高致病性冠状病毒密码子偏爱性分析及S蛋白真核表达重组质粒的构建

发布时间：2023-06-15 20:27

　　目的密码子偏爱性分析已成为多种学科研究的热点问题与前沿方向。在医学病毒学的研究领域里,密码子偏爱性分析常用来了解不同病毒株间进化关系,明确它们之间的遗传特性,进而为疾病的防控与疫苗的研制方面提供重要的理论基础。本课题分析六种人冠状病毒(HCoV:SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-229E、HCoV-NL63、HCoV-OC43、HCoV-HKU1)的密码子偏爱性,了解它们之间的进化关系;又分析不同宿主间高致病性冠状病毒(SARS-CoV、MERS-CoV)的密码子偏爱性及它们的进化关系,以明确高致病性冠状病毒的遗传特性,为其防控提供重要的理论依据。同时利用分子克隆技术构建高致病性冠状病毒不同长度的S蛋白(SARS-S、SARS-S1、SARS-RBD、MERS-S1、MERS-RBD)的真核表达重组质粒,为进一步S蛋白表达及功能研究奠定一定的理论基础。方法本研究,从NCBI下载了所需的冠状病毒基因编码序列(CDS),使用Lasergene子程序EditSeq保存截取的蛋白编码序列;使用EMBOSS子程序CUSP计算密码子Frequency值;CodonW计算密码子ENC、G...

【文章页数】：97 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
英文缩略词及中英文对照
中文摘要
Abstract
第一章 引言
    一、冠状病毒结构及分类
    二、冠状病毒感染细胞过程
    三、冠状病毒S蛋白的结构及其功能
    四、冠状病毒受体识别
        (一) 血管紧张素转化酶 2(ACE2)
        (二) 二肽基肽酶(DPP4)
        (三) 氨基肽酶(APN)
    五、密码子偏爱性分析
        (一) 衡量密码子偏好性指标
        (二) 密码子偏好性的影响因素
        (三) 密码子偏好性的分析方法
第二章 高致病性冠状病毒密码子偏爱性分析
    第一节 六种人冠状病毒密码子偏爱性比较
        1 实验材料
        2 实验方法
        3 实验结果
            3.1 有效密码子数目分析
            3.2 相对密码子使用度
            3.3 ENC-Plot关联分析
            3.4 中性分析
            3.5 奇偶规则分析
            3.6 密码子偏爱性的聚类分析
        4 讨论
        5 结论
    第二节 SARS-CoV与SARSr-CoV密码子偏爱性比较及聚类分析
        1 实验材料
        2 实验方法
        3 实验结果
            3.1 有效密码子数目分析
            3.2 相对密码子使用度
            3.3 ENC-Plot关联分析
            3.4 中性分析
            3.5 奇偶规则分析
            3.6 基于密码子偏性的聚类分析
        4 讨论
        5 结论
    第三节 MERS-CoV密码子偏爱性分析及聚类分析
        1 实验材料
        2 实验方法
        3 实验结果
            3.1 有效密码子数目分析
            3.2 相对密码子使用度
            3.3 ENC-Plot关联分析
            3.4 中性分析
            3.5 奇偶规则分析
            3.6 基于密码子偏性的聚类分析
        4 讨论
        5 结论
第三章 高致病性冠状病毒S蛋白的真核表达载体的构建
    第一节 SARS-CoVS蛋白真核表达载体的构建
        1 实验材料
        2 实验方法
        3 实验结果
        4 讨论
        5 结论
    第二节MERS-CoVS蛋白真核表达载体的构建
        1 实验材料
        2 实验方法
        3 实验结果
        4 讨论
        5 结论
第四章 全文小结
参考文献
附录A 六种冠状病毒同义密码子平均使用度(RSCU)
附录B 真核表达重组质粒测序比对结果图
研究生期间发表的论文
致谢



本文编号：3833614