漆树不同组织转录组分析及漆酚合成相关基因挖掘
发布时间：2023-06-04 21:59
漆树(Toxicodendron vernicifluum(Stokes)F.A.Barkl.)是新生代第三纪古老孑遗树种,雌雄同株或异株,变异类型多,在我国已有2000余年的栽培历史。漆树所产的生漆是一种水球形的乳浊液,其主要成分是漆酚(60%-70%)、漆酶(<1.0%)、漆多糖(5%-7%)、水分(20%-30%)等,生漆中成分占比最高的漆酚对漆膜性能有着很大的影响。目前,对漆酚生物合成过程尚未深入研究,因此,从分子水平探究漆酚的生物合成具有很大的理论价值与实践指导意义。本研究首先从漆树不同组织中漆酚含量差异着手,利用转录组测序技术获得漆树的全长转录本,并预测可能参与调控漆酚生物合成的基因。研究结果为解析漆酚的生物合成途径和漆树品种的改良提供分子生物学依据。取得的主要结果如下:(1)应用超高效液相色谱法测定漆酚含量,探究漆树不同组织间漆酚生物合成量的差异。研究发现,漆酚的生物合成主要发生在叶片组织中,茎中饱和漆酚合成量较低,根中最少,且漆树叶片组织中单位质量的漆酚积累显著高于根和茎。(2)基于Pacific Bioscience(Pac Bio)三代测序技术和Illumin...
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 漆树生物学研究进展
1.2 漆酚研究进展
1.3 转录组测序及其在植物研究中的应用
1.4 MYB转录因子研究进展
1.5 研究目的及意义
1.6 研究内容
1.7 技术路线
第二章 漆树根茎叶组织漆酚含量差异分析
2.1 试验材料
2.1.1 植物材料
2.1.2 试验仪器
2.1.3 试验试剂
2.2 试验方法
2.2.1 漆酚提取
2.2.2 漆酚含量测定
2.3 结果与分析
2.3.1 标准曲线绘制
2.3.2 漆树根茎叶漆酚含量差异
2.4 小结
第三章 漆树转录组数据库构建及漆酚合成相关基因挖掘
3.1 试验材料
3.1.1 植物材料
3.1.2 试验仪器
3.1.3 试验试剂
3.2 试验方法
3.2.1 漆树总RNA提取及纯化
3.2.2 三代全长转录组测序
3.2.3 二代转录组测序
3.2.4 转录组数据质量控制
3.2.5 转录本拼接
3.2.6 二代测序数据与转录本比对
3.2.7 基因功能注释
3.2.8 差异表达基因GO分类和富集分析
3.2.9 差异表达基因KEGG注释和富集分析
3.2.10 转录因子分析
3.2.11 漆酚合成相关基因筛选
3.2.12 基因表达量测定
3.3 结果与分析
3.3.1 转录组测序结果分析
3.3.2 转录组组装结果统计与分析
3.3.3 Unigene数据库比对结果
3.3.4 NR数据库注释结果
3.3.5 KOG数据库注释结果
3.3.6 COG数据库注释结果
3.3.7 GO数据库注释结果
3.3.8 KEGG数据库注释结果
3.3.9 差异表达基因分析
3.3.10 差异表达基因GO富集分析
3.3.11 差异表达基因KEGG pathyway富集分析
3.3.12 转录因子分析
3.3.13 漆酚合成相关基因的筛选及表达分析
3.3.14 基因表达量测定
3.4 小结
第四章 基于转录组的漆树MYB转录因子的筛选及分析
4.1 试验材料
4.2 试验方法
4.2.1 漆树MYB转录本筛选
4.2.2 生物信息学分析
4.3 结果与分析
4.3.1 漆树MYB家族成员的获取
4.3.2 漆树MYB蛋白序列的分类与结构域特征分析
4.3.3 漆树MYB转录因子基序分析
4.3.4 漆树MYB家族蛋白理化性质分析
4.3.5 漆树MYB转录因子的GO注释分析
4.3.6 漆树MYB转录因子的聚类分析
4.3.7 漆树MYB转录因子基因表达分析
4.4 小结
第五章 漆叶漆酚积累和相关基因表达量对MeJA的响应
