怀玉山高山马铃薯及其平原种植退化块茎的转录组分析

发布时间：2024-06-13 19:13

　　为探究怀玉山高山马铃薯平原生境种植出现种性退化导致形态和品质变异的机制,本研究以怀玉山高山马铃薯(麻籽洋芋)正常种及其平原种植退化种的采后块茎为试验材料进行转录组分析.结果表明:怀玉山高山马铃薯正常种及其平原种植退化种块茎差异表达基因数目为3 604个,其中上调基因的数目为1 331个,下调基因的数目2 273个. GO富集分析显示,差异基因主要注释到镉离子响应、根毛伸长、对缺水的反应、病原菌防御反应、盐胁迫反应、脱落酸反应、细胞组分、质膜、细胞内包膜细胞器、叶绿体、高尔基体、光系统Ⅱ、光系统I、蛋白质结合、电子载体活性、血红素结合、叶绿素结合、谷胱甘肽结合等功能. KEGG富集分析显示,差异基因主要注释到苯丙氨酸代谢、植物-病原菌相互作用、苯丙素生物合成、谷胱甘肽代谢、半乳糖代谢、光合作用、氮代谢等生物功能. qRT-PCR检测了10个差异基因在怀玉山高山马铃薯正常种及其平原种植退化种块茎的表达量,其变化趋势均与RNA-seq一致.研究结果将为进行怀玉山高山马铃薯平原生境种植出现形态变大、品质下降等现象的基因表达分析提供参考.

【文章页数】：10 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 RNA提取
        1.2.2 Illumina Hiseq测序
        1.2.3 数据分析
        1.2.4 相关差异表达基因的qRT-PCR
2 结果与分析
    2.1 测序数据产出统计
    2.2 转录组数据与参考基因组序列的比对效率
    2.3 基因表达量分析
    2.4 基因差异表达分析
    2.5 差异表达基因GO分类
    2.6 差异表达基因COG分类
    2.7 差异表达基因KEGG注释
    2.8 相关差异表达基因的qRT-PCR分析验证
3 讨 论



本文编号：3993524