基于SSR、SRAP标记的榛属种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

发布时间：2020-03-31 09:33

【摘要】：榛子为榛科(Corylaceae)榛属(Corylus L.)植物,其营养丰富,风味独特,深受消费者喜爱。榛子不仅拥有较高的营养价值,经济价值,还具有药用价值和商业价值。从榛叶和树干中可提炼出紫衫醇,更凸显了榛子的研究价值。本研究利用SSR、SRAP两种分子标记研究榛属种质资源的遗传多样性及种间亲缘关系,为我国榛属资源保护、优质种质资源的利用以及新品种选育提供理论依据。主要结果如下:1.筛选出条带清晰,多态性好的32对SSR引物、28对SRAP引物用于榛属种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析;对所选32对SSR引物进行了退火温度的筛选,分别对SSR-PCR,SRAP-PCR扩增体系进行了优化。2.SSR、SRAP引物的平均多态位点百分比分别是88.14%,100%。两种分子标记均能在榛属植物中有效扩增,可以用于榛属植物的遗传多样性研究。基于SSR标记榛属种质资源的主要遗传多样性指数:等位基因数,有效等位基因数,香农指数,Nei’s遗传多样性指数平均值分别是4.8125、3.6576、1.3803、0.714。基于SRAP标记的榛属种质资源的主要遗传多样性指数:等位基因数,有效等位基因数,香农指数,Nei’s遗传多样性指数平均值分别是1.8904、1.6468、0.5459、0.3701。两种分子标记在榛属种质资源的遗传多样性指数均说明榛属植物有较高的遗传多样性。3.基于SSR标记的榛属资源种间遗传多样性指数可知,榛属种间的遗传多样性大小依次为平榛平欧杂种榛华榛川榛欧榛毛榛绒苞榛。基于SRAP标记的榛属资源种间的遗传多样性指数可知榛属种间的遗传多样性大小依次为欧榛平榛平欧杂种榛毛榛川榛华榛绒苞榛。两种分子标记均显示我国原产的榛属资源中平榛遗传多样性最高,绒苞榛遗传多样性最低。4.SSR标记和SRAP标记的分子方差分析结果均显示榛属植物的遗传分化大多发生在种群内(SSR=84%;SRAP=89%),少数发生在种群间。5.依据遗传距离和遗传一致度及聚类结果显示平榛与平欧杂种榛的亲缘关系最近,藏刺榛和绒苞榛的亲缘关系最远。聚类结果还显示毛榛与平榛亲缘关系较近,藏刺榛与川榛、华榛聚在一组亲缘关系较近。滇榛与绒苞榛亲缘关系近但与其它种亲缘关系较远。聚类结果与材料来源地有一定的相关性。两种标记虽然不能够将所有榛属种群完全区分开,但是聚类结果能够在一定程度上反映了榛属资源的遗传多样性和亲缘关系。主坐标分析与对应分子标记的聚类结果大致相同。
【图文】：

引物,条带,多态性

1%琼脂糖凝胶电泳检测时，条带明亮程度反映总DNA的浓度，条带越亮DNA浓度越高。根据电泳槽干净与否，条带有无拖尾，是否有RNA条带，条带清晰程度来判断DNA的质量，若点样孔无残留，条带明亮，且完整清晰，，无拖尾，无杂带，表示此DNA可备选用。用紫外分光光度计检测DNA浓度及纯度时，依据OD260/OD280的比值评判DNA质量;当OD260/OD280<1.6时，说明DNA溶液中有多糖、蛋白质等杂质，OD260/OD280>1.9时，说明样品中存在RNA等杂质。OD260 /OD280 范围在1.7～1.8之间的DNA溶液可备用(杨晓旭，2017)。3.2 SSR 引物及最佳退火温度筛选结果3.2.1 SSR 引物筛选筛选引物的原则首先是引物扩增条带清晰且能分清主条带，其次是条带具有多态性。从图 1 中可以看出 1 号、2 号、3 号、5 号、7 号、8 号、9 号、10 号、11 号引物主条带清晰且多态性好，个别有杂带拖带现象，但可以通过调节退火温度得到改善。4 号、6号引物虽然多态性单一但条带清晰，无杂带可暂时选用，若在种群扩增多态性差时再弃之。12 号引物条带不清晰弃之不用。

单因素试验,浓度,条带,体系

3 结果与分析选定前三个浓度（0.1U、0.15U、0.2U）为 Taq DNA 聚合酶基础浓度；引物浓度在前两个浓度时条带较模糊，从第三个浓度开始条带清晰，所以选择 0.6μmol/L、0.8μmol/L、1.0μmol/L 作为基础浓度；Mg2+浓度筛选中前四个浓度的条带除第 2 浓度条带模糊，其它 3 个浓度的条带清晰，所以选定前三个浓度（0.5mmol/L、1.0mmol/L、1.5mmol/L）为基础浓度。
【学位授予单位】：沈阳农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：S664.4

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