水稻种子内生细菌多样性分析及核心微生物组的界定

发布时间：2024-04-02 23:36

　　随着对植物内生菌研究的不断深入,发现植物体内不仅具有非常丰富的微生物资源,而且这些内生菌本身还具有一定的有益功能,如促生、防病、降解有机污染物等,具有良好的农业应用前景。关于植物微生物组研究的难点之一是如何确定其核心微生物组,现有研究证实,植物种子内存在着丰富的细菌群落,这些群落可能会成为下一代植物内生细菌的来源,并在世代间进行传播。相对于植物的根际和叶际微生物,种子作为种子植物的繁殖器官,对其相关微生物的研究至今还十分薄弱,特别是对其种子内生细菌的研究尤为落后。本课题利用Illumina高通量测序技术对6个基因型的水稻亲代种子和其子代水稻根、茎、种子内生细菌及根际细菌进行调查,揭示水稻基因型与环境对水稻根、茎、种子内生细菌及根际细菌菌群结构与多样性的影响,并确定水稻种子内生细菌核心微生物菌群。此外,利用来源追踪方法探讨水稻内生细菌的来源,从而探讨水稻内生细菌是否可以垂直传播及其来源途径。取得了如下主要结果:a)基因型与环境对水稻内生细菌的影响:水稻各组织内生细菌α-多样性Shannon、Simpson和Chao指数以及主坐标分析结果显示:基因型对水稻根际细菌群落结构没有显著影响,但对...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1水稻种子表面灭菌效果检测Figure2.1Detectionofsterilizationeffectonsurfaceofriceseeds

图2.1水稻种子表面灭菌效果检测ure2.1Detectionofsterilizationeffectonsurfaceofrice与检测SPINKitforSoil提取DNA，具体方法如下品放入无菌研钵中，加液氮研磨至粉状，之sohat....

图2.21%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物Figure2.2DetectionofPCRproductsby1%agarosegelelectrophoresis

内生细菌与根际、散土细菌16SrRNA基因利用带有60(CCAGCAGCCGCGGTAAT)和783R(ACCMGGGT进行扩增。配制50μLPCR体系：Mix25μL，534F与70μL；PCR反应程序为：95℃预变性3min；94℃变性....

图2.31%琼脂糖凝胶电泳对纯化产物进行净光密度大小的检测Figure2.3DetectionofnetopticaldensityofpurifiedPCRproductsby1%agarosegelelectrophoresis

硕士学位论文第二章实验材料胶回收产物重新进行1%琼脂糖凝胶电泳。据每个样品纯化产物的浓度与纯样品的净光密度值（图2.3）。由于目的条带约300bp，因此以marker250b密度值等于1，将全部样品净光密度值进行标准化（样品净光密度值/mark度值），之后将净光密度值....

图2.4Illumina测序数据分析流程

12图2.4Illumina测序数据分析流程Figure2.4TheIlluminasequencingpipelineofGalaxy高通量原始数据的处理主要在中国科学院生态环境研究中心邓晔研究员数据分析Galaxy网站进行(http://159.22....

本文编号：3946371