1株鸽源基因Ⅶ型新城疫强毒株的分离鉴定及全基因组分析

发布时间：2024-04-18 06:12

　　为进一步了解新城疫病毒(NDV)的遗传进化规律,从疑似NDV感染的鸽群中通过鸡胚接种分离出1株新城疫强毒株,将其命名为Pigeon/China/SHJD13/2017,经噬斑纯化后测定其鸡胚平均死亡时间(MDT)为57.2 h,1日龄雏鸡脑内致病指数(ICPI)为2,毒力指标属于强毒NDV。参考GenBank公布的NDV全基因组序列,共设计了11对引物,对其进行全基因组测序,序列测定结果显示:分离株属于基因Ⅶ型NDV,其基因组全长15 192 bp,登录号为MK937786,F基因共包含553个aa,裂解位点的氨基酸残基为¹¹²R-R-Q-K-R-F¹¹⁷,符合NDV强毒株的分子特征。通过序列同源性比对分析,该分离株与鸡源强毒株Chicken/China/SDWF07/2011亲缘关系较近,表明该鸽源分离毒株可能来自于感染的鸡群。

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【部分图文】：

图1NDVPigeon/China/SHJD13/2017分离株全基因RT-PCR结果

用琼脂糖凝胶电泳验证PCR产物,如图1所示,结果所设计的11对引物均能扩增出清晰的目的条带,且条带大小与预期结果相符。2.4NDVPigeon/China/SHJD13/2017分离株全基因组结果分析

图240株NDV毒株全基因编码核苷酸序列的遗传进化树

HN基因遗传进化分析结果显示,分离株HN共编码571aa,符合NDV强毒的特征,该分离株含有13个半胱氨酸残基,6个潜在的糖基化位点,且高度保守。与当前分离出的鸽源Ⅶ毒株相比,其HN基因仅在36、49、102、120等位点上表现出一定的特异性。3讨论

本文编号：3957536