当前位置:主页 > 硕博论文 > 农业博士论文 >

甜高粱茎秆糖积累期microRNA及基因表达谱分析

发布时间:2016-11-07 20:39

  本文关键词:甜高粱茎秆糖积累期microRNA及基因表达谱分析,由笔耕文化传播整理发布。


《沈阳农业大学》 2015年

甜高粱茎秆糖积累期microRNA及基因表达谱分析

于惠琳  

【摘要】:高粱是世界第五大禾谷类作物,广泛用作食物、酿酒、制糖和饲料。甜高粱是粒用高粱的一个变种,以茎秆含糖量高而成为潜在生物能源作物之一。因此,开展甜高粱茎秆糖如何积累的分子机制研究,对甜高粱高糖含量品种的选育、茎秆糖运输和积累的分子机制具有重要意义。但有关控制甜高粱茎秆糖含量的QTL位点报道结果不一致,茎秆糖如何积累的分子机制至今仍然不清楚。为了探究甜高粱茎秆糖积累过程中基因和microRNA表达的变化特点,鉴定茎秆糖积累可能涉及的特异表达的基因和microRNA。本研究通过比较甜高粱(Rio)和粒用高粱(BTx623)茎秆糖积累数据确定取样时期和组织部位,取抽穗期和蜡熟期的上数第四节茎秆和第二叶片提取总RNA,通过高通量测序技术分析甜高粱Rio在糖积累时期茎秆和叶片中基因和microRNA的表达,并以粒用高粱BTx623相应时期的材料作为对照,鉴定可能与甜高粱糖积累有关的基因和microRNA。本研究从表达谱水平上分析甜高粱糖积累的分子机制,鉴定的特异表达的基因和microRNA也为甜高粱茎秆糖积累研究提供了依据。1、数字基因表达谱分析的主要结果如下:(1)8个样品总计检测到25405个基因。差异表达基因(FDR0.001且存在1og2 Ratio |1)分析表明:BTx623叶片中(BL1-VS-BL2)差异表达基因6285个(上调基因4224,下调基因2061),茎秆中(BS1-VS-BS2)差异表达基因5216个(上调基因1744、下调基因3472个);Rio叶片中(RL1-VS-RL2)差异表达基因6245个(上调基因4239个,下调基因2006个);茎秆中(RS1-VS-RS2)差异表达基因5424个(上调基因2338个,下调基因3086个)。在茎秆的调控中以下调的基因为主,而在叶片的调控中以上调的为主。(2) KEGG代谢途径分析表明:在RS1-VS-RS2、RL1-VS-RL2、BS1-VS-BS2、 BL1-VS-BL2中分别富集了25、13、17、15条显著的代谢途径。其中RS1-VS-RS2差异基因主要是参与糖和淀粉代谢、次生代谢等途径,这些路径可能在高粱茎秆糖积累中起重要作用。(3)差异基因MapMan分析表明淀粉和蔗糖的代谢在甜高粱和粒用高粱茎秆糖积累过程中基因差异最为显著。在Rio茎秆中,与淀粉合成和降解、蔗糖合成有关的基因表达均大量被上调,而蔗糖分解相关的基因几乎被抑制。淀粉水解为蔗糖,蔗糖较少被降解,所以最终在茎秆中大量积累蔗糖。而BTx623茎秆中,淀粉合成和降解有关的基因表达被下调,因此减少了淀粉水解为蔗糖,然后蔗糖被水解,因此在茎秆不能积累蔗糖。(4)对高粱中蔗糖转运体的表达分析表明,SUT1(被认为是在叶片中参与韧皮部运输蔗糖到茎秆中)在成熟叶片丰度较高,且其表达在甜高粱糖积累后期叶片中被诱导,加快了蔗糖从叶片运输到茎秆中。SUT2(被认为是在茎秆中参与光合同化物存储)主要在茎秆中表达,其表达在甜高粱糖积累后期被诱导,使蔗糖存储到薄壁细胞中起作用,从而在茎秆中积累了大量的糖分。2、microRNA分析的主要研究结果如下:(1)如上所述的8个miRNA文库,鉴定出来自于56个miRNA家族的185个known miRNA,共预测获得634个未知miRNA。(2)对miRNA进行差异表达分析,miRNA表达变化大于2倍或小于1/2,P0.05选作差异表达的miRNA。在已知miRNA中,61个miRNA在BTx623叶片(BL1-VS-BL2)中显著差异表达,42个miRNA在BTx623茎秆中(BS1-VS-BS2)显著差异表达。64个miRNA在Rio叶片中(RL1-VS-RL2)显著差异表达,40个miRNA在Rio茎秆中(RS1-VS-RS2)显著差异表达。在未知niRNA中,60个miRNA在BTx623叶片中(BL1-VS-BL2)显著差异表达,30个miRNA在BTx623茎秆中(BS1-VS-BS2)显著差异表达。58个miRNA在Rio叶片中(RL1-VS-RL2)显著差异表达,33个miRNA在Rio茎秆中(RS1-VS-RS2)显著差异表达。(3)169个known miRNA预测的靶基因有442个,264个novel miRNA预测有3771个靶基因。12个novel miRNA口9个known miRNA在RS1-VS-RS2特异表达,差异表达的known miRNA的靶基因包括NAC转录因子和Homeddomain zipper protein,除此之外,其他预测的靶基因参与多种生理和代谢过程。差异表达的novel miRNA的靶基因包括转录因子、葡糖基转移酶、蛋白激酶、细胞色素P450、转运基因等。(4)我们筛选了一个Rio茎秆糖积累后期特异诱导表达的novel miRNA和一个叶片特异诱导表达的novel miRNA,并且用实时荧光定量PCR验证miRNA的表达。为进一步研究参与糖积累的miRNA潜在作用提供基础。

