吉富罗非鱼抗病与易感家系的筛选及感染无乳链球菌后转录组和蛋白质组研究
发布时间：2023-11-14 19:29
吉富罗非鱼(GIFT strain Oreochromis niloticu)是由尼罗罗非鱼改良而成的新品种[1],具有生长速度快、出肉率高和易捕捞等优点,目前是我国罗非鱼(Oreochromis spp)养殖的主导品种。由于养殖模式和养殖环境的改变,罗非鱼无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)病频发,该病已成为制约产业可持续发展的瓶颈。因此,亟需要弄清楚吉富罗非鱼感染无乳链球菌后的免疫应答反应,挖掘出抗无乳链球菌病关键基因,为后续通过分子标记辅助选育或基因编辑方法培育出抗病新品种提供技术支撑。在此背景下,本文拟通过构建吉富罗非鱼家系,采用人工感染无乳链球菌和检测肝脏免疫相关酶活性的方法,筛选出高抗病家系和易感病家系,再对两个家系鱼的脾脏组织进行转录组和蛋白质组测序,联合分析筛选出抗病候选基因并进行验证。实验结果如下:1.吉富罗非鱼家系的构建及抗无乳链球菌感染能力的评估按雌雄鱼1:1配对,构建吉富罗非鱼家系53个,采用人工腹腔注射方式感染无乳链球菌,根据感染后家系的存活率和死亡时间评估其抗感染能力。结果发现,感染存活率在90%以上的家系有12个,在70%～89%...
【文章页数】：119 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
文中关键缩略词中英文对照表
第一章 文献综述
1. 罗非鱼产业发展概况
2. 无乳链球菌病的症状、致病机理及防治措施
2.1 致病症状
2.2 致病机理及途径
2.3 防治措施
3. 选择育种
4. 鱼类抗病性状相关组学研究进展
4.1 鱼类抗病选育转录组学研究进展
4.2 鱼类抗病选育蛋白质组学研究进展
5. 罗非鱼免疫相关基因研究进展
6. 本论文研究的目的和意义
第二章 吉富罗非鱼家系的构建及抗病性能评估
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验材料来源
2.2 家系构建
2.3 HN016菌株的复壮与培养
2.4 无乳链球菌(HN016菌株)半数致死浓度的测定
2.5 家系鱼人工腹腔注射感染无乳链球菌
2.6 免疫相关酶活力的测定
2.7 统计分析
3. 结果
3.1 家系构建结果
3.2 无乳链球菌HN016菌株感染吉富罗非鱼半数致死浓度
3.3 吉富罗非鱼感染无乳链球菌后的症状
3.4 不同家系出现发病症状时间分析
3.5 不同家系感染无乳链球菌HN016菌株结果
3.6 高抗病和易感病家系感染无乳链球菌后肝脏免疫相关酶活性表达差异
4. 讨论
5. 小结
第三章 吉富罗非鱼不同抗性家系感染无乳链球菌后脾脏转录组差异分析
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验动物
2.2 HN016菌株的复壮与培养
2.3 HN016菌株感染实验及样品收集
2.4 RNA提取、文库构建和测序
2.5 测序数据从头组装
2.6 基因注释
2.7 差异表达基因的鉴定
2.8 基于qPCR的实验验证
3. 结果
3.1 吉富罗非鱼脾脏组织表达短序序列分析
3.2 吉富罗非鱼脾脏组织转录组测序的组装
3.3 基因识别与注释
3.4 差异表达基因的鉴定与分析
3.5 基因的富集与通路分析
3.6 RNA-seq结果的qPCR验证
4. 讨论
4.1 免疫成分
4.2 病原体识别
4.3 氧化应激/凋亡
5. 小结
第四章 吉富罗非鱼不同抗病性家系脾脏蛋白质组差异分析
1. 引言
2. 实验材料与方法
2.1 实验样品来源
2.2 脾脏组织蛋白质的提取及iTRAQ操作流程
3. 实验结果与分析
3.1 吉富罗非鱼脾脏蛋白质提取结果
3.2 二维液相色谱分离
3.3 蛋白质鉴定结果
3.4 差异表达蛋白质(DEPs)的筛选
3.5 差异蛋白质分析
3.6 易感病家系和高抗病家系DEPs分析(组间分析)
3.7 蛋白质组和转录组联合分析
4. 讨论
4.1 抗氧化应激
4.2 细胞骨架
4.3 翻译修饰和能量代谢
4.4 免疫反应
5. 小结
第五章 吉富罗非鱼抗病候选基因Cathepsin B基因的克隆及免疫应答分析
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验样品采集
2.2 RNA提取和反转录
2.3 CTSB基因序列全长扩增
2.4 序列的拼接
2.5 序列生物信息学分析
2.6 CTSB基因系统进化分析
2.7 实时荧光定量PCR
3. 结果与分析
3.1 吉富罗非鱼CTSB基因测序结果
3.2 吉富罗非鱼CTSB基因二级结构预测分析
3.3 吉富罗非鱼CTSB基因三级结构预测分析
3.4 吉富罗非鱼TSB基因系统发育分析
3.5 吉富罗非鱼CTSB基因表达规律
4. 讨论
5. 小结
第六章 吉富罗非鱼抗病候选基因Galectin-3基因的克隆及免疫应答分析
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 RNA的提取及反转录
2.3 galectin-3基因序列全长扩增
2.4 序列拼接和
