三角帆蚌转录组分析与珍珠质量相关基因初步研究
发布时间：2022-01-26 19:49
珍珠作为一种有机宝石广泛用于饰品、化妆品等领域,而其仿生学材料的研发也是当前的研究热点。珍珠质量的决定因素包括颜色、大小、形状、光泽、光洁度、有核珍珠珠层厚度等6个方面,其中,颜色是决定珍珠质量的重要因素,不同颜色的珍珠价格相差较大。同时,根据几丁质在珍珠质有机基质中所起的关键作用,以及几丁质合成酶抑制后的贝壳形成情况,可以推测几丁质与珍珠的大小、形状、光泽等相关。与颜色决定、几丁质形成等珍珠质量有关的分子机制仍不完全清楚,但均与珍珠形成过程密切相关。本研究利用三角帆蚌紫色和白色贝壳珍珠质颜色品系,应用罗氏454测序技术,开展转录组学研究,筛选与珍珠形成有关,特别是与珍珠质量有关的基因,筛查与珍珠质不同颜色有关的差异表达基因,研究几丁质合成途径的重要基因,丰富对淡水珍珠质量形成机制的认识。1.三角帆蚌外套膜c DNA文库的构建和珍珠形成相关基因分析采用罗氏454测序技术从分泌紫色和白色珍珠质的三角帆蚌外套膜中获得了981,302个高质量EST序列。从分泌紫色珍珠质的三角帆蚌外套膜c DNA文库中获得了541,268条序列,平均长度为298 bp;从分泌白色珍珠质的三角帆蚌外套膜c DN...
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
受体蚌和供体蚌手术植片示意图
分子功能一类中，大部分为具有结合功能的基因，占27.1%，其次为代谢活性（占16.2%）和蛋白结合（占15.9%）；细胞的生物学过程一类中主要为细胞过程和代谢过程，分别占20.4%和16.3%。具体的分类见图2-2。图2-2 根据推导的蛋白质序列的GO分类Fig 2-2 Gene Ontology classification of deduced protein sequences采用KEGG方法，共有5,023条推导的蛋白序列被归类为特定的生物过程蛋白。在所有推导的蛋白质序列中，参与代谢过程的蛋白序列占24.7%，主要包括以下三种：糖类代谢、脂类代谢和氨基酸代谢。其他参与生物过程的蛋白序列有遗传信息过程（15.5%）、细胞过程（11.5%）、生物系统（17.5%）、人类疾病（16.7%）和环境信息过程（7.9%）等（图2-3）。结构域是蛋白质分子中能独立存在具有明显功能或结构的功能单位，是重复出现的序列或结构单位，可能存在于多种生物或者多条序列中。在分子进化过程中，结构域作为一种可移动“积木”通过在基因中不同排列从而调节蛋白的功能。保守结构域数据库（CDD）是NCBI Entrez查询和检索系统的一部分，CDD提供了带有保守结构域足迹定位和从这些足迹中推断的功能位点的蛋白质序列注释[172]。通过COG搜索真核生物完整基因组数据库，所有推导的蛋白序列均被注释（E-value >1e-3）。共有23,727条蛋白序列参与信号传导机制
上海海洋大学博士论文19图2-3 推导的蛋白质的KEGG分类Fig 2-3 KEGG classification of deduced protein sequences
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国淡水珍珠种业现状与发展趋势[J]. 白志毅,汪桂玲,刘晓军,李家乐. 上海海洋大学学报. 2014(06)
[2]昆虫几丁质酶的分类、功能分析、重组表达及酶学性质的研究进展[J]. 任慧,张常,范晓军. 农业生物技术学报. 2014(04)
[3]不同颜色的淡水养殖珍珠呈色机理研究[J]. 严俊,胡仙超,王巨安,严雪俊,胡丹静,刘培钧,方诗彬. 岩矿测试. 2013(02)
[4]我国产区的几种海水和淡水贝壳珍珠层粉成分的初步对比研究[J]. 王存,何吉彬,谢廷枢,闭俊东,姚传峰,阮然,杜启东,梁永才,沈祖亮,洪伟伟,蒙海宁,傅志忠,陈钦康. 矿物学报. 2012(02)
[5]影响养殖珍珠质量的主要因子[J]. 李家乐,刘越. 水产学报. 2011(11)
[6]不同浓度β-胡萝卜素对三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）早期珍珠色泽形成的影响[J]. 韩继卫,罗文,郑大恒,张玉明. 海洋与湖沼. 2011(04)
[7]中国珍珠产业市场结构分析与发展对策[J]. 陈蓝荪,李家乐. 中国水产. 2010(12)
[8]不同壳色虾夷扇贝家系F1幼虫生长及遗传结构的比较分析[J]. 程鹏,杨爱国,周丽青,吴彪,刘志鸿,李霞,李德军. 中国水产科学. 2010(05)
[9]海水及淡水养殖珍珠的物质组成[J]. 李立平. 地球科学(中国地质大学学报). 2009(05)
[10]海湾扇贝“中科红”品种与普通养殖群体不同温度下早期性状的比较[J]. 许飞,郑怀平,张海滨,刘晓,张国范. 水产学报. 2008(06)
博士论文
[1]珍珠的结构和光学效果的形成机理及体外合成探索[D]. 付芬.山东大学 2014
