紫薇属叶绿体比较基因组学及DNA条形码研究

发布时间：2024-02-19 19:12

　　紫薇属(Lagerstroemia Linnaeus)隶属于千屈菜科(Lythraceae),主要分布于全球温带和热带地区。该属在全球约55种,我国分布有18种,是夏季著名的观赏性植物,花期能够达到100天,又被称为百日红。因其花色艳丽、花期长,紫薇在园林中的应用日益广泛。由于频繁的种间杂交和基因渐渗,紫薇属内种间的系统发育问题一直存在疑惑;虽然紫薇属的花序使其很容易与其他类群区别,但由于缺乏有效的形态分类性状,受环境条件和不同发育阶段的影响,紫薇属植物存在着多个形态分类上的争议分歧物种,在种水平上对紫薇属植物进行分类比较困难。叶绿体(Chloroplast)基因组序列不仅是研究系统发育问题的有力工具,而且是用于评估遗传多样性最有价值的分子标记来源。因此,本研究对紫薇属6个物种的叶绿体基因组测序,利用生物信息学手段对比分析紫薇属基因组特点和差异,重建紫薇属系统发育及进化关系;从叶绿体基因组序列变异程度、种内种间变异以及物种鉴定等方面在紫薇属中对国际通用条形码(mat K、psb A-trn H、rbc L)进行适用性评价;并从叶绿体基因组中筛选高变片段作为紫薇属特异性条形码,为紫薇属物...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图2.1紫薇属物种叶绿体基因组结构图

132.2结果与分析2.2.1紫薇属叶绿体基因组的结构和基本特征将13种紫薇属物种的叶绿体基因组结构和序列长度进行对比，结果统计到表2.2中。结果显示，本研究中13个紫薇属叶绿体基因组序列长度均接近152kb。其中最短的是南紫薇，长度为152049bp，而最长的是西双紫薇，长度为....

图2.213个紫薇属物种叶绿体基因组的LSC区、SSC区和IR区的结构图

图2.3在mVISTA中使用ShuffleLAGAN比对算法对整个叶绿体基因组进行序列比对，选择了紫薇作为参考基因组，垂直刻度表示序列同一性的百分比，范围从50％到100％Figure2.3SequencealignmentofwholechloroplastgenomesusingtheShuffleLAGANalignmentalgorithminmVISTA.Lagerstroemiafaurieiwaschosentobethereferencegenome.The...

19图2.3在mVISTA中使用ShuffleLAGAN比对算法对整个叶绿体基因组进行序列比对，选择了紫薇作为参考基因组，垂直刻度表示序列同一性的百分比，范围从50％到100％Figure2.3Sequencealignmentofwholechloroplastgenomesu....

图2.4紫薇叶绿体基因组的20个氨基酸的密码子含量和79个编码基因的终止密码子，直方图的颜色对应于密码子的颜色Figure2.4Codoncontentof20aminoacidandstopcodonof79codinggenesof

20中有79个蛋白质编码基因，其编码25068-27111个密码子。RSCU的最小值为0.39，最大值为1.81。GCU的RSCU值最高，范围为1.54至1.81。RSCU值与编码单个氨基酸的密码子数量呈正相关。蛋氨酸和色氨酸是最不常见的氨基酸，亮氨酸，精氨酸和丝氨酸是最常见的氨....

本文编号：3903187