伯乐树叶绿体密码子役佣偏好分析

发布时间：2024-02-28 23:54

　　以伯乐树叶绿体基因为研究对象,利用CodonW、SPSS、R等软件分析密码子役佣模式。结果表明,伯乐树叶绿体基因多数现役密码子偏好较弱,现役密码子偏好数与第3位GC含量相关性均未达显著水平;单个基因现役密码子数比值多为-0.05～0.10;对应分析中第1轴与现役密码子偏好数、密码子GC总含量、密码子第3位GC含量的相关系数分别为―0.208、-0.013、-0.064,均未发现显著相关性;密码子第3位偏向于使用嘧啶;确定16个最优密码子,其中多以A或T结尾。伯乐树叶绿体基因密码子役佣模式可能由选择和突变及其它因素共同作用形成。此外,为便于论述定义了几个基本术语并以数学语言改写了有效密码子数公式。

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【部分图文】：

图1中性绘图

图1表明,GC12与GC3的相关系数为0.016,双尾检验不显著,直线斜率为0.2079,GC3与GC12的相关性很弱,突变对现役码第3位碱基组成的影响与第1、2位不同。说明伯乐树叶绿体基因码役偏好的形成受突变影响作用较弱,其它因素尤其是选择在此过程中可能起到重要的作用。2.3....

图2奇偶偏好绘图

图2显示,大部分样本基因分布于下方区域,说明在现役码第3位T的使用频率高于A,分布于左下方的基因略多于右下方,表明现役码第3位碱基C的使用高于G。由此推测,伯乐树叶绿体基因码役模式受突变和选择压力等因素的共同影响。2.4有效密码子数绘图分析

图3有效密码子数绘图

图3显示,样本基因ENCbias值较分散,基因间码役偏好差别明显。表3的RENC频率分析显示,大部分样本基因RENC分布在-0.05～0.10之间,表明伯乐树叶绿体中该部分基因的码役偏好更多受突变的影响。rps14、petD、rps8、rps18等基因远离ENCmuta曲线,位于....

图4基于RSCU的对应性分析

经过计算,用ΔRSCU≥0.08的标准筛选优越密码子,以RSCUall>1为高频密码子,以同属二者的现役码作为最优密码子,结果见表4。最终确定伯乐树叶绿体有16个最优密码子,其中15个密码子以A或U结尾,仅1个密码子以G结尾。伯乐树叶绿体基因中ΔRSCU>0.5的密码子有7个,分....

本文编号：3914168