三江源草地土壤微生物群落和中华皮蝇幼虫的生物学研究
发布时间：2023-02-19 20:48
为了了解在三江源区生态恢复过程中的生物的变化,采集用于恢复三江源地区黑土滩化草地的牧草培育试验田土壤与中华皮蝇第三期幼虫,采用高通量和SMAT测序,结合生物信息学分析,观察了土壤微生物群落结构和幼虫的基因表达谱。结果显示:1.两个年度样本的优化序列百分比均值间差异不显著(P>0.05);2012年的A和B两个样本中的细菌含量比显著少于其他样本(P<0.03);两个年度的试验田土壤样本中细菌含量百分比均值差异不显著(P>0.05)。2.2013D土壤样本中有ORF 62724条,占优化序列的比例是0.11%。NR库中可注释30715条ORF序列;COG/KOG仅注释684个基因;KEGG则有18164个ORF成功获得注释,分布于69个不同生物学通路中。基因功能注释与SSUrRNA同源分别鉴定物种,变形菌门、放线菌门、酸杆菌门为最优势菌门。3.中华皮蝇第三期幼虫基因表达谱中,NR注释近缘物种有12种蝇类(家蝇、地中海实蝇、丽蝇和未知种各1个,果蝇种8个)。其中与家蝇共注释基因量最多(5375)。GO数据库共有4898条ORF获得注释。COG/KOG/NOG注释功能基因是3...
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
主要英文缩略词对照表
第1章 前言
1.1 选题背景及意义
1.2 文献综述
1.2.1 三江源生态状况
1.2.2 三江源自然保护区生态保护和建设
1.2.3 三江源国家公园
1.2.4 三江源区域的生物多样性
1.2.5 生物多样性的研究方法之测序技术
1.2.6 宏基因组学
1.2.7 中华皮蝇
1.2.8 全长转录组
1.2.9 转录因子
1.3 论文工作设计
1.3.1 论文内容
1.3.2 研究路线
第2章 实验材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 试验样本
2.1.2 试验主要试剂
2.1.3 试验主要设备
2.2 方法
2.2.1 土壤细菌群落多样性分析方法
2.2.2 土壤宏基因组文库测序分析方法
2.2.3 中华皮蝇三期幼虫全长转录组生物信息学分析方法
第3章 三江源早熟禾试验田土壤细菌群落多样性分析
3.1 结果与分析
3.1.1 DNA电泳质检与PCR扩增结果
3.1.2 测序数据统计
3.1.3 多样性指数
3.1.4 OTU分布VENN图
3.1.5 多样品相似度树状图
3.1.6 PCA分析
3.1.7 分类学分析
3.2 讨论
3.2.1 关于土壤细菌群落多样性分析
3.2.2 关于测序技术对群落分析中的影响
3.3 本章小结
第4章 高原早熟禾土壤宏基因组生物信息学分析
4.1 结果与分析
4.1.1 土壤样本DNA质检
4.1.2 测序结果统计分析
4.1.3 基因预测
4.1.4 基因注释
4.1.5 分类学分析
4.2 讨论
4.2.1 关于开展宏基因组测序分析的设想
4.2.2 D样本宏基因组结果中的基因数据
4.2.3 关于D样本中生物群落的分析
4.3 本章小结
第5章 中华皮蝇第三期幼虫基因表达谱研究
5.1 结果与分析
5.1.1 样品质检结果
5.1.2 原始序列数据统计
5.1.3 组装序列统计
5.1.4 表达量计数
5.1.5 ORF预测
5.1.6 功能注释
5.1.7 转录因子分析
5.2 讨论
5.2.1 关于基因表达谱分析的设想
5.2.2 中华皮蝇三期幼虫基因表达特征分析
5.2.3 中华皮蝇三期幼虫基因的数据库注释分析
5.2.4 转录因子分析
5.3 本章小结
第6章 总结与展望
6.1 各研究内容的总结与展望
6.1.1 关于微生物群落多样性研究总结和展望
6.1.2 关于宏基因组学研究的总结和展望
6.1.3 关于中华皮蝇的基因表达谱研究的总结与展望
6.2 全文结论
6.2.1 土壤微生物群落多样性研究结论
6.2.2 中华皮蝇第三期幼虫基因表达谱研究结论
参考文献
附表
致谢
个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果
本文编号：3746933
【文章页数】：140 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
abstract
主要英文缩略词对照表
第1章 前言
1.1 选题背景及意义
1.2 文献综述
1.2.1 三江源生态状况
1.2.2 三江源自然保护区生态保护和建设
1.2.3 三江源国家公园
1.2.4 三江源区域的生物多样性
1.2.5 生物多样性的研究方法之测序技术
1.2.6 宏基因组学
1.2.7 中华皮蝇
1.2.8 全长转录组
1.2.9 转录因子
1.3 论文工作设计
1.3.1 论文内容
1.3.2 研究路线
第2章 实验材料与方法
2.1 实验材料
2.1.1 试验样本
2.1.2 试验主要试剂
2.1.3 试验主要设备
2.2 方法
2.2.1 土壤细菌群落多样性分析方法
2.2.2 土壤宏基因组文库测序分析方法
2.2.3 中华皮蝇三期幼虫全长转录组生物信息学分析方法
第3章 三江源早熟禾试验田土壤细菌群落多样性分析
3.1 结果与分析
3.1.1 DNA电泳质检与PCR扩增结果
3.1.2 测序数据统计
3.1.3 多样性指数
3.1.4 OTU分布VENN图
3.1.5 多样品相似度树状图
3.1.6 PCA分析
3.1.7 分类学分析
3.2 讨论
3.2.1 关于土壤细菌群落多样性分析
3.2.2 关于测序技术对群落分析中的影响
3.3 本章小结
第4章 高原早熟禾土壤宏基因组生物信息学分析
4.1 结果与分析
4.1.1 土壤样本DNA质检
4.1.2 测序结果统计分析
4.1.3 基因预测
4.1.4 基因注释
4.1.5 分类学分析
4.2 讨论
4.2.1 关于开展宏基因组测序分析的设想
4.2.2 D样本宏基因组结果中的基因数据
4.2.3 关于D样本中生物群落的分析
4.3 本章小结
第5章 中华皮蝇第三期幼虫基因表达谱研究
5.1 结果与分析
5.1.1 样品质检结果
5.1.2 原始序列数据统计
5.1.3 组装序列统计
5.1.4 表达量计数
5.1.5 ORF预测
5.1.6 功能注释
5.1.7 转录因子分析
5.2 讨论
5.2.1 关于基因表达谱分析的设想
5.2.2 中华皮蝇三期幼虫基因表达特征分析
5.2.3 中华皮蝇三期幼虫基因的数据库注释分析
5.2.4 转录因子分析
5.3 本章小结
第6章 总结与展望
6.1 各研究内容的总结与展望
6.1.1 关于微生物群落多样性研究总结和展望
6.1.2 关于宏基因组学研究的总结和展望
6.1.3 关于中华皮蝇的基因表达谱研究的总结与展望
6.2 全文结论
6.2.1 土壤微生物群落多样性研究结论
6.2.2 中华皮蝇第三期幼虫基因表达谱研究结论
参考文献
附表
致谢
个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果
本文编号：3746933
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3746933.html