野生柑橘响应韧皮部杆菌亚洲种侵染的生物学和转录组学研究
发布时间：2024-01-20 15:33
柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing,HLB)是当前世界柑橘产业的头号杀手。该病能侵染几乎所有的柑橘栽培品种,目前尚无有效治愈手段。其病原暂定于α-变型菌纲(Proteobacteria)、韧皮杆菌属(Liberibacter),是一种韧皮部专性寄生的难培养革兰氏阴性细菌,根据16S rDNA序列不同可将其分为三个种:亚洲种(‘Candidatus Liberibacter asiaticus’,Las)、非洲种(‘Ca.Liberibacter africanus’,Laf)、美洲种(‘Ca.Liberibacter americanus’,Lam),其中Las分布最广,且危害最大。迄今,在柑橘栽培种中尚未发现黄龙病抗性基因,严重制约了抗性育种的进程。有研究表明,马蜂柑(Citrus hystrix)对黄龙病具有一定的耐病性,但其耐病机制尚不清楚。中国是世界柑橘的重要起源中心,有着丰富的野生柑橘资源,而这些野生资源对黄龙病的抗感性缺乏系统研究。因此,本研究以马蜂柑、宜昌橙(C.ichangensis)、道县野橘(C.daoxianensis)等野生柑橘资源为研究材料,...
【文章页数】：107 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 柑橘黄龙病概况
1.1.1 黄龙病的发生与分布
1.1.2 黄龙病症状
1.1.3 黄龙病的寄主范围及传播途径
1.1.4 柑橘不同品种对黄龙病的敏感性差异研究
1.1.5 病原分子生物学研究
1.2 韧皮部杆菌亚洲种（Las）与植物寄主互作研究进展
1.2.1 Las导致寄主代谢平衡失调
1.2.2 激素介导的寄主应答反应
1.2.3 寄主的防卫反应
1.3 转录组学技术研究进展
1.3.1 转录组学及其研究方法
1.3.2 RNA-seq技术及其在植物抗病研究中的应用
第二章 引言
第三章 野生柑橘响应Las侵染的生物学研究
3.1 材料与方法
3.1.1 供试材料
3.1.2 主要试剂与仪器
3.1.3 主要存储液
3.1.4 总核酸提取
3.1.5 引物
3.1.6 反应体系及程序
3.2 结果与分析
3.2.1 野生柑橘不同品种接种黄龙病后含菌量变化
3.2.2 野生柑橘感染黄龙病后的症状差异
3.3 讨论
3.4 结论
第四章 马蜂柑和甜橙响应Las侵染的比较转录组学研究
4.1 材料与方法
4.1.1 供试材料
4.1.2 主要试剂与仪器
4.1.3 主要存储液
4.1.4 总核酸提取
4.1.5 核酸RNA提取
4.1.6 转录组测序
4.1.7 数据分析
4.1.8 RT-qPCR验证
4.2 结果与分析
4.2.1 RNA质量检测
4.2.2 测序数据过滤
4.2.3 参考基因组比对结果
4.2.4 新转录本预测
4.2.5 各样品间差异表达基因情况
4.2.6 差异表达基因GO功能分析
4.2.7 差异表达基因代谢途径富集分析
4.2.8 差异表达基因功能聚类分析
4.2.9 RT-qPCR验证
4.3 讨论
4.3.1 Las侵染对马蜂柑和甜橙淀粉代谢和光合作用的影响存在差异
4.3.2 马蜂柑和甜橙对Las的防御机制
4.4 结论
第五章 宜昌橙、道县野橘和甜橙响应Las侵染的比较转录组学研究
5.1 材料与方法
5.1.1 供试材料
5.1.2 主要试剂（盒）与仪器
5.1.3 常用储备液
5.1.4 总核酸提取
5.1.5 总RNA提取
5.1.6 转录组测序
5.1.7 数据分析
5.1.8 RT-qPCR验证
5.2 结果与分析
5.2.1 RNA质量检测
5.2.2 测序数据过滤
5.2.3 参考基因组比对结果
5.2.4 新转录本预测
5.2.5 各样品间差异表达基因情况
5.2.6 差异表达基因GO功能分析
5.2.7 差异表达基因代谢途径富集分析
5.2.8 差异表达基因功能聚类分析
5.2.9 RT-qPCR验证
5.3 讨论
5.3.1 Las诱导的差异表达基因数量与显症程度具有一致性
5.3.2 不同寄主对Las的应答反应存在一定差异