5.1 试验材料
5.1.1 植物材料
5.1.2 试验仪器
5.1.3 试验试剂
5.2 试验方法
5.2.1 漆酚提取
5.2.2 漆酚含量测定
5.2.3 基因表达量测定
5.2.4 数据分析
5.3 结果与分析
5.3.1 茉莉酸甲酯对漆叶漆酚含量的影响
5.3.2 茉莉酸甲酯诱导下漆酚含量测定结果
5.3.3 茉莉酸甲酯对漆酚合成相关基因的影响
5.4 小结
第六章 讨论与结论
6.1 讨论
6.2 结论
6.3 创新点
参考文献
附录
致谢
作者简介
本文编号：3831097
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 漆树生物学研究进展
1.2 漆酚研究进展
1.3 转录组测序及其在植物研究中的应用
1.4 MYB转录因子研究进展
1.5 研究目的及意义
1.6 研究内容
1.7 技术路线
第二章 漆树根茎叶组织漆酚含量差异分析
2.1 试验材料
2.1.1 植物材料
2.1.2 试验仪器
2.1.3 试验试剂
2.2 试验方法
2.2.1 漆酚提取
2.2.2 漆酚含量测定
2.3 结果与分析
2.3.1 标准曲线绘制
2.3.2 漆树根茎叶漆酚含量差异
2.4 小结
第三章 漆树转录组数据库构建及漆酚合成相关基因挖掘
3.1 试验材料
3.1.1 植物材料
3.1.2 试验仪器
3.1.3 试验试剂
3.2 试验方法
3.2.1 漆树总RNA提取及纯化
3.2.2 三代全长转录组测序
3.2.3 二代转录组测序
3.2.4 转录组数据质量控制
3.2.5 转录本拼接
3.2.6 二代测序数据与转录本比对
3.2.7 基因功能注释
3.2.8 差异表达基因GO分类和富集分析
3.2.9 差异表达基因KEGG注释和富集分析
3.2.10 转录因子分析
3.2.11 漆酚合成相关基因筛选
3.2.12 基因表达量测定
3.3 结果与分析
3.3.1 转录组测序结果分析
3.3.2 转录组组装结果统计与分析
3.3.3 Unigene数据库比对结果
3.3.4 NR数据库注释结果
3.3.5 KOG数据库注释结果
3.3.6 COG数据库注释结果
3.3.7 GO数据库注释结果
3.3.8 KEGG数据库注释结果
3.3.9 差异表达基因分析
3.3.10 差异表达基因GO富集分析
3.3.11 差异表达基因KEGG pathyway富集分析
3.3.12 转录因子分析
3.3.13 漆酚合成相关基因的筛选及表达分析
3.3.14 基因表达量测定
3.4 小结
第四章 基于转录组的漆树MYB转录因子的筛选及分析
4.1 试验材料
4.2 试验方法
4.2.1 漆树MYB转录本筛选
4.2.2 生物信息学分析
4.3 结果与分析
4.3.1 漆树MYB家族成员的获取
4.3.2 漆树MYB蛋白序列的分类与结构域特征分析
4.3.3 漆树MYB转录因子基序分析
4.3.4 漆树MYB家族蛋白理化性质分析
4.3.5 漆树MYB转录因子的GO注释分析
4.3.6 漆树MYB转录因子的聚类分析
4.3.7 漆树MYB转录因子基因表达分析
4.4 小结
第五章 漆叶漆酚积累和相关基因表达量对MeJA的响应
5.1 试验材料
5.1.1 植物材料
5.1.2 试验仪器
5.1.3 试验试剂
5.2 试验方法
5.2.1 漆酚提取
5.2.2 漆酚含量测定
5.2.3 基因表达量测定
5.2.4 数据分析
5.3 结果与分析
5.3.1 茉莉酸甲酯对漆叶漆酚含量的影响
5.3.2 茉莉酸甲酯诱导下漆酚含量测定结果
5.3.3 茉莉酸甲酯对漆酚合成相关基因的影响
5.4 小结
第六章 讨论与结论
6.1 讨论
6.2 结论
6.3 创新点
参考文献
附录
致谢
作者简介
本文编号：3831097
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