鸡红/白耳叶转录组分析及差异基因的筛选
发布时间：2023-08-06 16:41
耳叶是鸡典型的外貌特征,其位于耳孔下方,为无羽毛覆盖的圆形或椭圆形的褶皱皮肤结构,颜色因品种而异,在一些品种中可以发现黄色,蓝色,紫色和黑色,但常见的是红色和白色。近几年的研究表明,鸡的红色/白色耳叶颜色在某些品种中是一种受多基因控制的性状,但其分子遗传和组织学机制尚不清楚。本研究选取红耳的北京油鸡和白耳的白来航鸡为主要研究对象,通过冰冻切片深入观察红/白耳叶组织结构;运用高通量测序技术分析了上述两个品种35日龄和105日龄耳叶组织的转录组数据,在基因表达水平上筛选出差异表达的候选基因并运用荧光定量方法进行检测;获得如下初步研究结果:1.通过对3只105日龄北京油鸡和3只105日龄白来航鸡耳叶皮肤组织进行冰冻切片试验,发现红色耳叶真皮层的窦状毛细血管数量多于白色耳叶,而表皮层和皮下组织无明显差异。2.通过对3只35日龄北京油鸡(BY35D)、3只35日龄白来航鸡(BLH35D)、3只105日龄北京油鸡(BY105D)和3只105日龄白来航鸡(BLH105D)耳叶组织的转录组数据分析发现,在四个比较组中(BLH105DBLH35D、BY105DB
【文章页数】：102 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
中英文缩略词表
第1章 文献综述
1.1 RNA测序(RNA-seq)技术及其在家禽中的应用
1.1.1 转录组及RNA-seq技术概述
1.1.2 RNA质量检测
1.1.3 文库构建
1.1.4 深度测序
1.1.5 测序数据生物信息学分析
1.1.5.1 原始测序序列
1.1.5.2 数据过滤
1.1.5.3 数据质量评估
1.1.5.4 与参考数据库比对
1.1.5.5 表达量分析
1.1.5.6 差异表达分析
1.1.5.7 聚类分析
1.1.5.8 GO功能分析和KEGG通路分析
1.1.5.9 可变剪接分析
1.1.5.10 变异分析
1.1.6 RNA-seq技术面临的挑战及前景
1.1.7 RNA-seq技术在家禽中的应用
1.2 鸡色素沉积相关性状研究现状
1.2.1 羽色性状
1.2.2 肤色性状
1.2.3 胫色性状
1.2.4 蛋壳色性状
1.2.5 耳色性状
1.2.6 耳色性状候选基因研究进展
1.3 小结
第2章 引言
2.1 研究背景
2.2 研究目的及意义
2.3 研究内容
第3章 材料与方法
3.1 试验材料
3.1.1 试验动物
3.1.2 主要试剂及耗材
3.1.3 仪器
3.1.4 主要生物信息学分析软件
3.2 试验方法
3.2.1 北京油鸡和白来航鸡各组织样品的采集
3.2.2 105日龄北京油鸡和白来航鸡耳叶组织结构观察与分析
3.2.2.1 冰冻切片制作
3.2.2.2 耳叶组织结构观察与分析
3.2.3 北京油鸡和白来航鸡各组织RNA提取
3.2.4 北京油鸡和白来航鸡各组织RNA质量检测
3.2.5 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织RNA-seq文库构建与检测
3.2.6 上机测序
3.2.7 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织转录组数据处理及生物信息学分析
3.2.7.1 原始测序数据处理
3.2.7.2 Clean Reads与参考基因组比对
3.2.7.3 表达量分析
3.2.7.4 差异表达分析
3.2.7.5 GO功能分析和KEGG通路分析
3.2.7.6 可变剪接分析
3.2.7.7 变异分析
3.2.7.8 候选基因的筛选
3.2.8 候选基因qPCR分析
3.2.8.1 引物设计
3.2.8.2 反转录
3.2.8.3 实时荧光定量PCR
3.2.8.4 qPCR结果的统计分析
3.2.8.5 候选基因组织表达谱分析
第4章 结果与分析
4.1 红色耳叶和白色耳叶组织结构观察
4.2 北京油鸡和白来航鸡各组织RNA质检结果
4.3 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织RNA-seq数据质控结果
4.3.1 数据过滤结果
4.3.2 测序碱基分布情况
4.4 耳叶组织测序数据与参考基因组的比对分析
4.5 基因表达量分析
4.6 差异表达分析
4.6.1 差异表达基因统计分析
4.6.2 差异表达基因聚类分析
4.7 GO功能分析和KEGG通路分析
4.7.1 差异表达基因的GO统计
4.7.2 差异表达基因GO显著性富集
4.7.3 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织转录组数据的KEGG通路分析
4.8 候选基因的筛选
4.9 可变剪接事件分析
4.10 变异分析
4.11 候选基因荧光定量PCR结果
4.11.1 qPCR候选基因的选择及引物设计
4.11.2 qPCR扩增曲线及溶解曲线分析