[2]合浦珠母贝贝壳珍珠层形成机理的研究[D]. 闫振广.清华大学 2008
[3]珍珠层的微结构及其中类胡萝卜素的原位研究[D]. 张刚生.中国科学院广州地球化学研究所 2001
硕士论文
[1]三角帆蚌几丁质代谢酶基因的克隆表达和功能分析[D]. 徐波.上海海洋大学 2012
[2]三角帆蚌两种贝壳珍珠质颜色对珍珠颜色影响的研究[D]. 朱文彬.上海海洋大学 2011
[3]卟啉及金属卟啉对珍珠颜色的贡献及致色机理研究[D]. 张蕴韬.中国地质大学（北京） 2006
本文编号：3611069
【文章来源】：上海海洋大学上海市
【文章页数】：108 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
受体蚌和供体蚌手术植片示意图
分子功能一类中，大部分为具有结合功能的基因，占27.1%，其次为代谢活性（占16.2%）和蛋白结合（占15.9%）；细胞的生物学过程一类中主要为细胞过程和代谢过程，分别占20.4%和16.3%。具体的分类见图2-2。图2-2 根据推导的蛋白质序列的GO分类Fig 2-2 Gene Ontology classification of deduced protein sequences采用KEGG方法，共有5,023条推导的蛋白序列被归类为特定的生物过程蛋白。在所有推导的蛋白质序列中，参与代谢过程的蛋白序列占24.7%，主要包括以下三种：糖类代谢、脂类代谢和氨基酸代谢。其他参与生物过程的蛋白序列有遗传信息过程（15.5%）、细胞过程（11.5%）、生物系统（17.5%）、人类疾病（16.7%）和环境信息过程（7.9%）等（图2-3）。结构域是蛋白质分子中能独立存在具有明显功能或结构的功能单位，是重复出现的序列或结构单位，可能存在于多种生物或者多条序列中。在分子进化过程中，结构域作为一种可移动“积木”通过在基因中不同排列从而调节蛋白的功能。保守结构域数据库（CDD）是NCBI Entrez查询和检索系统的一部分，CDD提供了带有保守结构域足迹定位和从这些足迹中推断的功能位点的蛋白质序列注释[172]。通过COG搜索真核生物完整基因组数据库，所有推导的蛋白序列均被注释（E-value >1e-3）。共有23,727条蛋白序列参与信号传导机制
上海海洋大学博士论文19图2-3 推导的蛋白质的KEGG分类Fig 2-3 KEGG classification of deduced protein sequences
【参考文献】：
期刊论文
[1]中国淡水珍珠种业现状与发展趋势[J]. 白志毅,汪桂玲,刘晓军,李家乐. 上海海洋大学学报. 2014(06)
[2]昆虫几丁质酶的分类、功能分析、重组表达及酶学性质的研究进展[J]. 任慧,张常,范晓军. 农业生物技术学报. 2014(04)
[3]不同颜色的淡水养殖珍珠呈色机理研究[J]. 严俊,胡仙超,王巨安,严雪俊,胡丹静,刘培钧,方诗彬. 岩矿测试. 2013(02)
[4]我国产区的几种海水和淡水贝壳珍珠层粉成分的初步对比研究[J]. 王存,何吉彬,谢廷枢,闭俊东,姚传峰,阮然,杜启东,梁永才,沈祖亮,洪伟伟,蒙海宁,傅志忠,陈钦康. 矿物学报. 2012(02)
[5]影响养殖珍珠质量的主要因子[J]. 李家乐,刘越. 水产学报. 2011(11)
[6]不同浓度β-胡萝卜素对三角帆蚌（Hyriopsis cumingii）早期珍珠色泽形成的影响[J]. 韩继卫,罗文,郑大恒,张玉明. 海洋与湖沼. 2011(04)
[7]中国珍珠产业市场结构分析与发展对策[J]. 陈蓝荪,李家乐. 中国水产. 2010(12)
[8]不同壳色虾夷扇贝家系F1幼虫生长及遗传结构的比较分析[J]. 程鹏,杨爱国,周丽青,吴彪,刘志鸿,李霞,李德军. 中国水产科学. 2010(05)
[9]海水及淡水养殖珍珠的物质组成[J]. 李立平. 地球科学(中国地质大学学报). 2009(05)
[10]海湾扇贝“中科红”品种与普通养殖群体不同温度下早期性状的比较[J]. 许飞,郑怀平,张海滨,刘晓,张国范. 水产学报. 2008(06)
博士论文
[1]珍珠的结构和光学效果的形成机理及体外合成探索[D]. 付芬.山东大学 2014
[2]合浦珠母贝贝壳珍珠层形成机理的研究[D]. 闫振广.清华大学 2008
[3]珍珠层的微结构及其中类胡萝卜素的原位研究[D]. 张刚生.中国科学院广州地球化学研究所 2001
硕士论文
[1]三角帆蚌几丁质代谢酶基因的克隆表达和功能分析[D]. 徐波.上海海洋大学 2012
[2]三角帆蚌两种贝壳珍珠质颜色对珍珠颜色影响的研究[D]. 朱文彬.上海海洋大学 2011
[3]卟啉及金属卟啉对珍珠颜色的贡献及致色机理研究[D]. 张蕴韬.中国地质大学（北京） 2006
本文编号：3611069
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