濒危植物水青树SSR分子标记的开发与群体遗传结构的研究
发布时间：2022-01-06 11:35
水青树为水青树科单种孑遗植物,具有重要的科学研究、观赏、药用和木材利用等价值,其种群数量稀少,自然更新困难,已被我国列为国家二级重点保护植物。本研究以简化基因组测序（RAD-seq）技术为基础开发SSR标记位点,并将其应用于水青树的遗传多样性及群体遗传结构分析,其研究结果对于该物种的科学研究和保护具有重要意义。主要研究结果如下:（1）水青树SSR标记位点的开发利用高通量测序技术（HTS）得到了大量的数据信息,其中在8322400条序列中查找SSR位点,共识别出121022个SSRs,其中复合SSRs有6672个;优势核苷酸重复序列为单核苷酸重复,有63985个,占总重复类型的59.14%;其次为二核苷酸重复,有31068个,占总重复类型的28.71%。在二核苷酸重复中,以AG、AT的碱基重复比例最高;三核苷酸重复以AAG/CTT、AGC/GCT为主要重复。以重复基元最小重复次数为5为标准,我们共设计得到了1212对引物,从中选择了67对引物进行合成并检测其多态性高低,其中52对引物具有扩增产物,48对引物具有多态性,占总引物的92.31%。根据位点多态信息含量（PIC）值筛选出了14对...
【文章来源】：西华师范大学四川省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
水青树SSR重复基元的分布比例Fig2-1TheSSRrepetitiveelementdistributionofT.sinense重复单元类型及发生频率的分析结果显示，水青树基因组序列片段
第二章基于RAD-seq技术开发水青树SSR分子标记13图2-2水青树基因组序列片段中二、三碱基重复基元的类型及出现频率Fig2-2ThetypeandfrequencyoftwoandthreerepeatunitsingenomicsequencefragmentsofT.sinense.表2-3水青树基因组SSR序列中二、三碱基重复基元的类型及出现频率Table2-3Di-andtri-nucleotideSSRrepeatmotifsandtheirfrequenciesinthegenomeofT.sinense碱基重复Repeatmotif重复次数Repeatnumbers合计Total频率567891011≥12FrequencyAC/GT017464291891296847284289212.31AG/CT02236150210277285323841776818534.85AT/TA025451494926658409219625687629.28CG/GC0128631012251191017897.62AAC/GTT5120932003880.37AAG/CTT338125764320106166342.70AAT/ATT81699631415631310294.38ACC/GGT14747251530202391.02ACG/CGT1204124111077172270.97ACT/AGT52111122303840.36AGC/GCT2821218345208555692.42AGG/CCT7652171322041660.71ATC/GAT1644821765392631.12CCG/CGG3476417653104431.89合计Total239384414081242316511072678274523484频率Frequency10.1935.9417.3810.327.034.562.8911.692.3.2SSR分子标记多态性分析与引物筛选利用生物信息学软件得到114350条含SSR位点的高质量序列，共设计出1212对引物，以用于对水青树种群内不同个体间的多态性检测。在设计好的1212对水
第二章基于RAD-seq技术开发水青树SSR分子标记16图2-359号引物对16个水青树材料的扩增结果Fig2-3Amplificationresultsofprimer59forTetracentronsinenseOliv.表2-521对SSR引物信息Table2-521SSRprimersofTetracentronsinenseOliv.