基于Galaxy的高通量生物数据分析平台

发布时间：2016-10-06 18:05

  本文关键词：生物信息技术加速开发旧药新用途，由笔耕文化传播整理发布。

《华东师范大学》 2013年

基于Galaxy的高通量生物数据分析平台

卢冰心  

【摘要】：随着大量高通量生物数据的出现,数据分析逐渐成为生物研究的瓶颈。越来越多的软件包被开发出来用于各种不同的分析。虽然这些软件促进了数据分析,但是对于没有经验的生物学研究人员来说,往往不知道该选用何种工具进行特定的分析工作,或者即使选择了某个合适的工具,其复杂的操作和大量的参数也不方便使用,特别是使用多种软件进行多个分析步骤的复杂分析时更为困难。 一般的高通量生物数据分析平台虽然集成了很多软件,提供了软件的图形化操作界面和工作流机制,允许用户对这些工具进行一定程度上的自由组合来创建工作流,但是仍不能包含用于高通量生物数据处理的大量分析工具,如RNA-Seq数据和MS/MS数据。有些常用的数据分析pipeline可以完成特定的分析任务,但是安装、配置和使用不方便,如真核生物基因组注释pipeline。针对这些问题,本研究基于Galaxy框架提供的扩展机制开发了一个软件平台Sequoia,集成了处理RNA-Seq数据和MS/MS数据的常用分析软件,以及真核生物基因组注释流程中每个步骤的常用软件。这些软件包括Galaxy中已有的工具和新添加的工具。为了有效地对这些软件加以整合,把多个分析步骤联系起来以提供流水线式的操作模式,还添加了新的脚本。对于MS/MS数据的分析,还创建了另外的数据库和可视化网站。 本研究使得生物学研究人员可以在同一个平台上自由选用各种工具或者灵活组合多种工具创建特定的pipeline来进行海量RNA-Seq数据和MS/MS数据的各种分析工作,并可以利用新的RNA-Seq数据和MS/MS数据完善真核生物的基因组注释。该平台使得生物学研究人员不被软件复杂的操作所束缚,可以将更多的精力投入到对生物学意义的探究上以从大量的数据中挖掘和提取有价值的信息。

【关键词】：
【学位授予单位】：华东师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：TP311.52
【目录】：

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1 王曦;汪小我;王立坤;冯智星;张学工;;新一代高通量RNA测序数据的处理与分析[J];生物化学与生物物理进展;2010年08期

【共引文献】

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1 申欣;田美;朱长保;刘会莲;赵方庆;;应用新一代测序技术测定大室别藻苔虫线粒体基因组全序列[J];海洋学报(中文版);2012年02期

2 黄宏斌;梁芳;熊炜;李小玲;曾朝阳;李桂源;;生物信息技术加速开发旧药新用途[J];生物化学与生物物理进展;2012年01期

3 闫飞;廖志勇;吴志华;陈红兵;;食物过敏原蛋白的定量检测方法[J];食品科学;2010年19期

4 吴一雷;闫鹏程;刘充;陈禹保;赵文明;;基于高通量RNA测序数据分析的弹性云平台[J];生物技术进展;2012年01期

5 王珊珊;赵汝松;苑金鹏;赵金;;基于四极杆-飞行时间质谱的非标记蛋白定量检测方法学研究[J];分析测试学报;2012年08期

6 孙磊;张林;刘辉;;基于RNA-Seq的长非编码RNA预测[J];生物化学与生物物理进展;2012年12期

7 周扬;屈武斌;卢一鸣;张成岗;杨毅;;基于文本频谱的中文文本聚类方法[J];四川大学学报(自然科学版);2012年06期

8 高山;张宁;李勃;徐硕;叶彦波;阮吉寿;;下一代测序中ChIP-seq数据的处理与分析[J];遗传;2012年06期

9 忻骥文;江松敏;;应用于无标记质谱定量分析的生物信息学软件研究进展[J];植物检疫;2011年04期

10 秦婷婷;许刚;季丽丽;陶志华;;雄激素非依赖性前列腺癌细胞中差异甲基化基因的初步筛选[J];中国细胞生物学学报;2013年01期

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1 孙霞;郑成淑;王秀峰;邢世岩;束怀瑞;;菊花花芽分化期叶片和茎尖转录组表达分析[A];中国观赏园艺研究进展2011[C];2011年

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1 张萍;1，，3取代吡唑啉酮类试剂的合成及其用于糖类物质的衍生化和分析研究[D];西北大学;2011年

2 李贵阳;两株鳗弧菌全基因组序列测定及转录组比较分析[D];中国科学院研究生院（海洋研究所）;2011年

3 王丽鸳;基于EST数据库和转录组测序的茶树DNA分子标记开发与应用研究[D];中国农业科学院;2011年

4 翟焕趁;稻瘟病菌菌株FJ81278无毒基因Avr-Pid2的定位及深度测序分析[D];福建农林大学;2011年

5 刘朋虎;草菇同核、异核菌株间差异基因表达的研究[D];福建农林大学;2012年

6 叶海燕;日本三角涡虫（Dugesia japonica）线粒体蛋白质组、转录组研究[D];陕西师范大学;2012年

7 徐红波;基于iTRAQ技术筛选抑郁症相关血浆蛋白和氨基酸的初步研究[D];重庆医科大学;2012年

8 姜义仁;柞蚕微孢子虫检测及感染柞蚕中肠转录组及蛋白质组学研究[D];沈阳农业大学;2012年

9 周正富;甘蓝型油菜隐性核不育分子机理及相关基因功能分析[D];华中农业大学;2011年

10 曾艳玲;油茶种仁糖酵解途径解析及醛缩酶基因家族功能研究[D];中南林业科技大学;2013年

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1 ;VTEL的银河(Galaxy)系列[J];电视技术;1999年09期