【关键词】:
【学位授予单位】:沈阳农业大学
【学位级别】:博士
【学位授予年份】:2015
【分类号】:S566.5
【目录】:

下载全文 更多同类文献

CAJ全文下载

(如何获取全文? 欢迎:购买知网充值卡、在线充值、在线咨询)

CAJViewer阅读器支持CAJ、PDF文件格式


【共引文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 吴倩;张磊;黄志平;王大刚;胡国玉;;转录组测序及其在野生大豆基因资源发掘中的应用[J];大豆科学;2013年06期

2 Xun-Lei Wang;Jian-Liang Lu;Yue-Rong Liang;;Different Techniques of Screening Differentially Expressed Genes and Their Applying in Tea Plant[J];茶叶;2013年04期

3 Lei Tang;Zheng-zhong Jiang;Jie-Ru Zhang;Chao-Ling Wei;;Cloning and Functional Analysis of A NAC-Like Gene Csnac in Tea Plant(Camellia sinensis)[J];茶叶;2013年04期

4 Haiping Ding;Jian Gao;Mao Luo;Hua Peng;Haijian Lin;Guangsheng Yuan;Yaou Shen;Maojun Zhao;Guangtang Pan;Zhiming Zhang;;Identification and functional analysis of miRNAs in developing kernels of a viviparous mutant in maize[J];The Crop Journal;2013年02期

5 韩璐;栾雨时;;植物miR168的研究进展[J];基因组学与应用生物学;2014年02期

6 刘汉;刘颖;曹秀峰;;miRNA在食管癌中的研究进展[J];中国医药科学;2014年07期

7 胡惠雯;侯欣瑜;蔡兼;钮俊;项争;安基永;林善枝;;低温胁迫响应的甜杨miR475靶基因的预测及表达[J];基因组学与应用生物学;2014年03期

8 高世超;钟凤林;林义章;赵瑞丽;;青花菜NAC转录因子克隆及在酸雨胁迫下的表达分析[J];分子植物育种;2014年04期

9 夏薇;李静;周丽霞;杨耀东;肖勇;马子龙;;椰子保守microRNA预测和特征分析[J];广东农业科学;2014年14期

10 田跃辉;吴玲;刘丹;张素芝;聂治;张啸;苏顺宗;罗博文;高世斌;;玉米ZmPHO2基因家族克隆及其低磷胁迫下的表达[J];西北植物学报;2014年08期

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 黄爱优;三角褐指藻miRNA筛选、作用机制及代谢流量分析[D];中国科学院研究生院(海洋研究所);2013年

