基于高通量测序的枣疯病转录组分析

发布时间：2023-02-03 11:32

　　为了研究枣树枣疯病发生的分子机理,基于边合成边测序技术,本研究使用Illumina高通量测序平台对健康及感病的木枣树叶片进行转录组测序分析。经过测序质量控制,共得到Clean Data 55.17 Gb,各样品Clean Data平均为6.13 Gb,GC%含量为45.43%,Q30＞93.63%,与参考基因组的比对效率在78.41%～85.77%之间,共发掘1 909个新基因。样品间共筛选出9 593个差异表达基因,其中上调基因有6 199个,下调基因有3 394个。同时,还预测出1 298个转录因子,归于55类转录因子,其中AP2-EREBP家族、MYB家族、b HLH家族和C2H2家族最多,分别有112个、90个、90个和85个。健康木枣与感病木枣（ML vs.WL）注释到各数据库的差异表达基因数（4 755）明显多于其它两个样品组。各样品组间差异表达基因显著富集在黄酮类化合物、苯丙烷类化合物和不饱和脂肪酸生物合成途径,以及植物激素信号转导、淀粉和蔗糖代谢和脂肪酸代谢等代谢通路。该转录组测序分析为寻找枣疯病相关基因提供理论参考。 

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 结果与分析
    1.1 转录组测序分析与比对组装
    1.2 样品间基因表达相关性分析
    1.3 差异基因表达分析
        1.3.1 差异表达基因分布
        1.3.2 差异表达基因功能注释
        1.3.4 差异表达基因转录调控因子预测分析
2 讨论
3 材料与方法
    3.1 试验材料
    3.2 RNA的提取检测
    3.3 测序数据质量控制
    3.4 差异表达基因筛选及注释
作者贡献


【参考文献】：
期刊论文
[1]枣WRKY转录因子的鉴定及其对枣疯病植原体和激素处理的应答[J]. 付冰,叶霞,王会鱼,陈鹏,李继东,郑先波,谭彬,冯建灿.  林业科学. 2018(08)
[2]陆地棉植物络合素合酶基因的鉴定与功能预测[J]. 梅磊,李玲,肖钦之,陈进红,祝水金.  棉花学报. 2018(03)
[3]基于转录组水平的枣疯病发病机理研究[J]. 张舒怡,张钟,张春梅,李欢,李新岗.  园艺学报. 2017(07)
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[6]基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘[J]. 董新龙,张向前,韩昆鹏,凌姣姣,张跟喜,王金玉,王永娟.  中国畜牧兽医. 2017(02)
[7]苦荞转录因子基因FtbHLH3的克隆及其非生物胁迫下的表达分析[J]. 姚攀锋,赵学荣,李茂菲,王安虎,吴琦.  基因组学与应用生物学. 2016(02)
[8]实时荧光定量PCR（SYBR Green I）检测不同抗枣疯病枣树品种嫁接接穗中的植原体浓度[J]. 任争光,王合,林彩丽,刘曦,宋传生,冯术快,于少帅,卢绪利,田国忠.  植物病理学报. 2015(05)
[9]苦荞转录因子基因FtMYB21的克隆及其非生物胁迫下的表达分析[J]. 黄云吉,邓仁榆,高飞,雒晓鹏,吴琦.  基因组学与应用生物学. 2015(09)
[10]枣疯病植原体LAMP可视化检测方法的建立[J]. 韩剑,罗明,何贵伦,张祥林,项雪峰.  西北农业学报. 2015(06)

博士论文
[1]基于RNA-Seq的野生蕉（Musa itinerans）果皮颜色差异形成的分子机制研究[D]. 邓素芳.福建农林大学 2018
[2]枣树对植原体侵染的光合响应及其抗性诱导研究[D]. 刘志国.河北农业大学 2014

硕士论文
[1]枣疯病发生过程中差异表达NAC转录因子筛选及功能初步鉴定[D]. 顾理媛.河南农业大学 2018
[2]基于转录组水平的枣疯病发病机理研究[D]. 张舒怡.西北农林科技大学 2017



本文编号：3734533