基于异构网络的lncRNA-disease关联关系预测

发布时间：2024-06-29 06:38

　　近年来,生物科学不断进步,生物实验技术不断创新与发展,越来越多的证据表明,长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在生物学上扮演着至关重要的角色,并且与人类疾病的发生息息相关。大约12%的lncRNA可以在除人类以外的其他生物中被发现,H19和Xist是最先被发现的两个lncRNA,这两个lncRNA是在20世纪90年代早期通过传统的基因定位方法发现的,接着越来越多的lncRNA在人类以及许多动物的身上被发现并对其进行各种记录和研究。这些数量庞大的lncRNA可以排列成一个复杂的基因表达调控网络,它们的突变和调节失调与不同的人类疾病和不正常的发育有关:如乳腺癌、结肠直肠癌、肺癌和心血管疾病等。人们常常利用lncRNA作为生物医学上的一个标志,为医生诊断治疗提供一个生物学上的参考。因此,预测lncRNA-disease的潜在关联已成为人类复杂疾病领域的研究热点。现有的研究预测模型大概分为三类:基于网络的方法,基于矩阵分解的方法以及基于机器学习的方法。基于网络的方法存在以下不足:(1)有些方法还不能预测与新疾病相关的lncRNA;(2)只考虑了lncRNA以及...

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图1lncRNA五种类型人类疾病的发生除了与不可控的外界因素有关，更多的是与lncRNA相关

东北师范大学硕士学位论文2图1lncRNA五种类型人类疾病的发生除了与不可控的外界因素有关，更多的是与lncRNA相关。癌症等许多严重危害人类身体健康的重大疾病[14-16]都离不开lncRNA的突变，比如乳腺癌，肺癌，结肠癌、结直肠癌和肺腺癌等癌症。利用信息生物学的计算方法，发....

图2LncRNADisease数据库(2)DiseaseOntology[29]:DiseaseOntology是一个社区驱动的开源本体，旨在通过疾病概念链接不同的数据集

东北师范大学硕士学位论文9图2LncRNADisease数据库(2)DiseaseOntology[29]:DiseaseOntology是一个社区驱动的开源本体，旨在通过疾病概念链接不同的数据集。提供一个可计算的人类疾病遗传、环境和传染源结构，以便于通过人类疾病的视角将遗传数据....

图3DiseaseOntology数据库（3）LncReg[30]：LncReg数据库中包含从259篇文章中手动编辑的1081个条目

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图4LncReg数据库（4）DisGeNet[31]:DisGeNET包含与人类疾病相关的最大的公开基因和变体集合

东北师范大学硕士学位论文10这些条目包含258个非重复性lncRNA和571个非重复性基因。尤其是在LncReg中有659个正调控关系和374个负调控关系。LncReg数据库提供lncRNA的调控网络和具体的调控信息，对于lncRNA-gene的调控关系，它更加的全面和详细。对应....

本文编号：3997313