2 申晚霞;植物病毒卫星RNA干扰其辅助病毒致病性的分子机理[D];西南大学;2013年

3 杜渐;胰腺癌BxPC-3细胞上清液通过上调树突状细胞miRNA-146a的表达抑制其成熟及免疫功能的研究[D];大连医科大学;2012年

4 王秀红;玉米低磷应答转录因子ZmPHR1的克隆及功能分析[D];山西大学;2013年

5 王金彦;不结球白菜基因组数据库的构建及芸薹属作物microRNA和EST-SSR数据的挖掘与分析[D];南京农业大学;2012年

6 郭娜;大豆miRNA的鉴定与在抗疫霉根腐病中的功能分析[D];南京农业大学;2011年

7 贾宏昉;水稻高亲和磷转运蛋白基因OsPht1;8的功能研究[D];南京农业大学;2011年

8 王晨;葡萄microRNA及其靶基因的识别、鉴定及作用方式研究[D];南京农业大学;2012年

9 杨守梅;miR-21在胃癌细胞化疗耐药中的作用及其机制研究[D];安徽医科大学;2013年

10 刘晓健;飞蝗几丁质合成关键基因特性及转录调控研究[D];山西大学;2013年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 周冉;灰叶胡杨microRNA的鉴定与调控机制研究[D];兰州大学;2013年

2 杨燚;miR-128-2骨髓嵌合和转基因小鼠模型的建立及其免疫表型分析[D];苏州大学;2013年

3 张月馨;胃癌中miRNA-429的表达及其生物信息学的初步研究[D];河北医科大学;2013年

4 董淼;半夏miRNA的检测及其靶基因的鉴定[D];浙江理工大学;2013年

5 史志浩;拟南芥AtTTP-miR160-ARF17通路参与胼胝质的合成的调控[D];上海师范大学;2013年

6 张禹舜;水稻叶鞘突变体yjs和淀粉突变体q4359的表型分析及基因精细定位[D];南京农业大学;2011年

7 李亚鹏;棉铃虫田间种群对三种杀虫剂的抗性监测及对氰戊菊酯抗性机理的研究[D];南京农业大学;2012年

8 田蕾;拟南芥生长素合成YUC基因控制花药发育机理研究[D];上海师范大学;2013年

9 敬媛媛;大豆miR1507的表达分析及功能鉴定[D];吉林农业大学;2013年

10 蔡佳轩;大豆microRNA1510a的表达分析及功能鉴定[D];吉林农业大学;2013年

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 田明;费菁;胡晓湘;李宁;刘娣;孟庆勇;;microRNA-1,-133,-206在鼠肌肉中的表达谱[J];中国畜牧兽医;2009年08期

2 王春梅;李庆章;;microRNA在小鼠乳腺不同发育时期差异表达谱及作用(英文)[J];遗传学报;2007年11期

3 蔡斌;李成慧;彭日荷;熊爱生;高峰;姚泉洪;章镇;;葡萄microRNA的计算识别[J];华北农学报;2008年S2期

4 邹文辉;;新奇的调控分子——microRNA[J];安徽农业科学;2008年34期

5 李贺;印东升;王志刚;黄飞飞;常琳琳;张志宏;;草莓不同器官中microRNA表达差异研究[J];果树学报;2009年05期

6 魏娟;吴建勇;邢朝柱;郭立平;戚廷香;王海林;;棉花MicroRNA研究进展[J];安徽农业科学;2011年15期

7 穆松;钟金城;陈智华;徐利娟;;牛基因组per-microRNA SNP多态性[J];西北农业学报;2011年10期

8 李构;张辰宇;;血清microRNA在癌症诊断中的进展[J];东北林业大学学报;2012年06期

9 李莹;鞠辉明;白立景;李奎;敖红;;猪microRNA-378-1过表达载体构建及细胞水平验证[J];农业生物技术学报;2012年08期

10 焦晶凯;莫蓓红;高红艳;;microRNA功能研究新进展[J];中国畜牧兽医;2013年02期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 贾新正;卢肖男;聂庆华;张细权;;鸡部分microRNA的同源预测与克隆验证[A];中国动物遗传育种研究进展——第十五次全国动物遗传育种学术讨论会论文集[C];2009年