引物编号Primercode引物序列（5，-3，）Primersequence(5"-3")重复基元Repeatmotif目的片段大小（bp）Expectedamplificationproduct退火温度Tm(℃)SSR5F:CGACGAGAGTTCTTCGTTCC(AAG)99550R:GGAGTGGGTGAGCTTCATTCSSR6F:CGAGCTCAAGGAAGAATACTTTG(TCT)99958R:AAACCTTAAGCCTAGATCTTGAACTSSR7F:CGATTCGTCTCTTTATTTCTCCTC(TCT)89954R:AGACGCAGAAACCCTAGCAGSSR19F:ATGCTGGGATAACAAGGCAG(TTTG)69552R:CCAGAGCAAAACTCCATCTCASSR23F:CGATAAAAGCTCGCCCATT(TCGGC)78550R:TTTGACAATTCTATAATAGGGGTGGSSR24F:CGAATAAAGGGTATAGGATGTTCTT(TCTTC)89460R:CGCTGTTCACAAAGAGAAGGSSR27F:GAGCCGAGCCTGAACAATAG(GGCTC)78052R:GAACCAGTGGGAAGCAAAGASSR29F:GGGTCGCCGTTTCTTACTTT(CGGATT)68656R:TCCGGCTAAATGGATACCAASSR31F:CGATCTCTTTCAAGAATGCCA(CTC)810054R:TGGACTGACTCTTCAGGAGATGSSR32F:GACATTACATGGGGGACGAC(GGA)108958R:CCCCATCTTCTTCTCCTCATCSSR34F:AAATTTTCCGGATGTGCGT(GTAT)88850R:GGATGCCGGGTAAAAAGCSSR36F:GAGGTGAGGACTAAAGACTCCG(TTTTC)69052R:ATTTGTGGCGGTTTCAAAAASSR38F:CGAAGAAGCTGATTGACAGAGA(AG)2210054R:GTGGCCACGAAAAAGACTGTSSR39F:CTTTTGAGTTATCGTGCGCC(AC)178852R:TATGTGCGGATGTGTGTGTG
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于SSR标记构建甜玉米群体的核心种质[J]. 常利芳,白建荣,李锐,张丛卓,张效梅,杨瑞娟. 玉米科学. 2018(03)
[2]微卫星标记及其在动物亲缘关系鉴定中的应用[J]. 张正义,邢秀梅,胡鹏飞,刘松啸,董依萌,鞠贵春. 基因组学与应用生物学. 2018(04)
[3]榆树转录组EST-SSR引物开发及遗传多样性分析[J]. 左力辉,张双,梁海永,王进茂,杨敏生. 植物遗传资源学报. 2018(01)
[4]尼罗罗非鱼人工驯养、选育群体遗传多样性及瓶颈效应[J]. 唐首杰,杨洁,赵金良,王成辉,李思发. 水产学报. 2016(12)
[5]濒危植物水青树叶的表型性状变异[J]. 李珊,甘小洪,憨宏艳,许宁,侯正扬,陈杨,邓晓娟. 林业科学研究. 2016(05)
[6]吸胀期低温处理对水青树种子萌发特性的影响[J]. 憨宏艳,许宁,李珊,张雪梅,李欣,李满婷,甘小洪. 植物分类与资源学报. 2015(05)
[7]鹅掌楸贵州烂木山居群的微卫星遗传多样性及空间遗传结构[J]. 杨爱红,张金菊,田华,姚小洪,黄宏文. 生物多样性. 2014(03)
[8]南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究[J]. 李炎林,杨星星,张家银,黄三文,熊兴耀. 园艺学报. 2014(04)
[9]基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发[J]. 黄海燕,杜红岩,乌云塔娜,刘攀峰. 林业科学. 2013(05)
[10]大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析[J]. 赖勇,王鹏喜,范贵强,司二静,王晋,杨轲,孟亚雄,李葆春,马小乐,尚勋武,王化俊. 中国农业科学. 2013(02)
博士论文
[1]南岭山地南方红豆杉遗传变异与气候因子相关性研究[D]. 谢伟东.中南林业科技大学 2017
[2]Thelephora-Tomentella分子系统发育及干巴菌（Thelephora ganbajun）群体遗传学和线粒体异质性研究[D]. 王鹏飞.云南大学 2015
硕士论文
[1]山白树的微卫星分子标记开发与遗传多样性分析[D]. 王家.陕西理工大学 2019
[2]水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析[D]. 林雪莹.中南林业科技大学 2018
[3]丹霞梧桐EST-SSR标记位点开发及其群体遗传结构分析[D]. 陈璐.中南林业科技大学 2018
[4]翅果油树遗传多样性和交配系统研究[D]. 叶占洋.中国林业科学研究院 2017
