猪流行性腹泻病毒遗传变异分析及S1蛋白N端区域对病毒复制的影响
发布时间：2022-02-27 07:50
猪流行性腹泻（Porcine epidemic diarrhea,PED）是由猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）引起的,主要症状以呕吐、腹泻和脱水为主的急性肠道传染病。各年龄猪均可感染PEDV,但主要在仔猪中有较高的死亡率。近年来,PEDV的不断变异给PED的防控带来了许多问题。本研究围绕PEDV的分子流行病学和新出现的S1基因N端区域大片段缺失毒株展开研究,分析了PEDV的遗传变异特征、建立了鉴别检测PEDV经典株和变异株的双重TaqMan RT-qPCR方法并探究了PEDV S1蛋白N端区域的致病机制,取得了以下结果:1.检测了从2014年7月至2015年7月收集的129份来自中国中部地区17个城市的仔猪腹泻样本。基于S糖蛋白[Spike,1-789个氨基酸（aa）]的S1亚基和ORF3基因,我们对来自11个城市21个猪场的21个代表性PEDV毒株进行了遗传变异分析。通过RT-PCR方法进行PEDV的检测,通过DNAMAN 8软件Clustal W方法分析S1和ORF3基因序列,并使用MEGA 6软件邻近法构建系统发育树。结...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省211工程院校985工程院校教育部直属院校
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
PEDV在冠状病毒中的分类地位Fig.1-1TaxonomicstatusofPEDVinCoronaviruses
1-2 PEDV CV777 毒株(GenBank 登录号 AF353511)基因组示意图(引自 Song and Park, 20. 1-2 Schematic representation of the PEDV genome based on the CV777 (GenBank accessionAF353511) strain(Song and Park, 2012)DV 蛋白特征制酶蛋白聚合体DV 的复制酶基因位于 5′端，长度约占整个基因组的 2/3，含有两个开放阅读别为 ORF1a 和 ORF1b(Woo et al., 2010)。这两个 ORFs 通过核糖体移位编码两制酶蛋白体 pp1a 和 pp1ab，进而通过编码的 nsp3 和 nsp5 蛋白酶活性加工成构蛋白（nsps）。在 nsp1-nsp16 中，nsp1 是N末端的第一个切割产物(Ziebuhr, 200结构蛋白的功能是合成多种核糖核酸并对 PEDV 基因组所编码的的蛋白进行其中 nsp3 蛋白中含有两个木瓜样蛋白酶肽段（PLP），nsp5 中含有 3C 样蛋白RO)，它们可以对 ORF1a/b 的翻译产物进行自切割(Richard and Tulasne, 2012是 RNA 依赖的 RNA 聚合酶，nsp13 是解旋酶(Xu et al., 2011)。究发现(Zhang et al., 2016)，在 16 种 nsps 中，nsp1、nsp3、nsp7、nsp14、ns
第一章 猪流行性腹泻病毒研究进展 合活性，而已知 S1B结构域作为大多数冠状病毒的蛋白质受体结合结构域起hultze et al., 1991; Schultze et al., 1996; Hofmann et al., 2005; Walls et al., 2016a; Wa 2016b)。相对于 S1 亚基，S2 亚基在氨基酸序列中更保守，并且包含有 I 类病毒中发现的典型结构特征，包括疏水性融合肽（FP），七肽重复区（HR1 和 HR2端跨膜的 TM 区域（图 1-3 a）。对于所有 I 类融合蛋白，通过将 FP 暴露并插入开始膜融合，之后融合蛋白插入使得反平行的 HR1 和 HR2 区域形成稳定的六构。在这种转变过程中，融合肽和跨膜结构域紧密靠近，使病毒和细胞膜融合(E Kim, 2001)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]规模化猪场流行性腹泻（PED）防控策略[J]. 刘从敏. 今日养猪业. 2015(06)
