猪12号染色体上10个新基因的分离、定位及其与部分性状的关联分析
发布时间：2024-04-27 19:42
本论文根据比较基因定位信息，并结合公共数据库中的EST资源，分离、定位猪12号染色体上的新基因，并对基因与部分性状进行了初步关联分析，取得了如下结果： 1．以人的17号染色体上的同源基因的cDNA为探针，从GeneBank中搜索猪的同源EST，由EST构成的连接群(contig)设计引物，从湖北白猪基因组中分离克隆了10个基因片段。这10个基因分别为：磷脂酶D2基因(PLD2)、生长因子受体结合蛋白7基因(GRB7)、颗粒蛋白基因(GRN)、Ⅰ型胶原蛋白α1亚基基因(COL1A1)、磷酸甘露糖长醇利用缺陷型基因(MPDU1)、微管蛋白特异的伴侣蛋白基因(TBCD)、组蛋白乙酰转移酶基因(GCN5L2)、MAC30蛋白基因(MAC30)、Tax模体作用蛋白1基因(TIP-1)、KIAA1582蛋白(KIAA1582)基因。 2．采用电脑克隆策略结合RACE技术，获得了MPDU1和GRN基因的全长cDNA，推导出了相应的氨基酸序列。将推导出的氨基酸序列与其它物种的对应序列进行同源性比较，发现猪的MPDU1氨基酸序列与人的该氨基酸序列同源性达91％，猪的GRN氨基酸序列与人的...
【文章页数】：130 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
1 文献综述
1.1 猪生产性状相关基因研究进展
1.1.1 猪QTL定位研究现状
1.1.2 候选基因分析法克隆基因
1.1.2.1 与生长和胴体性状相关的候选基因
1.1.2.2 与肉质性状相关的候选基因
1.1.2.3 与繁殖性状相关的候选基因
1.1.2.4 与抗病力相关的候选基因
1.2 12号染色体上基因的分离、定位现状
1.2.1 12号染色体上可能存在重要生理生化功能的基因
1.2.2 12号染色体上的基因定位现状
1.3 比较基因图谱在分离新基因中的应用
1.4 表达序列标签(EST)在分离新基因中的应用
1.5 杂种板(Hybrid panel)技术用于猪的基因定位研究现状
1.5.1 体细胞杂种板(SCHP)用于染色体区域定位
1.5.2 辐射杂种板(RH)用于染色体区域定位
1.6 待分离的候选基因的研究现状
1.6.1 磷脂酶D2(PLD2)基因
1.6.2 生长因子受体结合蛋白7(GRB7)基因
1.6.3 颗粒蛋白(GRN)基因
1.6.4 Ⅰ型胶原蛋白α1亚基(COL1A1)基因
1.6.5 磷酸甘露糖长醇利用缺陷型(MPDU1)基因
1.6.6 微管蛋白特异的伴侣蛋白(TBCD)基因
1.6.7 组蛋白乙酰转移酶(GCN5L2)基因
1.6.8 MAC30基因
1.6.9 TIP-1基因
1.6.10 KIAA1582基因
2 本研究的目的和意义
3 材料与方法
3.1 材料
3.1.1 样品
3.1.1.1 DNA样品
3.1.1.2 组织样品
3.1.2 培养基、酶及试剂盒
3.1.3 菌株
3.1.4 主要试剂及配制
3.1.4.1 主要试剂
3.1.4.2 其它试剂的配制
3.1.5 主要仪器设备
3.1.6 主要分子生物学软件
3.2 方法
3.2.1 猪12号染色体上新基因的分离法
3.2.1.1 用于基因分离的引物的设计方法
3.2.1.2 PCR扩增条件
3.2.1.3 PCR产物的纯化、克隆和测序
3.2.1.4 DNA序列同源性检索鉴定
3.2.2 新分离基因物理定位的SCHP和RH法
3.2.2.1 引物设计
3.2.2.2 PCR扩增分型方法
3.2.2.3 数据分析方法
3.2.3 猪基因的多态性和遗传方式检测
3.2.4 用RACE方法获取MPDU1和GRN基因的全长cDNA及序列分析
3.2.4.1 电脑克隆策略
3.2.4.2 用RACE方法扩增MPDU1和GRN基因的全长cDNA序列
3.2.4.3 MPDU1，GRN基因全长cDNA序列分析
3.2.5 猪MPDU1，GRN基因的组织表达谱分析
3.2.6 新分离基因与性状的关联分析
3.2.6.1 基因型检测
3.2.6.2 标记-性状关联分析
4 结果
4.1 基因片段的分离、序列析与鉴定结果
4.1.1 猪特异的引物扩增结果
4.1.2 扩增产物的序列分析结果
4.1.3 扩增产物的鉴定结果
4.2 用RACE方法克隆猪MPDU1基因和GRN基因全长cDNA的结果
4.2.1 总RNA的提取
4.2.2 MPDU1基因RACE扩增结果
4.2.3 猪MPDU1基因的氨基酸序列分析结果
4.2.4 猪MPDU1基因的组织表达研究结果
4.2.5 GRN基因cDNA及RACE扩增结果
4.2.6 猪GRN基因的氨基酸序列分析结果
4.2.7 猪GRN基因的组织表达研究结果
4.3 基因的定位结果
4.3.1 利用SCHP进行染色体区域定位结果
4.3.1.1 MPDU1基因染色体区域定位结果
4.3.1.2 其他基因染色体区域定位结果
4.3.2 利用辐射杂种板RH进行精细定位结果
4.4 新分离基因的多态性与遗传方式检测结果
4.4.1 PLD2基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.1.1 PLD2基因的SINE的插入、缺失多态性在不同猪群中的检测结果
4.4.1.2 PLD2基因的SINE序列的遗传方式检测结果
4.4.2 GRB7基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.2.1 GRB7基因的遗传变异检测
