蛋白质热稳定性及其与抗癌多肽和污染物分子相互作用研究

发布时间：2023-08-11 12:37

　　蛋白质是一切生命活动的基础，参与了细胞生命活动的每一个进程。蛋白质所行使的各种生物功能与它的三维结构密切相关，即蛋白质必须形成特定的空间结构才能行使其特定的生物学功能。蛋白质主要由常见的20种氨基酸构成，而一条氨基酸序列是如何决定其特定的三维结构，进而发挥特定的生物学功能，一直是科学家们研究的热点问题。蛋白质功能的发挥必须与其他分子相互作用，可以将这些与蛋白质相互作用的分子统称为蛋白质的配体，包括其他蛋白质、多肽、DNA、RNA、小分子等等。蛋白质行使功能的过程可被粗略地看作是蛋白质与配体的结合-转化-释放的过程。对蛋白质-配体复合物结构以及识别机制的研究将有助于我们对生命基本过程的进一步理解。 对蛋白质结构和功能的研究不仅可以探索生命的基本过程，还可以促进众多应用领域的快速发展，例如蛋白质进化工程、生物制药、环境污染的监控与治理等等。蛋白质所具有的一些特性，例如酶的催化效率和特异性倍受工业界青睐，然而在实际的工业生产条件下（高温、高压、极端pH等环境），天然蛋白质的结构和功能往往会遭到破坏。对蛋白质结构稳定性的研究可以为改造设计适合工业用途的蛋白质提供理论支持。在医药领域，越来越多的...

【文章页数】：123 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 绪论
    1.1 蛋白质结构与功能研究
    1.2 计算机模拟方法研究
        1.2.1 蛋白质及蛋白质-配体复合物结构预测
        1.2.2 分子动力学模拟
        1.2.3 结合自由能计算
    1.3 蛋白质热稳定性研究
    1.4 多肽药物研究
    1.5 蛋白质与持久性有机污染物相互作用研究
    1.6 本论文的主要工作
第2章 Sso7d 及其突变体 F31A 的热稳定性和去折叠路径研究
    2.1 引言
    2.2 材料与方法
    2.3 结果分析
        2.3.1 MD 模拟
        2.3.2 二级结构的熔解
        2.3.3 盐桥和氢键
        2.3.4 疏水核心和芳香簇
        2.3.5 去折叠路径
    2.4 讨论
    2.5 本章小结
第3章 抗癌多肽 p28 与肿瘤抑制蛋白 p53 的拉伸分子动力学研究
    3.1 引言
    3.2 材料与方法
        3.2.1 p29-p53 DBD 复合物
        3.2.2 分子动力学模拟
        3.2.3 拉伸分子动力学模拟
        3.2.4 平均力势的计算
    3.3 结果与讨论
        3.3.1 p53 DBD-p29 复合物的解离路径
        3.3.2 p29-p53 DBD 复合物解离过程的能量地形面
    3.4 本章小结
第4章 TCDD 对 CK2 活性抑制机理研究
    4.1 引言
    4.2 材料与方法
        4.2.1 分子相似性
        4.2.2 分子对接
        4.2.3 分子动力学模拟
        4.2.4 MM/PBSA 结合自由能计算
    4.3 结果与讨论
        4.3.1 形状和静电相似性
        4.3.2 结合位点与结合模式预测
        4.3.3 分子动力学模拟
        4.3.4 CK2α-配体复合物的能量分析
        4.3.5 复合物预测结构
    4.4 本章小结
第5章 4,4’-DDE 和 CB-153 与雄性荷尔蒙受体的结合模式研究
    5.1 引言
    5.2 材料与方法
        5.2.1 分子对接
        5.2.2 分子动力学模拟
        5.2.3 MM/PBSA 结合自由能计算
    5.3 结果与讨论
        5.3.1 POPs 与 AR/LBD 的分子对接
        5.3.2 MD 模拟中构象的稳定性
        5.3.3 结合自由能分析
        5.3.4 预测的结合模式
    5.4 本章小结
第6章 4,4’-DDE 和 CB-153 的反向虚拟筛选研究
    6.1 引言
    6.2 材料与方法
        6.2.1 配体分子结构准备
        6.2.2 受体数据库
        6.2.3 分子对接
    6.3 结果分析
        6.3.1 核受体
        6.3.2 视黄醇结合蛋白
        6.3.3 酶
        6.3.4 单克隆抗体
    6.4 讨论
    6.5 本章小结
结论与展望
参考文献
附录
攻读博士学位期间所发表的学术论文
致谢



本文编号：3841333