[2]猪流行性腹泻病毒灭活疫苗的制备及攻毒保护研究[J]. 徐宏军,杨鹏程,任丽,胡来根,何孔旺,刘文倩,代洪波. 动物医学进展. 2015(01)
[3]猪流行性腹泻病毒主要结构蛋白在杆状病毒中的表达及免疫原性分析[J]. 谭博敏,蒋志琼,余希尧,钟泽民,黄毓茂. 畜牧与兽医. 2014(11)
[4]猪流行性腹泻病毒S蛋白部分抗原表位基因的原核表达及表达产物的免疫原性分析[J]. 毕玉敏,陈欣,李昌静,刘永举,朱丰龙,时超,尹燕博. 中国兽医科学. 2014(07)
[5]猪流行性腹泻病毒S1基因在毕赤酵母中的表达[J]. 谭博敏,余希尧,钟泽民,蒋志琼,黄毓茂. 中国畜牧兽医. 2014(06)
[6]猪流行性腹泻病毒S1基因的克隆及在腺病毒中的表达[J]. 项林盛,郑红玉,唐丽云,黄毓茂. 黑龙江畜牧兽医. 2014(07)
[7]携带猪流行性腹泻病毒S基因的减毒鼠伤寒沙门菌的构建与鉴定[J]. 梁恩涛,廖晓丹,黄小波,文心田,曹三杰,阳酉萍,段素芬,张丹,张小会. 中国兽医科学. 2014(03)
[8]猪流行性腹泻病毒COE核酸疫苗的构建及免疫原性[J]. 向敏,张洁,高其双,卢顺,陈志华,黄海军,陶弼菲,彭霞,占才耀,夏瑜,童伟文,华娟,王连芳. 中国兽医学报. 2013(11)
[9]猪流行性腹泻胶体金抗体检测技术的建立及其应用[J]. 张利勃,周铁忠,王珅,高慎阳. 中国农学通报. 2011(03)
[10]表达猪流行性腹泻病毒COE基因的重组乳酸菌的构建与鉴定[J]. 董丽娜,高凤山,许崇波,胡桂学,姜海龙. 畜牧兽医学报. 2008(12)
博士论文
[1]减毒沙门氏菌递呈PEDV/TGEV双基因核酸疫苗研究[D]. 廖晓丹.四川农业大学 2012
[2]猪流行性腹泻病毒主要结构蛋白不同抗原片段在重组干酪乳杆菌中的表达及其免疫学评价[D]. 葛俊伟.东北农业大学 2008
硕士论文
[1]猪传染性胃肠炎和流行性腹泻二联核酸疫苗免疫效力研究[D]. 孟凡丹.东北农业大学 2011
本文编号：3645095
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省211工程院校985工程院校教育部直属院校
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
PEDV在冠状病毒中的分类地位Fig.1-1TaxonomicstatusofPEDVinCoronaviruses
1-2 PEDV CV777 毒株(GenBank 登录号 AF353511)基因组示意图(引自 Song and Park, 20. 1-2 Schematic representation of the PEDV genome based on the CV777 (GenBank accessionAF353511) strain(Song and Park, 2012)DV 蛋白特征制酶蛋白聚合体DV 的复制酶基因位于 5′端，长度约占整个基因组的 2/3，含有两个开放阅读别为 ORF1a 和 ORF1b(Woo et al., 2010)。这两个 ORFs 通过核糖体移位编码两制酶蛋白体 pp1a 和 pp1ab，进而通过编码的 nsp3 和 nsp5 蛋白酶活性加工成构蛋白（nsps）。