基于RNA-Seq技术的黄连根茎与须根转录组分析

发布时间：2023-10-20 19:53

　　采用RNA-Seq技术,对黄连根茎与须根进行转录组分析,经过trinity软件组装得到130 592条Unigenes,平均长度为700bp,其中68976条Unigenes在NR、GO、KEGG、egg NOG、Swiss-Prot和Pfam数据库获得基因注释信息,仅占全部Unigenes的52.82%。39 572个Unigene被注释到GO数据库的生物学进程、细胞组分和分子功能三大类的52个小类中;参与KEGG的5大类代谢通路,34个代谢路径,共搜索到24 999个SSR位点,单核苷酸、两核苷酸和三核苷酸为黄连根部SSR的主要重复基序。黄连根茎与须根的差异表达基因有13 496个,在黄连须根中上调的差异基因有8 375个,下调的有5 121个。两者差异基因GO富集分析表明,跟次生代谢相关进程的前5项为次生代谢进程、次生代谢物生物合成过程、生物碱代谢过程、异喹啉生物碱生物合成过程和异喹啉生物碱代谢过程。在细胞组分分类中,膜结构、细胞壁和外封装结构为差异基因富集的前三;在分子功能分类中,跟氧化还原酶活性相关条目占差异基因富集显著的前四。在KEGG数据库中,共有3749个差异基因定位到...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料及处理
    1.2 RNA提取及测序
    1.3 数据的拼接与组装
    1.4 Unigene注释及预测
    1.5 SSR预测及特征分析
    1.6 基因表达的差异分析
    1.7 差异基因的富集分析
2 结果与分析
    2.1 序列组装
    2.2 转录组注释和分析
        2.2.1 Unigene公共数据库注释
        2.2.2 Unigene的GO分类
        2.2.3 egg NOG注释分析
        2.2.4 KEGG注释分析
        2.2.5 SSR位点预测
        2.2.6 转录因子（TF）预测
    2.3 黄连根茎与须根的基因差异表达分析
    2.4 差异基因的富集分析
        2.4.1 差异基因的GO富集分析及功能注释
        2.4.2 差异基因的KEGG富集分析
3 讨论与结论



本文编号：3855429