2.5 序列生物信息学分析
2.6 galectin-3基因系统进化分析
2.7 实时荧光定量PCR
3. 结果与分析
3.1 吉富罗非鱼galectin-3基因的序列特征分析
3.2 galectin-3基因的系统进化分析
3.3 无乳链球菌感染吉富罗非鱼后galectin-3基因的免疫应答分析
3.4 嗜水气单胞菌感染吉富罗非鱼后galetin-3基因的免疫应答分析
4. 讨论
5. 小结
结论
创新点
下一步工作计划
参考文献
附录
攻读博士学位期间本人主持的项目
攻读博士学位期间获得的科技成果
攻读博士学位期间完成的研究论文
致谢
本文编号：3864065
【文章页数】：119 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
文中关键缩略词中英文对照表
第一章 文献综述
1. 罗非鱼产业发展概况
2. 无乳链球菌病的症状、致病机理及防治措施
2.1 致病症状
2.2 致病机理及途径
2.3 防治措施
3. 选择育种
4. 鱼类抗病性状相关组学研究进展
4.1 鱼类抗病选育转录组学研究进展
4.2 鱼类抗病选育蛋白质组学研究进展
5. 罗非鱼免疫相关基因研究进展
6. 本论文研究的目的和意义
第二章 吉富罗非鱼家系的构建及抗病性能评估
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验材料来源
2.2 家系构建
2.3 HN016菌株的复壮与培养
2.4 无乳链球菌(HN016菌株)半数致死浓度的测定
2.5 家系鱼人工腹腔注射感染无乳链球菌
2.6 免疫相关酶活力的测定
2.7 统计分析
3. 结果
3.1 家系构建结果
3.2 无乳链球菌HN016菌株感染吉富罗非鱼半数致死浓度
3.3 吉富罗非鱼感染无乳链球菌后的症状
3.4 不同家系出现发病症状时间分析
3.5 不同家系感染无乳链球菌HN016菌株结果
3.6 高抗病和易感病家系感染无乳链球菌后肝脏免疫相关酶活性表达差异
4. 讨论
5. 小结
第三章 吉富罗非鱼不同抗性家系感染无乳链球菌后脾脏转录组差异分析
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验动物
2.2 HN016菌株的复壮与培养
2.3 HN016菌株感染实验及样品收集
2.4 RNA提取、文库构建和测序
2.5 测序数据从头组装
2.6 基因注释
2.7 差异表达基因的鉴定
2.8 基于qPCR的实验验证
3. 结果
3.1 吉富罗非鱼脾脏组织表达短序序列分析
3.2 吉富罗非鱼脾脏组织转录组测序的组装
3.3 基因识别与注释
3.4 差异表达基因的鉴定与分析
3.5 基因的富集与通路分析
3.6 RNA-seq结果的qPCR验证
4. 讨论
4.1 免疫成分
4.2 病原体识别
4.3 氧化应激/凋亡
5. 小结
第四章 吉富罗非鱼不同抗病性家系脾脏蛋白质组差异分析
1. 引言
2. 实验材料与方法
2.1 实验样品来源
2.2 脾脏组织蛋白质的提取及iTRAQ操作流程
3. 实验结果与分析
3.1 吉富罗非鱼脾脏蛋白质提取结果
3.2 二维液相色谱分离
3.3 蛋白质鉴定结果
3.4 差异表达蛋白质(DEPs)的筛选
3.5 差异蛋白质分析
3.6 易感病家系和高抗病家系DEPs分析(组间分析)
3.7 蛋白质组和转录组联合分析
4. 讨论
4.1 抗氧化应激
4.2 细胞骨架
4.3 翻译修饰和能量代谢
4.4 免疫反应
5. 小结
第五章 吉富罗非鱼抗病候选基因Cathepsin B基因的克隆及免疫应答分析
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验样品采集
2.2 RNA提取和反转录
2.3 CTSB基因序列全长扩增
2.4 序列的拼接
2.5 序列生物信息学分析
2.6 CTSB基因系统进化分析
2.7 实时荧光定量PCR
3. 结果与分析
3.1 吉富罗非鱼CTSB基因测序结果
3.2 吉富罗非鱼CTSB基因二级结构预测分析
3.3 吉富罗非鱼CTSB基因三级结构预测分析
3.4 吉富罗非鱼TSB基因系统发育分析
3.5 吉富罗非鱼CTSB基因表达规律
4. 讨论
5. 小结
第六章 吉富罗非鱼抗病候选基因Galectin-3基因的克隆及免疫应答分析
1. 引言
2. 材料与方法
2.1 实验材料
2.2 RNA的提取及反转录
2.3 galectin-3基因序列全长扩增
2.4 序列拼接和
2.5 序列生物信息学分析
2.6 galectin-3基因系统进化分析
2.7 实时荧光定量PCR
3. 结果与分析
3.1 吉富罗非鱼galectin-3基因的序列特征分析
3.2 galectin-3基因的系统进化分析
3.3 无乳链球菌感染吉富罗非鱼后galectin-3基因的免疫应答分析
3.4 嗜水气单胞菌感染吉富罗非鱼后galetin-3基因的免疫应答分析
4. 讨论
5. 小结
结论
创新点
下一步工作计划
参考文献
附录
攻读博士学位期间本人主持的项目
攻读博士学位期间获得的科技成果
攻读博士学位期间完成的研究论文
致谢
本文编号：3864065
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