[5]濒危植物水青树的遗传多样性研究[D]. 李珊.西华师范大学 2017
[6]基于SSR分子标记的甘草属植物遗传多样性分析[D]. 宋美玲.山西农业大学 2016
[7]青藏高原特有物种小子圆柏的起源和种群演化历史研究[D]. 商慧颖.兰州大学 2015
[8]基于高通量测序的石刁柏基因组SSR标记的开发[D]. 刘方.河南师范大学 2015
[9]银杏天目山“避难所”群体的小尺度遗传结构与基因流研究[D]. 谢春香.浙江大学 2014
[10]基于高通量测序的紫花苜蓿SSR引物的开发及其应用研究[D]. 余国辉.西北农林科技大学 2014
本文编号：3572377
【文章来源】：西华师范大学四川省
【文章页数】：61 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
水青树SSR重复基元的分布比例Fig2-1TheSSRrepetitiveelementdistributionofT.sinense重复单元类型及发生频率的分析结果显示，水青树基因组序列片段
第二章基于RAD-seq技术开发水青树SSR分子标记13图2-2水青树基因组序列片段中二、三碱基重复基元的类型及出现频率Fig2-2ThetypeandfrequencyoftwoandthreerepeatunitsingenomicsequencefragmentsofT.sinense.表2-3水青树基因组SSR序列中二、三碱基重复基元的类型及出现频率Table2-3Di-andtri-nucleotideSSRrepeatmotifsandtheirfrequenciesinthegenomeofT.sinense碱基重复Repeatmotif重复次数Repeatnumbers合计Total频率567891011≥12FrequencyAC/GT017464291891296847284289212.31AG/CT02236150210277285323841776818534.85AT/TA025451494926658409219625687629.28CG/GC0128631012251191017897.62AAC/GTT5120932003880.37AAG/CTT338125764320106166342.70AAT/ATT81699631415631310294.38ACC/GGT14747251530202391.02ACG/CGT1204124111077172270.97ACT/AGT52111122303840.36AGC/GCT2821218345208555692.42AGG/CCT7652171322041660.71ATC/GAT1644821765392631.12CCG/CGG3476417653104431.89合计Total239384414081242316511072678274523484频率Frequency10.1935.9417.3810.327.034.562.8911.692.3.2SSR分子标记多态性分析与引物筛选利用生物信息学软件得到114350条含SSR位点的高质量序列，共设计出1212对引物，以用于对水青树种群内不同个体间的多态性检测。在设计好的1212对水
第二章基于RAD-seq技术开发水青树SSR分子标记16图2-359号引物对16个水青树材料的扩增结果Fig2-3Amplificationresultsofprimer59forTetracentronsinenseOliv.表2-521对SSR引物信息Table2-521SSRprimersofTetracentronsinenseOliv.引物编号Primercode引物序列（5，-3，）Primersequence(5"-3")重复基元Repeatmotif目的片段大小（bp）Expectedamplificationproduct退火温度Tm(℃)SSR5F:CGACGAGAGTTCTTCGTTCC(AAG)99550R:GGAGTGGGTGAGCTTCATTCSSR6F:CGAGCTCAAGGAAGAATACTTTG(TCT)99958R:AAACCTTAAGCCTAGATCTTGAACTSSR7F:CGATTCGTCTCTTTATTTCTCCTC(TCT)89954R:AGACGCAGAAACCCTAGCAGSSR19F:ATGCTGGGATAACAAGGCAG(TTTG)69552R:CCAGAGCAAAACTCCATCTCASSR23F:CGATAAAAGCTCGCCCATT(TCGGC)78550R:TTTGACAATTCTATAATAGGGGTGGSSR24F:CGAATAAAGGGTATAGGATGTTCTT(TCTTC)89460R:CGCTGTTCACAAAGAGAAGGSSR27F:GAGCCGAGCCTGAACAATAG(GGCTC)78052R:GAACCAGTGGGAAGCAAAGASSR29F:GGGTCGCCGTTTCTTACTTT(CGGATT)68656R:TCCGGCTAAATGGATACCAASSR31F:CGATCTCTTTCAAGAATGCCA(CTC)810054R:TGGACTGACTCTTCAGGAGATGSSR32F:GACATTACATGGGGGACGAC(GGA)108958R:CCCCATCTTCTTCTCCTCATCSSR34F:AAATTTTCCGGATGTGCGT(GTAT)88850R:GGATGCCGGGTAAAAAGCSSR36F:GAGGTGAGGACTAAAGACTCCG(TTTTC)69052R:ATTTGTGGCGGTTTCAAAAASSR38F:CGAAGAAGCTGATTGACAGAGA(AG)2210054R:GTGGCCACGAAAAAGACTGTSSR39F:CTTTTGAGTTATCGTGCGCC(AC)178852R:TATGTGCGGATGTGTGTGTG
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于SSR标记构建甜玉米群体的核心种质[J]. 常利芳,白建荣,李锐,张丛卓,张效梅,杨瑞娟. 玉米科学. 2018(03)
[2]微卫星标记及其在动物亲缘关系鉴定中的应用[J]. 张正义,邢秀梅,胡鹏飞,刘松啸,董依萌,鞠贵春. 基因组学与应用生物学. 2018(04)
[3]榆树转录组EST-SSR引物开发及遗传多样性分析[J]. 左力辉,张双,梁海永,王进茂,杨敏生. 植物遗传资源学报. 2018(01)
[4]尼罗罗非鱼人工驯养、选育群体遗传多样性及瓶颈效应[J]. 唐首杰,杨洁,赵金良,王成辉,李思发. 水产学报. 2016(12)
[5]濒危植物水青树叶的表型性状变异[J]. 李珊,甘小洪,憨宏艳,许宁,侯正扬,陈杨,邓晓娟. 林业科学研究. 2016(05)
[6]吸胀期低温处理对水青树种子萌发特性的影响[J]. 憨宏艳,许宁,李珊,张雪梅,李欣,李满婷,甘小洪. 植物分类与资源学报. 2015(05)
[7]鹅掌楸贵州烂木山居群的微卫星遗传多样性及空间遗传结构[J]. 杨爱红,张金菊,田华,姚小洪,黄宏文. 生物多样性. 2014(03)
[8]南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究[J]. 李炎林,杨星星,张家银,黄三文,熊兴耀. 园艺学报. 2014(04)
[9]基于杜仲转录组序列的SSR分子标记的开发[J]. 黄海燕,杜红岩,乌云塔娜,刘攀峰. 林业科学. 2013(05)
[10]大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析[J]. 赖勇,王鹏喜,范贵强,司二静,王晋,杨轲,孟亚雄,李葆春,马小乐,尚勋武,王化俊. 中国农业科学. 2013(02)
博士论文
[1]南岭山地南方红豆杉遗传变异与气候因子相关性研究[D]. 谢伟东.中南林业科技大学 2017
[2]Thelephora-Tomentella分子系统发育及干巴菌（Thelephora ganbajun）群体遗传学和线粒体异质性研究[D]. 王鹏飞.云南大学 2015
硕士论文
[1]山白树的微卫星分子标记开发与遗传多样性分析[D]. 王家.陕西理工大学 2019
[2]水松EST-SSR分子标记开发及群体遗传变异分析[D]. 林雪莹.中南林业科技大学 2018
[3]丹霞梧桐EST-SSR标记位点开发及其群体遗传结构分析[D]. 陈璐.中南林业科技大学 2018
[4]翅果油树遗传多样性和交配系统研究[D]. 叶占洋.中国林业科学研究院 2017
[5]濒危植物水青树的遗传多样性研究[D]. 李珊.西华师范大学 2017
[6]基于SSR分子标记的甘草属植物遗传多样性分析[D]. 宋美玲.山西农业大学 2016
[7]青藏高原特有物种小子圆柏的起源和种群演化历史研究[D]. 商慧颖.兰州大学 2015
[8]基于高通量测序的石刁柏基因组SSR标记的开发[D]. 刘方.河南师范大学 2015
[9]银杏天目山“避难所”群体的小尺度遗传结构与基因流研究[D]. 谢春香.浙江大学 2014
[10]基于高通量测序的紫花苜蓿SSR引物的开发及其应用研究[D]. 余国辉.西北农林科技大学 2014
本文编号：3572377
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