黄颡鱼性别差异基因的挖掘与验证

发布时间：2020-04-10 15:52

【摘要】：鱼类性别的决定和分化是由许多相关事件构成的复杂的生物过程,在共同的遗传物质和生活环境下,鱼类个体向相反的性别发育。黄颡鱼是中国的小型经济鱼类之一,其雄性比雌性生长快。在中国,黄颡鱼是淡水经济鱼类之一,具有较大的市场需求。本研究中,每天采样观察了3-60日龄人工养殖的黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco性腺分化和发育的组织学。结果表明,在水温(20±4)℃下,黄颡鱼卵巢的分化明显早于精巢,性腺的分化型为雌性异体型。孵出后14 d卵巢开始分化,原始性腺在横切面出现组织突起,逐步形成卵巢腔;雄性分化始于孵出后54 d,主要标志是形成输精管原基,进而形成输精管。利用Illumina对黄颡鱼进行转录组测序,选取性腺发育的关键时期,孵出后3d随机取3条未知性别的黄颡鱼幼鱼混样(记为B)作为对照,选取卵巢分化关键时期孵化后14d和精巢分化关键时期孵化后54d,孵化90d可辨别雌雄黄颡鱼。实时定量PCR验证挖掘出性别基因变化的情况。将RNA-Seq测序所得转录组数据与基因组进行比对,结果表明在雌雄性腺总共表达从9个转录组中共获得203,660,437 Raw reads,得到过滤后的Clean reads为191,297,677。质量控制之后的reads进行FPKM计算,在得到所有基因的FPKM值中,寻找表达值具有较大差异的基因,结果显示以B为分界点,在B之前的14、15、54、Y和55为雄性,其FPKM值相对雌性较低;在B以后为雌性,分别为13和53的。将未知性别的黄颡鱼在转录水平中鉴别出来。与nr库进行比对,结果显示,在雌雄黄颡鱼中找到5个与黄颡鱼性别相关的差异表达基因,这些基因均为同一基因ZP3(卵透明样精子结合蛋白3)。利用实时荧光定量PCR方法对转录组测序的结果进行验证,对ZP3基因表达变化量的研究结果显示,表达趋势与转录组测序结果相似。
【学位授予单位】：哈尔滨师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：S917.4

【参考文献】