精准人类mRNA亚细胞定位预测模型的构建

发布时间：2021-12-30 11:44

　　信使RNA（mRNA）携带着DNA的遗传信息并传递遗传信息到细胞中的不同区域。研究发现大量的mRNA在细胞中并非随机分布而是聚集在特定的亚细胞区域。mRNA的亚细胞定位造成的mRNA和蛋白质在细胞内不均衡分布对细胞极性的形成、细胞运动的发生和细胞生长发育发挥重要作用。因此,研究mRNA亚细胞定位对理解mRNA的功能以及细胞的时空调控机制至关重要。RNA原位荧光杂交技术和高通量的RNA亚细胞测序技术被广泛应用于检测mRNA亚细胞水平的空间分布情况。随着生物实验技术不断优化,目前原位杂交技术和测序技术可实现多种细胞环境下高分辨率RNA亚细胞图谱的绘制,为研究mRNA亚细胞定位机制和揭示基因表达调控机制提供了可靠的信息资源。然而,生物实验技术操作繁琐且费用昂贵,因此迫切需要采用计算生物学方法开发mRNA亚细胞定位预测模型实现mRNA亚细胞定位信息的快速获取。本研究从RNALocate中获取人类mRNA的亚细胞定位数据,从Gen Bank中获取对应mRNA的序列。假设数据中单标签的mRNA能提供更多的亚细胞定位信息,本研究仅保留了单标签mRNA亚细胞定位数据构建基准数据集。研究采用核苷酸九联体... 

【文章来源】：电子科技大学四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

利用机器学习分类算法搭建人类mRNA亚细胞定位预测模型的基本流程

电子科技大学硕士学位论文6图2-1mRNA在细胞内分布情况的示意图表2-1mRNA亚细胞定位基准训练数据集的详细信息类别亚细胞位置去除相似度大于80%的冗余序列前去除相似度大于80%的冗余序列后1,(%)细胞质1992(39.6)1954(39.9)细胞质基质2,(%)核糖体1740(34.6)1666(34.0)3,(%)内质网937(18.6)924(18.9)4,(%)细胞核367(7.3)357(7.3)外泌体突触线粒体合计50364901

SVM基本原理示意图


本文编号：3558129