面向乳腺癌数据的单纯复形建模方法及拓扑不变量分析

发布时间：2024-03-02 10:07

　　乳腺癌是一种常见癌症,其预防和治疗具有重要意义,miRNA能抑制蛋白质编码进而影响乳腺癌的发展。通过miRNA表达水平数据能够对乳腺癌进行早期诊断,筛选乳腺癌生物标志物。单纯复形是一种拓扑分析方法,其中的Q分析方法能分析样本间的拓扑连通性,该方法适用于miRNA间复杂交互作用的分析,通过离心率、单纯形显著性和单纯形相似度等拓扑不变量,分析数据的内部结构,进而揭示miRNA与乳腺癌的联系。本文基于乳腺癌组织的miRNA表达水平数据建立单纯复形进行Q分析,提出了三种Q分析分类算法和重要特征识别方法。为建立单纯复形,对每个miRNA表达水平进行核密度估计,实现在统一标准下设定阈值并保留miRNA表达水平分布的多样性,将多个分位数点作为阈值把数据矩阵转化为多个邻接矩阵,建立单纯复形并进行Q分析,使用多维数聚集熵和系统复杂度考察拓扑结构变化。计算miRNA在同一组织中、不同阈值下的单纯形显著性、离心率等拓扑不变量,基于多个阈值形成拓扑不变量的分布,在不同组织中保持拓扑不变量分布一致的miRNA被认为与乳腺癌无关并剔除出数据集。基于上述单纯复形构造方法,来自共同受试者的203个样本为训练集,以此建...

【文章页数】：66 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3-3单纯复形示例

否则采用同样的方式处理对于某个分矩阵后，再进行单纯复形的计算，本文涉及多次单纯复形的生成，有必要在单纯将介绍基于MATLAB的单纯复形生成算法在矩阵，所以算法从一个关联矩阵开始介绍，以下纯形，a，b，c，d，e，f为单纯形的属性将成图3-3的单纯复形，图3-4....

图3-4单纯形示例

34σt35σt36σt图3-4单纯形示例3.2.3构造索引矩阵对（3-5）矩阵内各行进行比较，该矩阵为ijAa,矩阵的第i行记为iR，构造索引矩阵ijMm，其中TijijmRR,即第i行和第j行间同时为....

图3-6正常组织的HQ熵的热力图

图3-5癌组织的HQ熵的热力图

哈尔滨工业大学理学硕士学位论文而H会发生变化，即H对拓扑结构的变化更敏感同时，两者存在qHHQ制关于单纯复形的熵示意图，图3-5和图3-6为癌组织和正常组织的HQ熵热力图，图3-7和图3-8为癌组织和正常组织的H熵对应的热力图，横轴为中用....

本文编号：3916714