水稻全基因组测序揭示的粳稻与籼稻亚种内品种间多态性研究

发布时间：2024-04-24 04:09

　　为了评价亚种内杂交进行基因图位克隆的亚种内分子标记多态性水平,从水稻3K测序数据中选取了16份籼稻和16份粳稻种质资源,在全基因组水平对亚种内和亚种间的多态性进行了比较。结果表明,全基因组水平的亚种内多态性只有亚种间多态性的1/2～1/3,但是,由于整个基因组上多态性标记数量极大,亚种内的多态性标记仍较为丰富。在所选取的种质资源中,籼稻亚种内不同的种质资源间平均含有108 850个InDels和650 797个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到280～2 614个。粳稻亚种内不同种质资源间平均含有57 384个InDels和639 927个SNP,每Mb区间内SNP/InDel的密度达到520～3 201个。这样的标记密度对于基因克隆来说足够丰富,增加了亚种内杂交构建分离群体克隆基因的可能性。

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【部分图文】：

图132份水稻种质资源的亲缘关系树

遗传距离反映种质资源间亲缘关系与InDel和SNP多态性相一致,均表现为亚种间遗传距离较远,籼稻亚种内遗传距离次之,粳稻亚种内遗传距离较近(表2)。在粳稻的4个小类群内,类群内遗传距离最大的是Japonica类型的种质,中间类型的种质资源类群内遗传距离最小,而类群间遗传距离均大于....

图2亚种间和亚种内两两种质资源的InDel和SNP数量箱型图

籼稻亚种内的G珍汕97B与其他籼稻种质资源的SNP/InDel位点在染色体上的分布均无明显的空白间隔区。亚种内两两种质资源之间多态性位点密度最低的是G珍汕97B和竹珍B组合(B156～B248)(图4-C),G珍汕97B与现代籼稻品种明恢63之间的多态性位点密度同样处于较密的水平....

图3亚种间和亚种内种质资源两两之间的SNP和InDel数量统计表

图2亚种间和亚种内两两种质资源的InDel和SNP数量箱型图表2籼稻和粳稻类群内和类群间的遗传距离Table2Geneticdistancewithinandbetweengroupsofindicaandjaponicaaccessions类型Ty....

图4不同种质资源之间多态性SNP/InDel位点的密度分布(10kb区间位点数)

表2籼稻和粳稻类群内和类群间的遗传距离Table2Geneticdistancewithinandbetweengroupsofindicaandjaponicaaccessions类型Type籼型Indica中间类型Intermediate粳型....

本文编号：3963210