4.11.3 候选基因在耳叶组织中相对表达量
4.11.4 荧光定量PCR结果与RNA-seq结果比较
4.11.5 HBA1基因在各组织的相对表达量
第5章 讨论
5.1 红色耳叶与白色耳叶组织结构特征
5.2 鸡红耳和白耳组织的差异表达基因
5.3 鸡红/白耳叶性状候选基因
5.4 候选基因在耳叶组织的差异表达
5.5 HBA1基因的组织表达谱
第6章 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士期间论文发表情况
本文编号：3839682
【文章页数】：102 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
中英文缩略词表
第1章 文献综述
1.1 RNA测序(RNA-seq)技术及其在家禽中的应用
1.1.1 转录组及RNA-seq技术概述
1.1.2 RNA质量检测
1.1.3 文库构建
1.1.4 深度测序
1.1.5 测序数据生物信息学分析
1.1.5.1 原始测序序列
1.1.5.2 数据过滤
1.1.5.3 数据质量评估
1.1.5.4 与参考数据库比对
1.1.5.5 表达量分析
1.1.5.6 差异表达分析
1.1.5.7 聚类分析
1.1.5.8 GO功能分析和KEGG通路分析
1.1.5.9 可变剪接分析
1.1.5.10 变异分析
1.1.6 RNA-seq技术面临的挑战及前景
1.1.7 RNA-seq技术在家禽中的应用
1.2 鸡色素沉积相关性状研究现状
1.2.1 羽色性状
1.2.2 肤色性状
1.2.3 胫色性状
1.2.4 蛋壳色性状
1.2.5 耳色性状
1.2.6 耳色性状候选基因研究进展
1.3 小结
第2章 引言
2.1 研究背景
2.2 研究目的及意义
2.3 研究内容
第3章 材料与方法
3.1 试验材料
3.1.1 试验动物
3.1.2 主要试剂及耗材
3.1.3 仪器
3.1.4 主要生物信息学分析软件
3.2 试验方法
3.2.1 北京油鸡和白来航鸡各组织样品的采集
3.2.2 105日龄北京油鸡和白来航鸡耳叶组织结构观察与分析
3.2.2.1 冰冻切片制作
3.2.2.2 耳叶组织结构观察与分析
3.2.3 北京油鸡和白来航鸡各组织RNA提取
3.2.4 北京油鸡和白来航鸡各组织RNA质量检测
3.2.5 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织RNA-seq文库构建与检测
3.2.6 上机测序
3.2.7 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织转录组数据处理及生物信息学分析
3.2.7.1 原始测序数据处理
3.2.7.2 Clean Reads与参考基因组比对
3.2.7.3 表达量分析
3.2.7.4 差异表达分析
3.2.7.5 GO功能分析和KEGG通路分析
3.2.7.6 可变剪接分析
3.2.7.7 变异分析
3.2.7.8 候选基因的筛选
3.2.8 候选基因qPCR分析
3.2.8.1 引物设计
3.2.8.2 反转录
3.2.8.3 实时荧光定量PCR
3.2.8.4 qPCR结果的统计分析
3.2.8.5 候选基因组织表达谱分析
第4章 结果与分析
4.1 红色耳叶和白色耳叶组织结构观察
4.2 北京油鸡和白来航鸡各组织RNA质检结果
4.3 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织RNA-seq数据质控结果
4.3.1 数据过滤结果
4.3.2 测序碱基分布情况
4.4 耳叶组织测序数据与参考基因组的比对分析
4.5 基因表达量分析
4.6 差异表达分析
4.6.1 差异表达基因统计分析
4.6.2 差异表达基因聚类分析
4.7 GO功能分析和KEGG通路分析
4.7.1 差异表达基因的GO统计
4.7.2 差异表达基因GO显著性富集
4.7.3 北京油鸡和白来航鸡耳叶组织转录组数据的KEGG通路分析
4.8 候选基因的筛选
4.9 可变剪接事件分析
4.10 变异分析
4.11 候选基因荧光定量PCR结果
4.11.1 qPCR候选基因的选择及引物设计
4.11.2 qPCR扩增曲线及溶解曲线分析
4.11.3 候选基因在耳叶组织中相对表达量
4.11.4 荧光定量PCR结果与RNA-seq结果比较
4.11.5 HBA1基因在各组织的相对表达量
第5章 讨论
5.1 红色耳叶与白色耳叶组织结构特征
5.2 鸡红耳和白耳组织的差异表达基因
5.3 鸡红/白耳叶性状候选基因
5.4 候选基因在耳叶组织的差异表达
5.5 HBA1基因的组织表达谱
第6章 结论
参考文献
附录
致谢
攻读硕士期间论文发表情况
本文编号：3839682
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/zaizhiyanjiusheng/3839682.html
教材专著