银杏ERF转录因子家族的全基因组学鉴定及表达模式分析

发布时间：2024-04-18 01:26

　　以银杏基因组数据库为基础,通过序列比对,并经过鉴定筛选,共获得112个ERF转录因子家族成员,对其进行生物信息学及表达模式分析。结果显示:银杏112个ERF成员在系统进化树上分为10个亚家族;基因结构分析表明,大部分ERF家族基因结构简单,仅少量基因含有1～4个内含子;基因表达分析显示,39个ERF基因在雄蕊中表达量较高,20个基因在幼苗中表达量较高,40个基因在胚中表达量较高;部分基因在雄蕊、胚和幼苗中具有相同的表达模式,说明其可能具有类似的功能。

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【部分图文】：

图1银杏ERF家族的系统进化分析结果

根据已知的拟南芥ERF转录因子家族成员的氨基酸序列，在银杏数据库中检索到147条可能为AP2/ERF转录因子家族成员的氨基酸序列。进一步采用NCBI–CDD在线工具对氨基酸序列上的保守结构域进行检测，剔除保守结构域中不完整的序列，最终得到112个银杏ERF转录因子家族成员。根据下....

图2银杏ERF家族成员AP2/ERF保守结构域

利用ClustalX对银杏ERF转录因子家族成员的氨基酸序列进行多重比对，发现112个成员中均含有1个由60～70个氨基酸残基组成的保守区域，即AP2/ERF结构域，在其N端含有3个β–折叠，C端含有1个α–螺旋(图2–A)。利用在线工具WebLogo分析银杏ERF家族所有成....

图3银杏ERF家族基因结构分析

利用在线工具GSDS对银杏ERF家族112个成员的基因结构进行了分析，结果如图3所示。大部分的基因不含有内含子，有19个基因成员含有1个内含子，4个ERF基因成员含有2个内含子，5个基因含有3个内含子，仅有2个基因含有4个内含子。其中，含有3个内含子的基因主要分布在第IV、VII....

图4银杏不同组织ERF编码基因的表达分析结果

利用Heml1.0软件绘制基因表达热图(图4)。结果显示：112个银杏ERF家族基因在不同的组织中表达水平存在差异，39个基因成员在银杏雄株开花期的雄蕊中的表达水平较高；20个基因在银杏幼苗中的表达水平较高；40个基因在银杏雌株的胚中表达量较高；剩余的13个ERF家族基因在3个....

本文编号：3957214