水分胁迫下枣裂果的全长转录组分析
发布时间：2022-01-16 05:17
为了从转录本水平阐明水分胁迫下的枣裂果的分子机制,以5 a生金丝新4号品种为试验材料进行50 h的喷淋,模拟水分胁迫,处理结束后对喷淋前后的样品在ONT平台进行3代全长转录组测序。6个样品共获得13 368条转录本序列,APA事件中鉴定到9 178个PolyA位点,并找到78个显著富集的PolyA信号（PAS）motif,预测到7 321个SSR和114个lncRNA;对照组和处理组分别鉴定到239,189个可变剪接事件;差异分析共得到248个差异转录本,参与的主要转录本包括钙网蛋白、钙联蛋白、热激蛋白、微管蛋白、果糖激酶等。GO富集显示,差异转录本主要参与了翻译、有丝分裂、冷适应等生物学过程,相应地细胞组分为细胞质和核糖体,富集的分子功能为核糖体成分、木葡糖基转移酶活性等;通过KEGG富集分析发现,上调表达的转录本主要参与了内质网蛋白加工、吞噬体、氨基糖与核糖代谢以及淀粉和蔗糖代谢通路;下调转录本主要参与了内质网蛋白加工、氮代谢和光合作用-天线蛋白通路等过程。差异转录本编码的蛋白之间存在复杂的互作网络。水分胁迫下的裂果机制可能包括可变剪接事件的减少、钙网蛋白和钙调蛋白对钙离子的调节、...
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(S1)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
喷淋前后果皮可变剪接事件统计
用MISA从11 100条500 bp以上的转录本中共鉴定到7 321个简单重复序列(Simple Single Repeat, SSR),各种类型的SSR的数目如表2所示。其中包含1个以上SSR的转录本有1 713个。表2 SSR分析结果统计Tab.2 Statistics of SSR 类型Searching items 数量Numbers 序列总数Total number of sequences examined 11 100 包含SSR的序列数Number of SSR containing sequences 4 799 包含1个以上SSR序列数Number of sequences containing more than 1 SSR 1 713 单碱基Mono nucleotide 3 433 双碱基Di nucleotide 2 317 三碱基Tri nucleotide 1 449 四碱基Tetra nucleotide 67 五碱基Penta nucleotide 23 六碱基Hexa nucleotide 32
因长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)不编码蛋白，通过对转录本进行编码潜能筛选，判断其是否具有编码潜能，从而可以判定该转录本是否为lncRNA。用4种分析方法预测lncRNA得到的结果取交集，结果如图3所示，共预测到114个lncRNA。2.3 转录本/基因表达定量和差异转录本/基因筛选分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]连阴雨对沾化冬枣的不利影响及应对措施[J]. 宗晓鸿. 落叶果树. 2019(03)
[2]番荔枝果实后熟过程多糖代谢与果实软化和采后裂果的关系[J]. 李伟明,陈晶晶,段雅婕,胡会刚,庞振才,胡玉林. 植物生理学报. 2018(11)
[3]果实中果胶代谢相关酶基因的研究进展[J]. 陈凯莉,许轲,张贤聪,王亚楠,汪志辉,王迅. 园艺学报. 2017(10)
[4]Antisense expression of Gossypium barbadense UGD6 in Arabidopsis thaliana significantly alters cell wall composition[J]. Jie Han,Yuxin Pan,Xingfen Wang,Yan Zhang,Zhiying Ma. Science China（Life Sciences）. 2016(02)
[5]果实裂果影响因子研究进展[J]. 马雯彦,庞晓明,续九如,李颖岳. 华中农业大学学报. 2010(06)
[6]枣裂果机理的初步研究[J]. 李克志,高中山. 果树科学. 1990(04)
硕士论文
[1]枣裂果生理特征及转录组和蛋白组学分析[D]. 王建宇.塔里木大学 2020
[2]基于转录组测序的枣成花和果实品质重要基因的研究[D]. 魏琦琦.中南林业科技大学 2017
[3]玉米穗部低氮响应可变剪接的鉴定[D]. 杨海龙.中国农业科学院 2015
[4]不同授粉的度尾文旦柚裂果相关差异蛋白的研究[D]. 李淑一.福建农林大学 2009
[5]枣抗裂种质筛选及其抗裂机理初步研究[D]. 卢艳清.河北农业大学 2008
本文编号：3592010
【文章来源】：华北农学报. 2020,35(S1)北大核心CSCD
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
喷淋前后果皮可变剪接事件统计
用MISA从11 100条500 bp以上的转录本中共鉴定到7 321个简单重复序列(Simple Single Repeat, SSR),各种类型的SSR的数目如表2所示。其中包含1个以上SSR的转录本有1 713个。表2 SSR分析结果统计Tab.2 Statistics of SSR 类型Searching items 数量Numbers 序列总数Total number of sequences examined 11 100 包含SSR的序列数Number of SSR containing sequences 4 799 包含1个以上SSR序列数Number of sequences containing more than 1 SSR 1 713 单碱基Mono nucleotide 3 433 双碱基Di nucleotide 2 317 三碱基Tri nucleotide 1 449 四碱基Tetra nucleotide 67 五碱基Penta nucleotide 23 六碱基Hexa nucleotide 32
因长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)不编码蛋白，通过对转录本进行编码潜能筛选，判断其是否具有编码潜能，从而可以判定该转录本是否为lncRNA。用4种分析方法预测lncRNA得到的结果取交集，结果如图3所示，共预测到114个lncRNA。2.3 转录本/基因表达定量和差异转录本/基因筛选分析
【参考文献】：
期刊论文
[1]连阴雨对沾化冬枣的不利影响及应对措施[J]. 宗晓鸿. 落叶果树. 2019(03)
[2]番荔枝果实后熟过程多糖代谢与果实软化和采后裂果的关系[J]. 李伟明,陈晶晶,段雅婕,胡会刚,庞振才,胡玉林. 植物生理学报. 2018(11)
[3]果实中果胶代谢相关酶基因的研究进展[J]. 陈凯莉,许轲,张贤聪,王亚楠,汪志辉,王迅. 园艺学报. 2017(10)
[4]Antisense expression of Gossypium barbadense UGD6 in Arabidopsis thaliana significantly alters cell wall composition[J]. Jie Han,Yuxin Pan,Xingfen Wang,Yan Zhang,Zhiying Ma. Science China（Life Sciences）. 2016(02)
[5]果实裂果影响因子研究进展[J]. 马雯彦,庞晓明,续九如,李颖岳. 华中农业大学学报. 2010(06)
[6]枣裂果机理的初步研究[J]. 李克志,高中山. 果树科学. 1990(04)
硕士论文
[1]枣裂果生理特征及转录组和蛋白组学分析[D]. 王建宇.塔里木大学 2020
[2]基于转录组测序的枣成花和果实品质重要基因的研究[D]. 魏琦琦.中南林业科技大学 2017
[3]玉米穗部低氮响应可变剪接的鉴定[D]. 杨海龙.中国农业科学院 2015
[4]不同授粉的度尾文旦柚裂果相关差异蛋白的研究[D]. 李淑一.福建农林大学 2009
[5]枣抗裂种质筛选及其抗裂机理初步研究[D]. 卢艳清.河北农业大学 2008
本文编号：3592010
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