七彩神仙鱼脑组织转录组mRNAs差异表达分析

发布时间：2024-04-27 20:47

　　【目的】挖掘七彩神仙鱼(Symphysodon haraldi)脑组织性别差异基因,为揭示脑组织性别相关基因调控繁殖生理机制打下基础。【方法】利用Illumina HiSeq 6000测序平台对七彩神仙鱼雌、雄脑组织样本进行转录组测序分析,经过滤和Trinity组装获得基因,采用DIAMOND进行功能注释;并选取NR、GO、KEGG、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库进行比对,筛选出差异表达候选基因;随机选取6个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证。【结果】从构建的七彩神仙鱼脑组织cDNA文库测序获得337190200条原始数据(Raw reads),经质量筛选后获得34109个基因(平均长度1007.00 bp)和67488个转录本(平均长度694.00 bp)。经生物信息学分析方法筛选,最终获得85个差异表达基因(61个在雄鱼脑组织中高表达,24个在雌鱼脑组织中高表达),包括黑色素浓集激素(MCH)、催乳素释放激素(Prlh)、垂体同源结构域转录因子2(pitx2)、免疫球蛋白家族成员(DSCAM和IGDCC3)、溶质载体(UNC93B1)及醛糖还原酶(AKR1...

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【部分图文】：

图1七彩神仙鱼转录组测序获得基因在GO数据库中的功能注释结果

2.2七彩神仙鱼雌、雄鱼脑组织间的差异表达基因图2七彩神仙鱼转录组测序获得基因的KEGG信号通路富集分析结果

图2七彩神仙鱼转录组测序获得基因的KEGG信号通路富集分析结果

图1七彩神仙鱼转录组测序获得基因在GO数据库中的功能注释结果依据雌、雄鱼脑组织表达量差异倍数（log2绝对值）≥1且P≤0.05的标准，筛选七彩神仙鱼雌、雄鱼脑组织间的差异表达基因，结果获得85个差异表达基因。85个差异表达基因在6个样品中的具体表达情况详见图3。与雌鱼相比，有....

图3七彩神仙鱼雌、雄鱼脑组织间差异表达基因的聚类热图

随机选取6个差异表达基因（Prlh、pitx2、MCH、LMX1A、KBP和CRP），采用实时荧光定量PCR检测其在七彩神仙鱼雌、雄鱼脑组织中的表达情况，结果（图4）显示，Prlh、pitx2、MCH、LMX1A和KBP基因在雌鱼脑组织中的相对表达量较高，而CRP基因在雄鱼脑组织....

图4部分差异表达基因的实时荧光定量PCR验证结果

在七彩神仙鱼雄鱼脑组织中也存在一些高表达的差异表达基因，包括DSCAM、IGDCC3、UNC93B1、AKR1B1和Nid1等基因。DSCAM是细胞答黏附分子（Ig-CAM）免疫球蛋白家族的成员之一，在果蝇、小鼠及人类的神经系统中广泛表达，具有较高的表达水平，可能在神经系统的发育....

本文编号：3965695