泡桐根系应答铅锌矿胁迫的转录组分析

发布时间：2023-04-25 21:40

　　【目的】白花泡桐Paulownia fortunei (Seem.) Hemsl.为中国南方重要的尾矿造林树种。为了揭示泡桐根系受重金属胁迫后的转录调控机制,明确泡桐根系响应重金属胁迫的相关基因和重要通路。【方法】以生长在铅锌矿、南方红壤的白花泡桐根为实验材料,进行高通量测序,将组装的基因序列在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、SwissProt、KEGG和GO数据库中进行基因功能注释,同时对在红壤、铅锌矿中差异表达的泡桐根部基因进行了分析。【结果】1)经过测序共得到366 701 960条reads序列,总碱基数为53.90 Gb,GC平均含量达44.58%。将测序所得reads再经Trinity软件组装后得到126 061条基因序列,其中96 133条序列获得了注释信息,占总数的76.25%。2)注释到Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO数据库的基因序列数分别为63 938、64 685、68 840、29 886、66 433、28 747、68 840条。3)相对于红壤生长条件,铅锌矿胁迫时泡桐根部分别有154个基因上调和4 143个基...

【文章页数】：11 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验材料
    1.2 实验设计
    1.3 实验方法
        1.3.1 RNA提取与鉴定
        1.3.2 文库构建及转录组测序
        1.3.3 测序数据质量评估及转录本拼接
        1.3.4 基因功能注释
        1.3.5 SSR监测及引物设计
        1.3.6 差异表达基因分析
        1.3.7 差异表达基因的q RT-PCR验证
2 结果与分析
    2.1 测序数据质量评估
    2.2 基因功能注释与分类
        2.2.1 功能注释序列比较
        2.2.2 GO数据库注释与分类
        2.2.3 KOG数据库注释与分类
        2.2.4 KEGG数据库注释分析与分类
        2.2.5 基因表达水平分析
    2.3 差异表达基因分析
        2.3.1 差异基因的筛选
        2.3.2 差异表达基因的GO富集性分析
        2.3.3 差异表达基因KEGG富集性分析
        2.3.4 铅锌矿胁迫下的转录因子分析
        2.3.5 差异表达基因q RT-PCR验证
3 结论与讨论



本文编号：3801113