4.4.2.2 GRB7基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.2.3 GRB7基因多态位点的遗传方式检测结果
4.4.3 GRN基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.3.1 GRN基因的遗传变异检测
4.4.3.2 GRN基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.3.3 GRN基因多态位点的遗传方式检测结果
4.4.4 COL1A1基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.4.1 COL1A1基因的遗传变异检测
4.4.4.2 COL1A1基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.4.3 COL1A1基因多态位点的遗传方式检测结果
4.4.5 MPDU1基因的遗传多态性检测结果
4.4.5.1 MPDU1基因的遗传变异检测
4.4.5.2 MPDU1基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.6 MAC30基因的遗传多态性检测结果
4.4.6.1 MAC30基因的遗传变异检测
4.4.6.2 MAC30基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.7 TIP-1基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.7.1 TIP-1基因的遗传变异检测
4.4.7.2 TIP-1基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.7.3 TIP-1基因多态位点的遗传方式检测结果
4.5 不同基因多态位点与部分性状的关联分析结果
4.5.1 PLD2基因SINE多态与部分性状的关联分析
4.5.2 GRB7基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.3 GRN基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.4 COL1A1基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.5 MPDU1基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.6 MAC30基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.7 TIP-1基因多态位点与部分性状的关联分析
5 讨论
5.1 关于新基因的分离
5.2 关于新基因的定位
5.3 关于SNP检测
5.4 关于全长cDNA
5.5 关于基因型与性状的关联分析
5.5.1 SINE序列可能具有遗传效应
5.5.2 基因型与生长性状的关联分析
5.5.3 基因型与胴体、肉质性状的关联分析
5.5.4 基因型与免疫生化指标的关联分析
5.5.5 MPDU1基因的多态性与性状的关系
6 小结
参考文献
附录1 缩略词表
附录2 主要性状的中英文对照和缩写
在读期间发表论文题录
致谢
本文编号：3965627
【文章页数】：130 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
中文摘要
ABSTRACT
1 文献综述
1.1 猪生产性状相关基因研究进展
1.1.1 猪QTL定位研究现状
1.1.2 候选基因分析法克隆基因
1.1.2.1 与生长和胴体性状相关的候选基因
1.1.2.2 与肉质性状相关的候选基因
1.1.2.3 与繁殖性状相关的候选基因
1.1.2.4 与抗病力相关的候选基因
1.2 12号染色体上基因的分离、定位现状
1.2.1 12号染色体上可能存在重要生理生化功能的基因
1.2.2 12号染色体上的基因定位现状
1.3 比较基因图谱在分离新基因中的应用
1.4 表达序列标签(EST)在分离新基因中的应用
1.5 杂种板(Hybrid panel)技术用于猪的基因定位研究现状
1.5.1 体细胞杂种板(SCHP)用于染色体区域定位
1.5.2 辐射杂种板(RH)用于染色体区域定位
1.6 待分离的候选基因的研究现状
1.6.1 磷脂酶D2(PLD2)基因
1.6.2 生长因子受体结合蛋白7(GRB7)基因
1.6.3 颗粒蛋白(GRN)基因
1.6.4 Ⅰ型胶原蛋白α1亚基(COL1A1)基因
1.6.5 磷酸甘露糖长醇利用缺陷型(MPDU1)基因
1.6.6 微管蛋白特异的伴侣蛋白(TBCD)基因
1.6.7 组蛋白乙酰转移酶(GCN5L2)基因
1.6.8 MAC30基因
1.6.9 TIP-1基因
1.6.10 KIAA1582基因
2 本研究的目的和意义
3 材料与方法
3.1 材料
3.1.1 样品
3.1.1.1 DNA样品
3.1.1.2 组织样品
3.1.2 培养基、酶及试剂盒
3.1.3 菌株
3.1.4 主要试剂及配制
3.1.4.1 主要试剂
3.1.4.2 其它试剂的配制
3.1.5 主要仪器设备
3.1.6 主要分子生物学软件
3.2 方法
3.2.1 猪12号染色体上新基因的分离法
3.2.1.1 用于基因分离的引物的设计方法
3.2.1.2 PCR扩增条件
