原发性肝癌与肝转移瘤患者血液循环肿瘤DNA检测的研究

发布时间：2024-03-13 22:06

　　目的:检测原发性肝癌与肝转移瘤患者血液中循环肿瘤DNA,观察原发性肝癌组织中的突变基因与原发性肝癌患者循环肿瘤DNA中基因突变是否一致;比较其中突变基因位点,评估不同突变基因在原发性肝癌的临床诊断中的价值。方法:提取血浆ctDNA,利用Agilent的液相芯片捕获技术捕获癌症发生发展密切相关的基因,通过Illumina HiSep测序平台进行高通量测序,检测肝癌的多个基因变异类型,得到不同变异位点注释结果。在cosmic数据库中查找出原发性肝癌组织中检测到的20个高频突变基因。分别记录这20个高频突变基因在两组样本中突变位点情况,筛选后基因位点情况,结果进行对比、分析。结果:(1)原发性肝癌和肝转移瘤患者血浆中循环肿瘤DNA提取测序均可检测出不同的癌症相关基因位点,其中对比原发性肝癌组织的高频突变基因,原发性肝癌中可检测到绝大部分原发性肝癌组织中的突变基因位点,具有一致性。(2)20个原发性肝癌组织高频突变基因在原发性肝癌患者循环肿瘤DNA中17个基因检测到突变位点,其中LRP1B、KMT2C、ALK、PTPRT、SETD2、ATM、PTEN等7个基因在所有样本中均有发现突变位点。(3...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1建库流程图

11试剂盒进行DNA建库和捕获，严格按照说明书推荐的试剂和耗材来进行实验，并参照最新的经过优化的实验流程进行操作。实验基本流程：先使用Covaris破碎仪将基因组DNA随机打断成长度为180-280bp的片段；在DNA末端修复和加A尾，然后在片段两端分别连接上接头制备DNA文库。....

图2.2注释结果展示注：CHROM：染色体POS：变异位点ID：dbSNP注释IDRef：参考基因组碱基型Alt：测序数据碱基型

12列结果以FASTQ(简称为fq)文件格式等方式存储，其中包含测序序列(reads)的序列信息和测序序列的测序质量信息。利用BWA、Samblaster、Sambamba软件，测序结果与参考基因组进行进行比对，得到bam结果。6.变异位点注释结果利用ANNOVAR软件对变异位点....

图3.1cosmic数据库中HCC高频突变基因

13第3章结果3.1原发性肝癌组织中已验证的突变频率较高的基因情况数据在cosmic数据库查询，原发性肝癌组织的突变基因中突变频率高的前20个基因如图3.1所示。图3.1cosmic数据库中HCC高频突变基因3.2原发性肝癌组织中的高频突变基因在原发性肝癌患者血清ctDNA基因检....

本文编号：3927635