以基因组、转录组和表观基因组汇总数据为基础的孟德尔随机化方法探索白癜风的调节机制

发布时间：2022-01-07 01:07

　　研究背景白癜风（vitiligo）是一种临床常见的色素脱失性疾病,临床上主要表现为边界较为清晰的白色斑片,不同年龄和不用性别均可发生。皮损可发生于任何部位,尤其以暴露部位、摩擦部位好发。该病色素脱失的斑片是由于相关区域的黑素细胞逐渐减少和缺失所致。由于其具有损容性,严重影响患者的生活质量。白癜风的治疗方法众多,且不同个体对治疗反应的差异较大。对于白癜风的发病机制,近年来的研究表明遗传因素在白癜风的发生发展过程中起到了十分重要的作用,除此之外,还包括自身免疫假说、氧化应激、黑素细胞凋亡、角质形成细胞功能异常等。白癜风的病因尚不明确,它是一种涉及遗传和环境因素的多因素疾病,多种因素都有可能导致疾病的发生,发病机理涉及到细胞生物学、神经内分泌学以及免疫学等领域,其中很多问题尚待解决。近几十年来,许多遗传学研究已被用来确定白癜风的遗传因素,如候选基因分析和连锁研究等。近十年来,复杂疾病遗传研究热点主要集中于全基因组关联分析（Genome-Wide Association Studies,GWAS）,并已应用于白癜风,根据GWAS目录发现了大约100种遗传变异,然而部分基因或DNA元件在疾病发生... 

【文章来源】：安徽医科大学安徽省

【文章页数】：45 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

白癜风RPS26和SUOX基因座基因和调控元件的优先顺序上图显示了白癜风患者GWAS中SNPs的-log10（P值）

安徽医科大学硕士学位论文21Fig1.PrioritizinggenesandregulatoryelementsattheRPS26andSUOXlocusforvitiligo.Thetopplotshowslog10(P-values)ofSNPsfromGWASforvitiligo.Thereddiamondsandbluecirclesrepresentlog10(P-values)fromSMRtestsforassociationsofgeneexpressionandDNAmprobeswithvitiligo,respectively.ThesoliddiamondsandcirclesaretheprobesnotrejectedbytheHEIDItest.Thesecondplotshowslog10(P-values)oftheSNPassociationforgeneexpressionprobeENSG00000139531.8(taggingSUOX)andENSG00000197728.5(taggingRPS26)fromtheeQTLanalysisofGTExproject(useddatafromblood).Thethirdplotshowslog10(P-values)oftheSNPassociationsforDNAmprobecg08627212,cg00907267andcg22580629fromthemQTLstudy.Thebottomplotshowschromatinstatepredictionsacrossprimarycellsandtissuetypes.图2.在白癜风的GZMB位点基因和调控元件的优先顺序上图显示了来自GWAS的白癜风的SNP的-log10（P值）。红色菱形和蓝色圆点分别代表来自SMR测试的-log10（P值），用于基因表达和DNA甲基化探针与白癜风的关联。实心标注的是HEIDI方法未拒绝的探针。第二个图显示了来自CAGEeQTL分析的基因表达探针ILMN_2109489（标记GZMB）的SNP关联

.Thereddiamondsandbluecirclesrepresentlog10(P-values)fromSMRtestsforassociationsofgeneexpressionandDNAmprobeswithvitiligo,respectively.ThesoliddiamondsandcirclesaretheprobesnotrejectedbytheHEIDItest.Thesecondplotshowslog10(P-values)oftheSNPassociationforgeneexpressionprobeILMN_1706511(taggingTEF)fromtheCAGEeQTLanalysis.Thethirdplotshowslog10(P-values)oftheSNPassociationsforDNAmprobecg14911204fromthemQTLstudy.Thebottomplotshowschromatinstatepredictionsacrossprimarycellsandtissuetypes.图4.白癜风潜在调节机制的推断甲基化的cg08343075存在于上调DEF8基因表达的增强子区。DEF8在白癜风中下调，cg08343075在白


本文编号：3573503