3.2.1.3 PCR产物的纯化、克隆和测序
3.2.1.4 DNA序列同源性检索鉴定
3.2.2 新分离基因物理定位的SCHP和RH法
3.2.2.1 引物设计
3.2.2.2 PCR扩增分型方法
3.2.2.3 数据分析方法
3.2.3 猪基因的多态性和遗传方式检测
3.2.4 用RACE方法获取MPDU1和GRN基因的全长cDNA及序列分析
3.2.4.1 电脑克隆策略
3.2.4.2 用RACE方法扩增MPDU1和GRN基因的全长cDNA序列
3.2.4.3 MPDU1，GRN基因全长cDNA序列分析
3.2.5 猪MPDU1，GRN基因的组织表达谱分析
3.2.6 新分离基因与性状的关联分析
3.2.6.1 基因型检测
3.2.6.2 标记-性状关联分析
4 结果
4.1 基因片段的分离、序列析与鉴定结果
4.1.1 猪特异的引物扩增结果
4.1.2 扩增产物的序列分析结果
4.1.3 扩增产物的鉴定结果
4.2 用RACE方法克隆猪MPDU1基因和GRN基因全长cDNA的结果
4.2.1 总RNA的提取
4.2.2 MPDU1基因RACE扩增结果
4.2.3 猪MPDU1基因的氨基酸序列分析结果
4.2.4 猪MPDU1基因的组织表达研究结果
4.2.5 GRN基因cDNA及RACE扩增结果
4.2.6 猪GRN基因的氨基酸序列分析结果
4.2.7 猪GRN基因的组织表达研究结果
4.3 基因的定位结果
4.3.1 利用SCHP进行染色体区域定位结果
4.3.1.1 MPDU1基因染色体区域定位结果
4.3.1.2 其他基因染色体区域定位结果
4.3.2 利用辐射杂种板RH进行精细定位结果
4.4 新分离基因的多态性与遗传方式检测结果
4.4.1 PLD2基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.1.1 PLD2基因的SINE的插入、缺失多态性在不同猪群中的检测结果
4.4.1.2 PLD2基因的SINE序列的遗传方式检测结果
4.4.2 GRB7基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.2.1 GRB7基因的遗传变异检测
4.4.2.2 GRB7基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.2.3 GRB7基因多态位点的遗传方式检测结果
4.4.3 GRN基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.3.1 GRN基因的遗传变异检测
4.4.3.2 GRN基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.3.3 GRN基因多态位点的遗传方式检测结果
4.4.4 COL1A1基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.4.1 COL1A1基因的遗传变异检测
4.4.4.2 COL1A1基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.4.3 COL1A1基因多态位点的遗传方式检测结果
4.4.5 MPDU1基因的遗传多态性检测结果
4.4.5.1 MPDU1基因的遗传变异检测
4.4.5.2 MPDU1基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.6 MAC30基因的遗传多态性检测结果
4.4.6.1 MAC30基因的遗传变异检测
4.4.6.2 MAC30基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.7 TIP-1基因的遗传多态性检测及遗传方式检测结果
4.4.7.1 TIP-1基因的遗传变异检测
4.4.7.2 TIP-1基因在不同猪种中的多态性分析
4.4.7.3 TIP-1基因多态位点的遗传方式检测结果
4.5 不同基因多态位点与部分性状的关联分析结果
4.5.1 PLD2基因SINE多态与部分性状的关联分析
4.5.2 GRB7基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.3 GRN基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.4 COL1A1基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.5 MPDU1基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.6 MAC30基因多态位点与部分性状的关联分析
4.5.7 TIP-1基因多态位点与部分性状的关联分析
5 讨论
5.1 关于新基因的分离
5.2 关于新基因的定位
5.3 关于SNP检测
5.4 关于全长cDNA
5.5 关于基因型与性状的关联分析
5.5.1 SINE序列可能具有遗传效应
5.5.2 基因型与生长性状的关联分析
5.5.3 基因型与胴体、肉质性状的关联分析
5.5.4 基因型与免疫生化指标的关联分析
5.5.5 MPDU1基因的多态性与性状的关系
6 小结
参考文献
附录1 缩略词表
附录2 主要性状的中英文对照和缩写
在读期间发表论文题录
致谢
本文编号：3965627
本文链接：https://www.wllwen.com/jingjilunwen/jjtj/3965627.html