寻常型银屑病患者肠道微生物的多样性研究
发布时间：2021-11-04 16:45
研究背景:近年来研究表明肠道微生物群在宿主稳态及免疫应答中起关键作用,银屑病为免疫介导的多基因遗传性皮肤病,越来越多的研究表明肠道微生物群可能在银屑病的发病中致病作用,但目前银屑病的肠道微生物组的成分仍然没有达成共识。研究目的:为更好地了解银屑病与肠道微生物之间的关系,我们通过16S测序观察银屑病患者与正常健康人群之间的菌群结构及相互的差异性,为洞察银屑病的发病机制及开发新型治疗提供有利的依据。研究方法:选取20名慢性斑块型银屑病患者及相对应的20名健康对照组,收集受试者的粪便样本,进行DNA提取、目的片段PCR扩增、构建文库、上机测序、生物学信息分析等步骤。研究结果:1.平均每个样品测得84746条reads,经过质控平均得到80155条有效数据,质控有效率达94.63%。以97%的一致性将序列聚类成为OTUs,共得到1362个OTU,我们发现在门水平上,其相对丰度排名靠前的物种包括:Firmicutes（厚壁菌门）、Bacteroidetes（拟杆菌门）、Proteobacteria（变形菌门）、Actinobacteria（放线菌门）、Tenericutes（软壁菌门）、Verr...
【文章来源】：安徽医科大学安徽省
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
说明：图中每个圈表示每个（组）样本，圈和圈重叠部分的数字代表样本（组）之间
28图 3.说明：稀释曲线中（左侧），横坐标是从某个样本中随机抽取的测序样品的数量，纵坐标为基于该测序条数能构建的 OTU 数量，用来反映测序深度情况，不同的样本使用不同颜色的曲线表示；Rank Abundance 曲线中（右侧），横坐标是按 OTUs 丰度排序的序列号，纵坐标是相应的 OTUs 的相对丰度，不同的样本由不同的颜色的折线表示。4.2.3 Alpha 多样性指数组间差异分析通过 Wilcoxon 秩和检验，发现测得的 observed_species、Shannon、simpson、chao1、ACE、PD_whole_tree 指数在 PSO_Control 组间均不具有明显的差异，显著性 p 值分别为 0.6072、0.8831、0.7867、0.3273、0.4291、0.3720（见表 4）。即细
PSO 439 5.438 0.931 479.053 484.548p 值 0.6072 0.8831 0.7867 0.3273 0.42914.3 银屑病患者及健康对照组的样品比较分析Beta Diversity 是对不同样品的微生物群落组成的比离(以物种间的遗传序列信息为参考)和 Bray-Curtis 距离个方面)进行降维分析。4.3.1 主坐标分析（PCoA）PCoA 通过一系列特征值和特征向量排序从多维数结构[62]。我们基于 Unweighted Unifrac 距离执行 PCoA 率的主坐标组合，如下图所示。结果显示银屑病患者和有显著的分离，使用 PC1 和 PC2 的前两个主成分得分和 10.35%)。两组之间的分离明显，这表明两组之间的
【参考文献】：
期刊论文
[1]Dysbiosis of gut microbiota was closely associated with psoriasis[J]. Linsheng Huang,Renyuan Gao,Ning Yu,Yefei Zhu,Yangfeng Ding,Huanlong Qin. Science China（Life Sciences）. 2019(06)
[2]不加权算术平均组对方法的改进及应用[J]. 李玉鑑,徐立业. 北京工业大学学报. 2007(12)
本文编号：3476112
【文章来源】：安徽医科大学安徽省
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
说明：图中每个圈表示每个（组）样本，圈和圈重叠部分的数字代表样本（组）之间
28图 3.说明：稀释曲线中（左侧），横坐标是从某个样本中随机抽取的测序样品的数量，纵坐标为基于该测序条数能构建的 OTU 数量，用来反映测序深度情况，不同的样本使用不同颜色的曲线表示；Rank Abundance 曲线中（右侧），横坐标是按 OTUs 丰度排序的序列号，纵坐标是相应的 OTUs 的相对丰度，不同的样本由不同的颜色的折线表示。4.2.3 Alpha 多样性指数组间差异分析通过 Wilcoxon 秩和检验，发现测得的 observed_species、Shannon、simpson、chao1、ACE、PD_whole_tree 指数在 PSO_Control 组间均不具有明显的差异，显著性 p 值分别为 0.6072、0.8831、0.7867、0.3273、0.4291、0.3720（见表 4）。即细
PSO 439 5.438 0.931 479.053 484.548p 值 0.6072 0.8831 0.7867 0.3273 0.42914.3 银屑病患者及健康对照组的样品比较分析Beta Diversity 是对不同样品的微生物群落组成的比离(以物种间的遗传序列信息为参考)和 Bray-Curtis 距离个方面)进行降维分析。4.3.1 主坐标分析（PCoA）PCoA 通过一系列特征值和特征向量排序从多维数结构[62]。我们基于 Unweighted Unifrac 距离执行 PCoA 率的主坐标组合，如下图所示。结果显示银屑病患者和有显著的分离，使用 PC1 和 PC2 的前两个主成分得分和 10.35%)。两组之间的分离明显，这表明两组之间的
【参考文献】：
期刊论文
[1]Dysbiosis of gut microbiota was closely associated with psoriasis[J]. Linsheng Huang,Renyuan Gao,Ning Yu,Yefei Zhu,Yangfeng Ding,Huanlong Qin. Science China（Life Sciences）. 2019(06)
[2]不加权算术平均组对方法的改进及应用[J]. 李玉鑑,徐立业. 北京工业大学学报. 2007(12)
本文编号：3476112
本文链接：https://www.wllwen.com/yixuelunwen/pifb/3476112.html
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