可可毛色二孢全基因组分泌蛋白的预测及分析

发布时间：2021-10-19 13:39

　　【目的】可可毛色二孢（Lasiodiplodia theobromae）是一种世界性分布的重要植物病原真菌,可引起严重的葡萄溃疡病（Botryosphaeria dieback）,影响果木品质并造成巨大的经济损失。本研究预测并分析可可毛色二孢基因组范围内的分泌蛋白,并明确其基本特征,为该病菌分泌蛋白致病机理的研究打下基础。【方法】依据已公布的可可毛色二孢全基因组序列,利用信号肽预测软件SignalP v5.0、跨膜结构分析软件TMHMM v2.0、细胞器定位分析软件ProtComp v9.0、GPI锚定预测软件big-PI Fungal Predictor和亚细胞器定位分析软件TargetP v2.0生物信息学软件对该菌中的典型分泌蛋白进行筛选。对分泌蛋白N端信号肽的长度、氨基酸使用频率及其切割位点进行统计分析。依据蛋白序列的同源性,应用BLASTP程序对分泌组蛋白进行功能注释分析,预测其生物学功能。采用蔗糖酶缺陷的酵母分泌系统,对所选分泌蛋白的信号肽进行活性检测。利用qRT-PCR方法检测所选分泌蛋白基因在可可毛色二孢侵染葡萄中的表达情况。【结果】在可可毛色二孢全基因组编码蛋白中共筛... 

【文章来源】：中国农业科学. 2020,53(24)北大核心CSCD

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

可可毛色二孢中937个具有信号肽蛋白的亚细胞定位

图1 可可毛色二孢中937个具有信号肽蛋白的亚细胞定位为了在预测蛋白中将这一部分蛋白去除，对576个蛋白序列进一步应用big-PI Fungal predictor[26]在线软件进行GPI锚定位点预测分析，结果发现552个蛋白序列不具有GPI锚定位点，而24个蛋白含有GPI锚定位点。通过对以上552个非GPI锚定蛋白序列测试发现，这552个测试蛋白序列均具有胞外分泌途径信号肽（SP）。

进一步对20种氨基酸在候选分泌蛋白信号肽区段中的使用频率进行统计分析，结果如图5所示，在组成信号肽的20种氨基酸中，有129个丙氨酸（A），数量最多，占分泌蛋白总数的23.4%；其次为亮氨酸（L），数量为106个，占全部的19.2%；非极性、疏水的氨基酸使用频率最高（A、G、I、L、P和V），占蛋白总数的60.2%；其次是极性、不带电荷的氨基酸（C、M、N、Q、S和T），占全部的27.2%；带正电荷的碱性氨基酸（K、R和H）所占比例为5.2%；带负电荷的酸性氨基酸（A和E）占23.7%；芳香族氨基酸（W、F和Y）占6.8%。图4 可可毛色二孢分泌蛋白的信号肽长度分布

【参考文献】：
期刊论文
[1]希金斯刺盘孢全基因组候选效应分子的预测[J]. 陈琦光,王陈骄子,杨媚,周而勋.  热带作物学报. 2015(06)
[2]植物病原真菌分泌蛋白质组学研究进展[J]. 李云锋,聂燕芳,王振中.  微生物学通报. 2015(06)
[3]全基因组预测禾谷炭疽菌的分泌蛋白[J]. 韩长志.  生物技术. 2014(02)
[4]大丽轮枝菌（Verticillium dahliae VdLs.17）分泌组预测及分析[J]. 田李,陈捷胤,陈相永,汪佳妮,戴小枫.  中国农业科学. 2011(15)
[5]马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析[J]. 周晓罡,侯思名,陈铎文,陶南,丁玉梅,孙茂林,张绍松.  遗传. 2011(07)



本文编号：3444977