中国和印度猕猴种群基因组学分析

发布时间：2022-09-30 15:41

　　非人灵长类无论是进化特征还是生理习性都与人类极为相似,将非人灵长类物种用于生物医学的临床研究和新药物的开发研究,不仅能够很好地观测到灵长类对临床治疗的反映和新药物的治疗效果,同时也避免了人类伦理道德的相关困扰。而非人灵长类的代表物种——猕猴（Macaca mulatta）的生物进化特征与人类相似,可以作为检测人类基因突变和疾病相关性的疾病模型。1978年,印度禁止猕猴出口到世界各地的育种中心,减少了印度猕猴的可用性,随后生物医学研究对中国猕猴的需求增加。目前猕猴物种的演化生物学、种群遗传学和种群基因组学等已开展大量的科学研究,揭示了猕猴物种的演化历史、适应性机制和科学价值。种群基因组学已被用于鉴定与疾病相关的遗传变异,利用种群基因组测序鉴定猕猴功能缺失突变,为建立有价值的遗传疾病动物模型提供理论支撑。本研究从NCBI（National Center for Biotechnology Information）上分别下载了20只中国猕猴个体和20只印度猕猴个体的基因组数据,平均测序深度37.07×,基因组覆盖率98.67%。所有数据均为成年猕猴个体,为了避免性别和年龄差异,本研究中只针对... 

【文章页数】：57 页

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【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 绪论
    1.1 研究背景
    1.2 国内外灵长类组学的研究进展
    1.3 灵长类介绍
    1.4 灵长类种群基因组学的研究进展
        1.4.1 基因组学的概述
        1.4.2 基因组测序技术的原理和发展
        1.4.3 种群基因组学的概述
            1.4.3.1 种群基因组学的研究策略
            1.4.3.2 原始数据的统计处理
            1.4.3.3 序列比对(mapping)
            1.4.3.4 遗传变异检测
            1.4.3.5 群体结构分析
            1.4.3.6 选择信号鉴定
            1.4.3.7 群体历史模拟
        1.4.4 灵长类种群基因组学的研究
    1.5 研究目的及意义
第二章 材料与方法
    2.1 技术路线与研究方法
    2.2 样品数据采集
    2.3 全基因组遗传变异分析
        2.3.1 测序数据预处理和变异检测
        2.3.2 SNP的鉴定
    2.4 群体基因组学分析
        2.4.1 系统发育分析
        2.4.2 主成分分析
        2.4.3 群体结构分析
        2.4.4 群体和系统地理历史
        2.4.5 杂合度分析和遗传多态性指数
        2.4.6 连锁不平衡分析
        2.4.7 XP-EHH选择信号计算
        2.4.8 种群受选择信号
第三章 结果与讨论
    3.1 数据收集与测序
    3.2 全基因组遗传变异
    3.3 种群基因组学分析
        3.3.1 系统发育关系的鉴定
        3.3.2 主成分分析
        3.3.3 群体结构分析
        3.3.4 群体和系统地理历史
        3.3.5 群体杂合度和遗传多态性指数
        3.3.6 群体的连锁不平衡分析
        3.3.7 XP-EHH选择信号计算
        3.3.8 种群受选择信号
    3.4 小结
第四章 结论与展望
    4.1 结论
    4.2 展望
附录
参考文献
在学期间的研究成果
声明
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于全基因组学的非人灵长类适应性进化的研究进展[J]. 张立业,刘志瑾,李明.  中国科学:生命科学. 2019(04)
[2]海洋鱼类种群基因组学研究进展[J]. 柳莹,高丽,冯俊荣.  生物技术通报. 2016(11)
[3]非人灵长类模型[J]. 胡新天,仇子龙,顾勇,龚能,孙强.  中国科学院院刊. 2016(07)
[4]猕猴的体检和医疗训练[J]. 王岩,王明.  特种经济动植物. 2016(01)
[5]植物启动子研究进展[J]. 李田,孙景宽,刘京涛.  生物技术通报. 2015(02)
[6]我国疾病动物模型的研究现状和展望[J]. 薛丽香,张凤珠,孙瑞娟,董尔丹.  中国科学:生命科学. 2014(09)
[7]NCBI数据库及其资源的获取[J]. 饶冬梅.  科技视界. 2013(07)
[8]Molecular evolution of stress-response gene Leptin in high-altitude Chinese snub-nosed monkeys （Rhinopithecus genus）[J]. WANG XiaoPing1,2, JIN Wei1,2, YU Li1,2 ＆ ZHANG YaPing1,2 1 Laboratory for Conservation and Utilization of Bio-resource, Yunnan University, Kunming 650091, China; 2 State Key Laboratory of Genetic Resources and Evolution, Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Kunming 650223, China.  Chinese Science Bulletin. 2010(36)
[9]浅谈系统发育分析方法[J]. 杨洁.  中国科技信息. 2010(24)
[10]分子系统发育分析的生物信息学方法[J]. 张树波,赖剑煌.  计算机科学. 2010(08)

博士论文
[1]基于全基因组重测序技术分析水稻和菰渐渗系的基因组变异[D]. 王真慧.东北师范大学 2013

硕士论文
[1]人类启动子系统分析及转录因子与剪接因子互作网络分析[D]. 魏官云.内蒙古科技大学 2014
[2]生物信息平台构建及序列比对算法研究[D]. 孙荣荣.西南大学 2008
[3]一个控制拟南芥小孢子发育基因的定位和雄性不育基因启动子的克隆[D]. 冯丹丹.上海师范大学 2008



本文编号：3683822