2 李炯;段德民;郑克孝;;新型非标记高通量microRNA芯片技术[A];第一届全国生物物理化学会议暨生物物理化学发展战略研讨会论文摘要集[C];2010年

3 徐晨;鲍坚强;李定;郭强苏;;microRNA-449在小鼠精子发生过程中的作用研究[A];中国解剖学会2011年年会论文文摘汇编[C];2011年

4 李道传;王庆;杨萍;唐石伏;李志芳;肖勇梅;魏青;张波;陈雯;;microRNA在细胞转化中的表达差异[A];中国毒理学会生化与分子毒理专业委员会第六届全国学术会议、中国毒理学会遗传毒理专业委员会第五届全国学术会议、广东省预防医学会卫生毒理专业委员会学术会议、广东省环境诱变剂学会学术会议论文汇编[C];2008年

5 ;Induced cardiac myocytes apoptosis in vitro by micro RNA-122 overexpression[A];第十三次全国心血管病学术会议论文集[C];2011年

6 罗维;林宇翔;绳纪坡;于芳;胡宝成;;靶向细胞外基质磷酸糖蛋白的microRNA的筛选及鉴定[A];第二届模式生物与人类健康研讨会会议论文集[C];2012年

7 ;microRNA-19a,a Novel Prognosis Predictor of Hepatocellular Carcinoma Following Liver Transplantation,Suppresses Cancer Metastasis by Down-Regulating SOX4[A];2012中国器官移植大会论文汇编[C];2012年

8 任雪峰;Dan GAILE;宫志宏;葛怡琛;黄陈平;闫洪涛;邬红梅;;砷对大鼠肝microRNA表达的影响[A];中国毒理学会第六届全国毒理学大会论文摘要[C];2013年

9 刘咏梅;王阶;;心血管疾病相关microRNA的研究进展[A];第十次中国中西医结合学会心血管病学术大会暨第五次江西省中西医结合学会心血管病学术大会论文汇编[C];2010年

10 巩丽颖;孙开来;;两种microRNA在先心病心肌组织中的表达[A];中国的遗传学研究——遗传学进步推动中国西部经济与社会发展——2011年中国遗传学会大会论文摘要汇编[C];2011年

中国重要报纸全文数据库 前4条

1 陈英云 乔蕤琳;[N];黑龙江经济报;2010年

2 记者 陈青;[N];文汇报;2011年

3 特约记者 肖鑫 记者 唐先武;[N];科技日报;2011年

4 记者 顾泳;[N];解放日报;2011年

中国知网广告投放

甜高粱茎秆糖积累期microRNA及基因表达谱分析

《中国学术期刊(光盘版)》电子杂志社有限公司
同方知网数字出版技术股份有限公司
地址:北京清华大学 84-48信箱 大众知识服务
京ICP证040441号
互联网出版许可证 新出网证(京)字008号
出版物经营许可证 新出发京批字第直0595号

订购热线:400-819-9993 010-62982499
服务热线:010-62985026 010-62791813
在线咨询:
传真:010-62780361
京公网安备11010802020475号



  本文关键词:甜高粱茎秆糖积累期microRNA及基因表达谱分析,由笔耕文化传播整理发布。



本文编号:167406

资料下载
论文发表

本文链接:https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/167406.html


Copyright(c)文论论文网All Rights Reserved | 网站地图 |

版权申明:资料由用户85679***提供,本站仅收录摘要或目录,作者需要删除请E-mail邮箱bigeng88@qq.com