5.3.3 不同野生柑橘品种对Las应答反应之间的异同
5.4 结论
第六章 主要结论、创新点与展望
6.1 主要结论
6.1.1 野生柑橘响应Las侵染的生物学研究
6.1.2 马蜂柑和甜橙响应Las侵染的比较转录组学研究
6.1.3 宜昌橙、道县野橘和甜橙响应Las侵染的转录组学研究
6.1.4 不同野生柑橘对Las的应答反应存在一定的相似性
6.2 创新点
6.3 展望
参考文献
附录Ⅰ 缩略词与中英文对照
附录Ⅱ 附表
攻读硕士学位期间发表论文及参加科研项目
致谢
本文编号：3881102
【文章页数】：107 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
1.1 柑橘黄龙病概况
1.1.1 黄龙病的发生与分布
1.1.2 黄龙病症状
1.1.3 黄龙病的寄主范围及传播途径
1.1.4 柑橘不同品种对黄龙病的敏感性差异研究
1.1.5 病原分子生物学研究
1.2 韧皮部杆菌亚洲种（Las）与植物寄主互作研究进展
1.2.1 Las导致寄主代谢平衡失调
1.2.2 激素介导的寄主应答反应
1.2.3 寄主的防卫反应
1.3 转录组学技术研究进展
1.3.1 转录组学及其研究方法
1.3.2 RNA-seq技术及其在植物抗病研究中的应用
第二章 引言
第三章 野生柑橘响应Las侵染的生物学研究
3.1 材料与方法
3.1.1 供试材料
3.1.2 主要试剂与仪器
3.1.3 主要存储液
3.1.4 总核酸提取
3.1.5 引物
3.1.6 反应体系及程序
3.2 结果与分析
3.2.1 野生柑橘不同品种接种黄龙病后含菌量变化
3.2.2 野生柑橘感染黄龙病后的症状差异
3.3 讨论
3.4 结论
第四章 马蜂柑和甜橙响应Las侵染的比较转录组学研究
4.1 材料与方法
4.1.1 供试材料
4.1.2 主要试剂与仪器
4.1.3 主要存储液
4.1.4 总核酸提取
4.1.5 核酸RNA提取
4.1.6 转录组测序
4.1.7 数据分析
4.1.8 RT-qPCR验证
4.2 结果与分析
4.2.1 RNA质量检测
4.2.2 测序数据过滤
4.2.3 参考基因组比对结果
4.2.4 新转录本预测
4.2.5 各样品间差异表达基因情况
4.2.6 差异表达基因GO功能分析
4.2.7 差异表达基因代谢途径富集分析
4.2.8 差异表达基因功能聚类分析
4.2.9 RT-qPCR验证
4.3 讨论
4.3.1 Las侵染对马蜂柑和甜橙淀粉代谢和光合作用的影响存在差异
4.3.2 马蜂柑和甜橙对Las的防御机制
4.4 结论
第五章 宜昌橙、道县野橘和甜橙响应Las侵染的比较转录组学研究
5.1 材料与方法
5.1.1 供试材料
5.1.2 主要试剂（盒）与仪器
5.1.3 常用储备液
5.1.4 总核酸提取
5.1.5 总RNA提取
5.1.6 转录组测序
5.1.7 数据分析
5.1.8 RT-qPCR验证
5.2 结果与分析
5.2.1 RNA质量检测
5.2.2 测序数据过滤
5.2.3 参考基因组比对结果
5.2.4 新转录本预测
5.2.5 各样品间差异表达基因情况
5.2.6 差异表达基因GO功能分析
5.2.7 差异表达基因代谢途径富集分析
5.2.8 差异表达基因功能聚类分析
5.2.9 RT-qPCR验证
5.3 讨论
5.3.1 Las诱导的差异表达基因数量与显症程度具有一致性
5.3.2 不同寄主对Las的应答反应存在一定差异
5.3.3 不同野生柑橘品种对Las应答反应之间的异同
5.4 结论
第六章 主要结论、创新点与展望
6.1 主要结论
6.1.1 野生柑橘响应Las侵染的生物学研究
6.1.2 马蜂柑和甜橙响应Las侵染的比较转录组学研究
6.1.3 宜昌橙、道县野橘和甜橙响应Las侵染的转录组学研究
6.1.4 不同野生柑橘对Las的应答反应存在一定的相似性
6.2 创新点
6.3 展望
参考文献
附录Ⅰ 缩略词与中英文对照
附录Ⅱ 附表
攻读硕士学位期间发表论文及参加科研项目
致谢
本文编号：3881102
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