原发性胆汁性胆管炎抗核抗体亚型的全基因组关联研究

发布时间：2024-04-02 20:53

　　原发性胆汁性胆管炎(primary biliary cholangitis,PBC)是一种以血清碱性磷酸酶异常升高、肝内中小胆管损伤和抗线粒体抗体抗体(anti-mitochondrial antibodies,AMA)产生为主要特点的自身免疫病。除了AMA,抗sp100抗体和抗gp210抗体是PBC的两个重要抗核抗体(anti-nuclear antibodies,ANA)血清标志物,特异性接近100%,出现在10%⁴0%的患者血清中并且可能参与疾病进展。PBC有很强的遗传易感性,不同人种的遗传学研究发现多个PBC易感位点。目前PBC抗核抗体产生的遗传基础还不清楚,揭示与这些抗体产生相关的遗传因素将有助于我们对疾病的认识和深入理解发病机制。本研究在全基因组范围内探究分别与PBC抗gp210抗体和抗sp100抗体产生关联的主要遗传决定因素。主要内容如下:1、AMA、抗sp100抗体和抗gp210抗体检测的酶联免疫吸附法的建立和对患者血清自身抗体的定性检测。2、基于汉族人群PBC样本的Illumina中华芯片的SNP分型数据,使用PLINK软件对930例PBC患者中...

【文章页数】：114 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

图1MHC基因型填充[26]

GWA数据的基因型填充能够增加单核苷酸多态性的密度,寻找已知的关联位点周围的其他关联SNP,同时提高对采用了不合适的标签SNP(taggingSNP,tagSNP)进行标记的SNP的检验效能。此外,基因型填充也被用到GWAS数据的Meta分析中。由于不同GWAS使用的芯片不同,....

图2技术路线图

本课题的目的及意义:在汉族人群PBC全基因组SNP分型数据的基础上,确定与PBC抗核抗体亚型显著关联的遗传变异位点,探讨这些遗传变异和多态性的在PBC发病机制中可能的作用,为PBC的风险预测,早期诊断和治疗提供靶目标。2.1PBC遗传学研究

图3SNP2HLAImputation过程概述[27]

SNP2HLA能够对HLA等位基因、氨基酸残基(标记为存在/缺失)、SNP和插入/缺失(insertion/deletions,indels)进行标记。SNP2HLA的基因型填充过程如图3所示,目的是尽量减少提前假设致病变异类型,在一个非偏倚的模式下检测所有的变异。SNP2HLA....

图4BPO重组蛋白和BP重组蛋白示意图

AMA-M2的靶抗原是线粒体内膜上2-OADC家族的主要成分,包括PDC-E2、BCOADC-E2、OGDC-E2、E3BP、PDC-E1α和PDC-E1β。PBC患者针对后三者抗原的血清反应较少,主要与前三者抗原成分反应。本研究对PDC-E2、BCOADC-E2和OGDC-E2....

本文编号：3946188