[8]沙地云杉、沙冬青和山杏ISSR-PCR反应体系优化及种间多态性比较[J]. 郑舒文,洪晓松,王昊. 江苏农业科学. 2018(02)
[9]沙冬青属植物研究进展[J]. 李晓燕,廖里平,高永,党晓宏,尉迟文思,程波,张岑. 草地学报. 2017(05)
[10]中国沙冬青属植物的地理分布及生境特征[J]. 刘美,吴世新,潘伯荣,王丹. 干旱区地理. 2017(02)
博士论文
[1]中国特有第三纪孑遗植物香果树（Emmenopterys henryi）的亲缘地理学和景观遗传学研究[D]. 张永华.浙江大学 2016
[2]基于SSR、SNP和形态学标记的甘薯种质资源遗传多样性研究[D]. 杨新笋.中国农业大学 2016
[3]沙冬青根瘤内生细菌多样性及生物地理研究[D]. 赵亮.西北农林科技大学 2015
[4]野生紫花苜蓿种质资源遗传多样性研究[D]. 关潇.北京林业大学 2009
[5]沙冬青与根瘤菌和丛枝菌根真菌（AMF）共生关系影响因素的研究[D]. 王华.北京林业大学 2008
硕士论文
[1]中国北部和蒙古国山羽藓遗传多样性及五大连池火山群山羽藓谱系地理学的研究[D]. 麻扬.内蒙古大学 2018
[2]基于SSR和ISSR梁子湖野生菰种质资源遗传多样性研究[D]. 董琳.江西财经大学 2018
[3]阿拉善荒漠区沙冬青种群特征与遗传多样性[D]. 李梓豪.内蒙古农业大学 2016
[4]线叶忍冬群落学特征及线叶忍冬繁殖特性[D]. 李亚兰.新疆农业大学 2016
[5]沙冬青繁殖行为与种群自组织更新[D]. 赵新艳.内蒙古农业大学 2009
本文编号：2895378
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