基于生物大数据应用有序逻辑门构建质粒部件的研究
发布时间：2021-06-11 19:56
合成生物学是生命科学在二十一世纪刚刚出现的一个正在迅速发展的分支学科,它与化学、物理学、信息科学、工程科学、计算机等多种学科相结合。基因部件及其内部特征是合成生物学家的主要研究对象,而序列信息是部件及其内部特征的基础组成。现有的部件及其特征序列往往是沿用以前的信息,这些信息不全面、不准确,另外对部件及其特征序列的描述、格式都没有统一的标准,现在的分析数据的方法较为费时,这使得学者对部件内部特征研究困难重重。为了解决这一问题,我们使用新的方法来分析广泛使用的数据包含超过7000个部件和70000多个特征序列。使用结构化查询语句（SQL）,使我们获得全面非冗余的信息从而构成一个完整的数据集。通过对比分析生物部件的内部序列特征,我们为合成生物学家提供了构造新的具有特定的功能质粒部件的理论基础。GenoCAD是合成生物学领域的软件工具可帮助设计复杂的结构,在GenoCAD平台上根据个人需求可以设计相应的语法规则来构造一种DNA分子。逻辑门在各个学科领域都有涉及和广泛的应用,但在设计构造质粒的方面还未有提及,杂志期刊上已发表的文章也没有用逻辑门来构造质粒部件的应用,本文提出了自己在生物部件的构建...
【文章来源】：陕西师范大学陕西省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１双稳态转换器的设计??阻遏蛋白１?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒｌ）由｜Ｃ启动子ｌ（Ｐｒｏｍｏｔｅｒｌ抑制了阻遏蛋白２?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ２）的转录
Ｔ??Ｉｎｄｕｃｅｒ?１??图１－１双稳态转换器的设计??阻遏蛋白１?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒｌ）由｜Ｃ启动子ｌ（Ｐｒｏｍｏｔｅｒｌ）抑制了阻遏蛋白２?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ２）的转录。??这个转换器应用诱导物１或２?（ｉｎｄｕｃｅｒ）可以在稳态之间翻转。??为了能够设计较大的和更复杂的基因线路，常用到标准化的生物模块－生物积??块（Ｂｉｏｂｒｉｃｋ）?［１７＿＇但由于成分、宿主和合成系统不完全清楚，使其难于预测特??殊宿主内合成网络的精确行为。??合成生物学是借助设计和构建遗传路线合成新的生物机体，许多合成生物学??家用生物积块（ＢｉｏＢｒｉｃｋ）组装遗传路径，ＢｉｏＢｒｉｃｋ中有各种各样的特征，例如：??启动子、核糖体结合位点，编码蛋白质及转录终止子等。每个ＢｉｏＢｒｉｃｋ的本质都??是环状质粒上的一种物理ＤＮＡ序列。ＢｉｏＢｒｉｃｋ的标准化序列能够经由限制酶消化??和连接两个ＢｉｏＢｒｉｃｋ［１８］的组装，标准组装涉及用不同的酶消化两种质粒，留下相??同的黏性末端，其可以一起连接成新的质粒。这种在模块之间用序列取代限制性??酶切位点
可运行外部程序，可以通过扫描这些程序的输出得到你感兴趣的东西。Ｐｅｒｌ语言也??很容易在许多现代操作系统上编译和运行，它是高效率的编程语言。从ｉＧＥＭ上??提取数据，我们用语句如图２－１来实现数据获取并依据数据类型对对数据分类、分??析以获得所需信息。??１１??