在 nsp1-nsp16 中，nsp1 是N末端的第一个切割产物(Ziebuhr, 200结构蛋白的功能是合成多种核糖核酸并对 PEDV 基因组所编码的的蛋白进行其中 nsp3 蛋白中含有两个木瓜样蛋白酶肽段（PLP），nsp5 中含有 3C 样蛋白RO)，它们可以对 ORF1a/b 的翻译产物进行自切割(Richard and Tulasne, 2012是 RNA 依赖的 RNA 聚合酶，nsp13 是解旋酶(Xu et al., 2011)。究发现(Zhang et al., 2016)，在 16 种 nsps 中，nsp1、nsp3、nsp7、nsp14、ns
第一章 猪流行性腹泻病毒研究进展 合活性，而已知 S1B结构域作为大多数冠状病毒的蛋白质受体结合结构域起hultze et al., 1991; Schultze et al., 1996; Hofmann et al., 2005; Walls et al., 2016a; Wa 2016b)。相对于 S1 亚基，S2 亚基在氨基酸序列中更保守，并且包含有 I 类病毒中发现的典型结构特征，包括疏水性融合肽（FP），七肽重复区（HR1 和 HR2端跨膜的 TM 区域（图 1-3 a）。对于所有 I 类融合蛋白，通过将 FP 暴露并插入开始膜融合，之后融合蛋白插入使得反平行的 HR1 和 HR2 区域形成稳定的六构。在这种转变过程中，融合肽和跨膜结构域紧密靠近，使病毒和细胞膜融合(E Kim, 2001)。
【参考文献】：
期刊论文
[1]规模化猪场流行性腹泻（PED）防控策略[J]. 刘从敏. 今日养猪业. 2015(06)
[2]猪流行性腹泻病毒灭活疫苗的制备及攻毒保护研究[J]. 徐宏军,杨鹏程,任丽,胡来根,何孔旺,刘文倩,代洪波. 动物医学进展. 2015(01)
[3]猪流行性腹泻病毒主要结构蛋白在杆状病毒中的表达及免疫原性分析[J]. 谭博敏,蒋志琼,余希尧,钟泽民,黄毓茂. 畜牧与兽医. 2014(11)
[4]猪流行性腹泻病毒S蛋白部分抗原表位基因的原核表达及表达产物的免疫原性分析[J]. 毕玉敏,陈欣,李昌静,刘永举,朱丰龙,时超,尹燕博. 中国兽医科学. 2014(07)
[5]猪流行性腹泻病毒S1基因在毕赤酵母中的表达[J]. 谭博敏,余希尧,钟泽民,蒋志琼,黄毓茂. 中国畜牧兽医. 2014(06)
[6]猪流行性腹泻病毒S1基因的克隆及在腺病毒中的表达[J]. 项林盛,郑红玉,唐丽云,黄毓茂. 黑龙江畜牧兽医. 2014(07)
[7]携带猪流行性腹泻病毒S基因的减毒鼠伤寒沙门菌的构建与鉴定[J]. 梁恩涛,廖晓丹,黄小波,文心田,曹三杰,阳酉萍,段素芬,张丹,张小会. 中国兽医科学. 2014(03)
[8]猪流行性腹泻病毒COE核酸疫苗的构建及免疫原性[J]. 向敏,张洁,高其双,卢顺,陈志华,黄海军,陶弼菲,彭霞,占才耀,夏瑜,童伟文,华娟,王连芳. 中国兽医学报. 2013(11)
[9]猪流行性腹泻胶体金抗体检测技术的建立及其应用[J]. 张利勃,周铁忠,王珅,高慎阳. 中国农学通报. 2011(03)
[10]表达猪流行性腹泻病毒COE基因的重组乳酸菌的构建与鉴定[J]. 董丽娜,高凤山,许崇波,胡桂学,姜海龙. 畜牧兽医学报. 2008(12)
博士论文
[1]减毒沙门氏菌递呈PEDV/TGEV双基因核酸疫苗研究[D]. 廖晓丹.四川农业大学 2012
[2]猪流行性腹泻病毒主要结构蛋白不同抗原片段在重组干酪乳杆菌中的表达及其免疫学评价[D]. 葛俊伟.东北农业大学 2008
硕士论文
[1]猪传染性胃肠炎和流行性腹泻二联核酸疫苗免疫效力研究[D]. 孟凡丹.东北农业大学 2011
本文编号：3645095
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