癌症和老化相关的DNA甲基化标记的稳健性及来源解析

发布时间：2024-04-01 02:58

　　DNA甲基化作为一种重要的表观遗传学修饰机制与癌症的发生发展有着密切的关系。近年来,人们已在癌组织样本中发现了大量的基于DNA甲基化水平绝对量的癌症甲基化诊断标记。但是,这些标记普遍存在可重复性低的问题。然而已有研究表明基于基因表达水平的相对大小秩次关系的肿瘤标记物具有较高的稳健性。因此,本文首先评估了基于DNA甲基化水平相对大小的秩次关系来寻找癌症诊断标记的可行性。本文第一部分分别从五种不同癌组织的甲基化谱数据中选出了DNA甲基化水平的相对大小秩次关系在癌症和正常样本间发生显著逆转的CpG位点对,并根据这些逆转对的DNA甲基化水平的秩次关系,利用投票规则对测试集和验证集中的样本进行预测。结果显示这些标记对癌症和正常样本的预测准确率均达到90%以上且具有很好的跨数据集预测能力,提示基于DNA甲基化水平秩次关系的癌症诊断标记同样具有较高的稳健性且这类标志可以自然地应用于个体的鉴别诊断。相比于组织样本,在外周血中发现的分子标记更便于临床应用。但是,目前在外周全血、血清中识别的癌症相关的DNA甲基化标记的来源和特异性尚不清楚。因此,在本文的第二部分中我们分别在全基因组水平上对头颈癌、卵巢癌外...

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【部分图文】：

图1-1.DNA甲基化图示

第一章绪论NA甲基化简介DNA甲基化及其生物学功能观遗传学主要研究的对象是DNA甲基化、RNA干扰、组蛋白修饰变DNA序列的前提下引起可遗传的基因表达或细胞表型变化的分子中DNA甲基化是人类最早发现的表观遗传机制。所谓的DNA甲基A甲基转移酶（DNMT）的....

图1-2DNA甲基化芯片检测原理

图1-2DNA甲基化芯片检测原理（本图根据来自http://www.bioon.com.cn/server/Show_product.asp?id=9265的图片重绘）1.2癌症组织中的DNA甲基化标记癌症是人类最常见的致死性疾病之一。据报道，2012年全世界有....

图1-3外周全血中主要白细胞类型

图1-3外周全血中主要白细胞类型1.3.2癌症血清中的DNA甲基化标记利用血清样本来寻找癌症的标记物的假设是血清中可能包含脱落、坏死或破裂的肿瘤细胞的DNA[31]。基于这类假设，研究者通常以在癌症病人组织中发现的异常高甲基化位点或以与癌症发生发展相关的关键基因作为候....

图2-1研究流程

第二章基于DNA甲基化水平秩次关系寻找癌症诊断标记和正常样本间广泛存在DNA甲基化水平相对大小秩次关系发生逆转的现象。但是由于找到的R-CpGs数目较大，我们需要进一步挑选最具有代表性的R-CpGs来作为候选癌症诊断标记。我们发现CpG位点在R-CpGs中出....

本文编号：3944893