厚壁毛竹笋—竹发育进程的转录组分析

发布时间：2023-12-24 13:16

　　厚壁毛竹(Phyllostachys edulis‘Pachyloen’)是唯一一个具有竹壁显著增厚,秆基近实心、抗性强、生物量大、遗传稳定等优良性状的毛竹新品种,是我国首个获得植物新品种保护权的竹类。以毛竹全基因组为参考,利用Illumina Hi Seq TM 2500测序仪,根据地下茎上芽的年生长发育周期,同时采集厚壁毛竹、毛竹对照从9月到翌年4月每月20日前后的共16个笋芽样品,分别进行双末端(paired-end)转录组测序,首次获得了厚壁毛竹的转录组分析信息。1.对转录组测序数据进行过滤、筛选,得到满足生物信息学分析的厚壁毛竹(笋芽分化-出笋成竹)的8个时节的转录组,数据量为2.4-4.3 Gb;毛竹对照8个转录组,数据量为1.7-5.6 Gb。2.基于毛竹全基因组,厚壁毛竹、毛竹对照的转录组测序读长比对率分别为48.46-79.03%,66.02-80.97%;比对到的基因数均为2.7-2.8万个,约占毛竹参考基因总数的88%。利用Gene cluster软件,分析了全基因表达谱,发现厚壁毛竹、毛竹对照的鞭芽发育进程一致。3.通过对厚壁毛竹、毛竹对照8个节气点共16个转录...

【文章页数】：106 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 引言
    1.2 国内外研究进展
        1.2.1 厚壁毛竹研究背景
        1.2.2 竹类植物基因组学方面的研究进展
        1.2.3 转录组学研究进展
    1.3 研究目标与主要研究内容
        1.3.1 研究目标
        1.3.2 主要研究内容
    1.4 研究技术路线
第二章 实验材料与方法
    2.1 实验材料
    2.2 测序文库制备
        2.2.1 主要仪器设备和实验所用试剂
        2.2.2 RNA提取准备工作
        2.2.3 总RNA提取
        2.2.4 总RNA质量检测
        2.2.5 cDNA文库制备
        2.2.6 测序文库构建和上机测序
        2.2.7 实时定量PCR验证
第三章 转录组测序数据
    3.1 测序数据处理与质量控制
    3.2 测序数据质量评价
    3.3 转录组数据比对分析
        3.3.1 厚壁毛竹转录组数据比对
        3.3.2 毛竹对照转录组数据比对
        3.3.3 基因表达注释
    3.4 本章小结
第四章 基因表达分析
    4.1 基因表达数量分析
    4.2 基因表达交并集分析
    4.3 基因表达量计算（RPKM）
    4.4 基因表达聚类
    4.5 本章小结
第五章 差异表达基因功能注释
    5.1 差异表达基因筛选
    5.2 差异基因功能注释
        5.2.1 差异基因GO功能富集分析
        5.2.2 差异基因KEGG Pathway富集分析
    5.3 本章小结
第六章 新转录本及可变剪切预测
    6.1 新转录本预测
    6.2 可变剪切预测
    6.3 本章小结
第七章 结论与讨论
    7.1 结论
    7.2 讨论
    7.3 展望
参考文献
附录
在读期间的学术研究
致谢
详细摘要



本文编号：3874584