2 ;梅兰日兰银河Galaxy PW系列[J];中国计算机用户;1998年27期

3 ;SYNOPSYS推出全面的信号完整性解决方案——Galaxy SI[J];今日电子;2003年07期

4 周长发;多媒体PC机创造视听新概念[J];电子与电脑;1995年06期

5 贾丽丽,昌月楼;基于GalaxyDB的地理信息系统[J];电脑与信息技术;1998年06期

6 安秋顺;逻辑分割服务器——Compaq分区技术Galaxy揭秘[J];微电脑世界;1999年34期

7 ;Aztech的3D多媒体加速卡[J];今日电子;1996年06期

8 东郭;Synopsys推出Galaxy设计平台并开放Milkway数据库[J];电子设计应用;2003年03期

9 ;来自新加坡的著名多媒体厂商——AZTECH[J];多媒体世界;1995年09期

10 ;VTEL的银河(Galaxy)系列为其大型会议电视产品锦上添花[J];中国图象图形学报;1999年09期

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1 沈世银;;The brightest group galaxy and fossil group[A];中国天文学会2011年学术年会手册[C];2011年

2 刘磊;;A Multi-Phase Chemodynamic Galaxy Formation Model[A];中国天文学会2011年学术年会手册[C];2011年

3 赵鹏飞;钱沄涛;郑文斌;;基于在线生物学文献的MRI图像获取[A];第八届全国信号与信息处理联合学术会议论文集[C];2009年

4 乔善义;董剑英;郭继芬;赵毅民;;中药复方中活性成分的MS/MS分析[A];中国有机质谱学第十二届全国学术大会论文集[C];2003年

5 赵盛龙;钟俊生;;中国海洋鱼类数据库[A];中国海洋湖沼动物学会鱼类学分会第七届会员代表大会暨朱元鼎教授诞辰110周年庆学术研讨会学术论文摘要集[C];2006年

6 王俊杰;;IRAS 04000-5052:恒星是怎样在此形成的?(英文)[A];中国天文学会恒星分会2004年学术年会论文集[C];2004年

7 王宁;陈滢;俞本权;樊惠娟;王能斌;;Galaxy:一个可扩展的异构数据源集成系统[A];数据库研究进展97——第十四届全国数据库学术会议论文集（上）[C];1997年

8 田黎明;曾宪玉;王玮蓁;王辉;;雄激素受体基因CAG多态性与痤疮中医分型的关系研究[A];2006中国中西医结合皮肤性病学术会议论文汇编[C];2006年

9 周娜;朱静;田杰;李娅莎;邓兵;;MSCs特化心肌样细胞过程中与GCN5促分化作用相关蛋白的筛选[A];第八次全国医学遗传学学术会议(中华医学会2009年医学遗传学年会)论文摘要汇编[C];2009年

10 刘嘉蓉;李通化;;蛋白质组学质谱数据预处理新策略[A];第九届全国计算（机）化学学术会议论文摘要集[C];2007年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 李献;[N];计算机世界;2005年

2 本报记者 程久龙;[N];21世纪经济报道;2011年

3 ;[N];计算机世界;2002年

4 证券时报记者 尹振茂;[N];证券时报;2010年

5 祁;[N];电脑商报;2009年

6 实习生 李艳波;[N];工人日报;2002年

7 本报记者 连晓东;[N];中国电子报;2011年

8 本报记者 徐宝康;[N];人民日报;2002年

9 本报记者 刘方远;[N];21世纪经济报道;2010年

10 闫力华、张建;[N];中国计算机报;2003年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 马猛;面向生物数据的关联规则挖掘算法及其应用研究[D];中国科学技术大学;2008年

2 钮俊清;面向生化网络的计算技术研究[D];中国科学技术大学;2008年

3 曹顺良;生物学数据集成若干关键问题研究[D];复旦大学;2005年

4 刘建丽;面向生物数据分析的支持向量机技术的研究[D];北京工业大学;2007年

5 甄一松;用心脏顺式调控模块预测心脏特异表达基因[D];中国协和医科大学;2005年

6 郭水霞;Granger因果关系的理论及其在系统生物学中的应用[D];湖南师范大学;2009年

7 李荣;生物信息数据挖掘若干关键问题研究与应用[D];复旦大学;2004年

8 邓绪斌;面向复杂数据源的数据抽取模型和算法研究[D];复旦大学;2005年

9 熊赟;生物序列模式挖掘与聚类研究[D];复旦大学;2007年

10 谭璐;高维数据的降维理论及应用[D];国防科学技术大学;2005年

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1 卢冰心;基于Galaxy的高通量生物数据分析平台[D];华东师范大学;2013年

2 王昊;三星Galaxy系列智能手机的营销策略研究[D];大连理工大学;2012年

3 李校;Web Services和XML技术在生物信息数据发布及整合中的应用[D];四川大学;2004年

4 王树红;基于JPEG2000的高清视频服务器关键技术研究[D];上海交通大学;2008年

5 苏纯;基于树结构的生物数据挖掘算法的研究与实现[D];哈尔滨工业大学;2006年

6 赵森;基于设计模式的生物信息存储研究[D];华中师范大学;2010年

7 李鑫;网络生物资源的优化并行整合技术研究与应用[D];大连理工大学;2008年

8 邢西峰;基于流形学习的生物数据特征提取方法[D];济南大学;2011年

9 张广治;生物网格计算环境下网格服务的应用研究[D];东南大学;2004年

10 苏志中;聚类分析研究及其在生物数据分析中的应用[D];湖南大学;2009年

  本文关键词：生物信息技术加速开发旧药新用途，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：132203