基于TCGA数据和体外实验探索NSCLC放疗敏感性机制
发布时间：2022-01-12 00:55
目的:放疗在NSCLC治疗中的地位日益重要,但目前仍未能基于NSCLC患者遗传学信息进行个体化精准放疗,本研究旨在通过分析TCGA数据库NSCLC患者样本的多组学信息和来自ATCC细胞库NSCLC细胞株放射后的克隆形成能力,共同探索NSCLC放疗敏感性的具体机制。方法:（1）下载TCGA数据库中肺鳞癌和肺腺癌的临床资料,筛选出TNM分期III期接受放疗的肺腺癌患者20例和肺鳞癌患者17例,下载并分析37例患者的SNV、CNV、mRNA表达、miRNA表达和DNA甲基化数据,根据中位无疾病进展生存期391天将其分为放疗敏感组（S组,n=18）和放疗抵抗组（R组,n=19）,通过独立样本Student’s t检验比较S组和R组突变负荷、SNP位点、signatures构成、CNV、miRNA表达和甲基化基因是否有统计学差异。（2）从ATCC细胞库筛选未接受治疗的人NSCLC贴壁细胞株,将处于对数生长期的NSCLC细胞株置于6MV瓦里安电子直线加速器进行1Gy、2 Gy、4 Gy、6 Gy和8 Gy的照射,再将对照组和五个照射组细胞进行克隆形成实验,待肉眼可见克隆形成后终止培养,计数不同实验...
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：110 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
HD-SCA工作流鉴定的稀有细胞蛋白谱原理图
图 1.2 肺腺癌的体细胞突变Figure 1.2 Somatic mutations in lung adenocarcinomaa 为 230 例肺腺癌样本全外显子测序的共突变图；b 和 c 为样本根据不同特征被分为不同的突变模式，b按碱基颠换发生率高低分为两组样本，c 按性别分为两组样本，所有样本（n =412）用Fisher’s 确切概率法进行统计学分析（黑星表示 q <0.05，灰星表示 P <0.05），星标靠近的那侧样本发生更高比例的突变。(a) Co-mutation plot from whole exome sequencing of 230 lung adenocarcinomas. (b, c) The differentiapatterns of mutation between samples classified as transversion high and transversion low samples (b
图 2.1 放疗敏感组和放疗抵抗组的总突变数和非同义突变数igure 2.1 The numbers of total mutations and non-synonymous mutatioin the radiosensitive group and the radioresistant group组呈现出相对较多的总突变数（中位突变数 282 vs 223，p=0.323变数 210 vs 173，p=0.3208），但 Student’s t检验未见统计学差异 t-test showed no statistical significance, although a greater burden oion number, 282 vs 223, p=0.3237) and non-synonymous mutations (
本文编号：3583779
【文章来源】：上海交通大学上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：110 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
HD-SCA工作流鉴定的稀有细胞蛋白谱原理图
图 1.2 肺腺癌的体细胞突变Figure 1.2 Somatic mutations in lung adenocarcinomaa 为 230 例肺腺癌样本全外显子测序的共突变图；b 和 c 为样本根据不同特征被分为不同的突变模式，b按碱基颠换发生率高低分为两组样本，c 按性别分为两组样本，所有样本（n =412）用Fisher’s 确切概率法进行统计学分析（黑星表示 q <0.05，灰星表示 P <0.05），星标靠近的那侧样本发生更高比例的突变。(a) Co-mutation plot from whole exome sequencing of 230 lung adenocarcinomas. (b, c) The differentiapatterns of mutation between samples classified as transversion high and transversion low samples (b
图 2.1 放疗敏感组和放疗抵抗组的总突变数和非同义突变数igure 2.1 The numbers of total mutations and non-synonymous mutatioin the radiosensitive group and the radioresistant group组呈现出相对较多的总突变数（中位突变数 282 vs 223，p=0.323变数 210 vs 173，p=0.3208），但 Student’s t检验未见统计学差异 t-test showed no statistical significance, although a greater burden oion number, 282 vs 223, p=0.3237) and non-synonymous mutations (
本文编号：3583779
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