【参考文献】：
期刊论文
[1]天然产物生物合成与抗肿瘤药物合成生物学研究[J]. 潘海学,袁华,蹇晓红,唐功利. 中国科学:生命科学. 2015(10)
[2]青蒿素的合成生物学研究进展[J]. 孔建强,王伟,程克棣,朱平. 药学学报. 2013(02)
[3]基于DNA/RNA的逻辑门与逻辑运算[J]. 俞洋,陆建华,王东方,裴昊,樊春海. 科学通报. 2013(02)
[4]大肠杆菌整体代谢网络调控基因（csrA）的敲除及其对苯丙氨酸生物合成的影响[J]. 黄钦耿,吴伟斌,翁雪清,施巧琴,吴松刚. 氨基酸和生物资源. 2012(02)
[5]合成生物学在微生物传感器中的应用[J]. 施冬艳,何珣,陈怡露. 东南大学学报(医学版). 2012(03)
[6]调控-代谢网络的集成建模与分析方法研究[J]. 赵月,奚燕萍,王飞. 计算机应用与软件. 2011(07)
[7]图的最大团与最大独立集粘贴DNA计算模型[J]. 范月科,强小利,许进. 计算机学报. 2010(02)
[8]0-1规划问题的闭环DNA算法[J]. 周康,覃磊,同小军,许进. 系统工程与电子技术. 2009(04)
[9]合成生物学研究的进展[J]. 张春霆. 中国科学基金. 2009(02)
[10]Plunc基因AF172993序列不是complete CDS[J]. 方唯意,刘真,李欣,王爽,刘求真,刘腾飞,乔贵林,姚开泰. 南方医科大学学报. 2007(05)
本文编号：3225181
【文章来源】：陕西师范大学陕西省 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１双稳态转换器的设计??阻遏蛋白１?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒｌ）由｜Ｃ启动子ｌ（Ｐｒｏｍｏｔｅｒｌ抑制了阻遏蛋白２?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ２）的转录
Ｔ??Ｉｎｄｕｃｅｒ?１??图１－１双稳态转换器的设计??阻遏蛋白１?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒｌ）由｜Ｃ启动子ｌ（Ｐｒｏｍｏｔｅｒｌ）抑制了阻遏蛋白２?（Ｒｅｐｒｅｓｓｏｒ２）的转录。??这个转换器应用诱导物１或２?（ｉｎｄｕｃｅｒ）可以在稳态之间翻转。??为了能够设计较大的和更复杂的基因线路，常用到标准化的生物模块－生物积??块（Ｂｉｏｂｒｉｃｋ）?［１７＿＇但由于成分、宿主和合成系统不完全清楚，使其难于预测特??殊宿主内合成网络的精确行为。??合成生物学是借助设计和构建遗传路线合成新的生物机体，许多合成生物学??家用生物积块（ＢｉｏＢｒｉｃｋ）组装遗传路径，ＢｉｏＢｒｉｃｋ中有各种各样的特征，例如：??启动子、核糖体结合位点，编码蛋白质及转录终止子等。每个ＢｉｏＢｒｉｃｋ的本质都??是环状质粒上的一种物理ＤＮＡ序列。ＢｉｏＢｒｉｃｋ的标准化序列能够经由限制酶消化??和连接两个ＢｉｏＢｒｉｃｋ［１８］的组装，标准组装涉及用不同的酶消化两种质粒，留下相??同的黏性末端，其可以一起连接成新的质粒。这种在模块之间用序列取代限制性??酶切位点
可运行外部程序，可以通过扫描这些程序的输出得到你感兴趣的东西。Ｐｅｒｌ语言也??很容易在许多现代操作系统上编译和运行，它是高效率的编程语言。从ｉＧＥＭ上??提取数据，我们用语句如图２－１来实现数据获取并依据数据类型对对数据分类、分??析以获得所需信息。??１１??
【参考文献】：
期刊论文
[1]天然产物生物合成与抗肿瘤药物合成生物学研究[J]. 潘海学,袁华,蹇晓红,唐功利. 中国科学:生命科学. 2015(10)
[2]青蒿素的合成生物学研究进展[J]. 孔建强,王伟,程克棣,朱平. 药学学报. 2013(02)
[3]基于DNA/RNA的逻辑门与逻辑运算[J]. 俞洋,陆建华,王东方,裴昊,樊春海. 科学通报. 2013(02)
[4]大肠杆菌整体代谢网络调控基因（csrA）的敲除及其对苯丙氨酸生物合成的影响[J]. 黄钦耿,吴伟斌,翁雪清,施巧琴,吴松刚. 氨基酸和生物资源. 2012(02)
[5]合成生物学在微生物传感器中的应用[J]. 施冬艳,何珣,陈怡露. 东南大学学报(医学版). 2012(03)
[6]调控-代谢网络的集成建模与分析方法研究[J]. 赵月,奚燕萍,王飞. 计算机应用与软件. 2011(07)
[7]图的最大团与最大独立集粘贴DNA计算模型[J]. 范月科,强小利,许进. 计算机学报. 2010(02)
[8]0-1规划问题的闭环DNA算法[J]. 周康,覃磊,同小军,许进. 系统工程与电子技术. 2009(04)
[9]合成生物学研究的进展[J]. 张春霆. 中国科学基金. 2009(02)
[10]Plunc基因AF172993序列不是complete CDS[J]. 方唯意,刘真,李欣,王爽,刘求真,刘腾飞,乔贵林,姚开泰. 南方医科大学学报. 2007(05)
本文编号：3225181
本文链接：https://www.wllwen.com/shekelunwen/ljx/3225181.html
