H9N2亚型AIV对NDV致病性的影响及鸡SOCS3蛋白在NDV感染中的作用研究
发布时间：2024-02-28 22:23
禽流感(Avian Influenza,AI)和新城疫(Newcastle Disease,ND)分别是由禽流感病毒(Avian Influenza virus,AIV)和新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起的,是危害家禽养殖业两大最主要的烈性传染病,可引起家禽100%发病和死亡,被世界动物卫生组织(Office International Des Epizooties,OIE)和我国农业部分别列为法定报告疫病和一类传染病。广东省地处我国东南沿海,拥有温暖湿润的气候、大面积的湿地、发达的养殖业和大量的活禽交易市场,这些因素为病毒的传播提供了有利的条件。为了控制AI和ND的发生,我们采取了密集的免疫措施,但AI和ND仍然偶有发生。为了及时了解危害我国广东省家禽养殖业AIV和NDV的流行情况,我们在广东省收集疑似AIV和NDV感染家禽的组织病料,进行病毒分离鉴定,并研究代表毒株对其易感宿主SPF鸡的致病性和传播特性。本研究中,从广东省各地区收集疑似AIV和NDV感染家禽的组织病料,共分离鉴定13株H5N6亚型高致病性AIVs(High pathogeni...
【文章页数】：130 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要 Abstract 常用缩写词 第一章前言
1.1 研究背景
1.1.1 禽流感概述
1.1.1.1 H5亚型AIVs的流行情况
1.1.1.2 H7N9亚型AIVs流行情况
1.1.1.3 H9N2亚型AIVs的流行情况
1.1.2 新城疫概述
1.1.2.1 NDV的分类
1.1.2.2 NDV的流行情况
1.1.2.3 NDV的结构
1.1.3 AIV与NDV混合感染
1.1.4 病毒逃逸宿主免疫反应
1.1.4.1 SOCS3简介
1.2 研究目的与意义 第二章 广东省AIV与NDV流行病学调查
2.1 引言
2.2 实验材料
2.2.1 实验动物
2.2.2 主要试剂
2.2.3 主要仪器
2.2.4 主要分子生物学试剂
2.2.5 分子生物学软件
2.2.6 样本收集
2.3 实验方法
2.3.1 AIV与NDV分离鉴定
2.3.2 病毒RNA的提取及cDNA合成
2.3.3 引物设计与合成
2.3.4 PCR(Polymerase chain reaction)鉴定及产物的纯化
2.3.5 目的基因的连接转化及序列测定
2.3.6 序列分析
2.3.7 H5N6和H7N9亚型HPAIV对SPF鸡致病性和水平传播能力的研究
2.4 结果与分析
2.4.1 病毒分离鉴定
2.4.2 H5N6亚型AIVs的HA与NA基因进化分析
2.4.3 H7N9亚型AIVs的HA与NA基因进化分析
2.4.4 H9N2亚型AIVs的HA与NA基因进化分析
2.4.5 NDVs的F基因进化分析
2.4.6 H5N6和H7N9亚型HPAIV对SPF鸡致病性和传播性分析
2.5 小结 第三章 H9N2亚型AIV感染影响vNDV对SPF鸡的致病性
3.1 引言
3.2 实验材料
3.2.1 毒株
3.2.2 鸡胚及实验动物
3.2.3 主要分子生物学试剂
3.2.4 主要仪器
3.2.5 主要分子生物学软件
3.3 实验方法
3.3.1 病毒EID50的测定
3.3.2 rGM株LD50的测定
3.3.3 实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR, qRT-PCR)
3.3.4 H9N2亚型AIV与vNDV的共感染SPF鸡试验
3.3.5 肺脏病理切片的制备
3.3.6 组织中NDV滴度检测
3.3.7 NDV排毒情况的检测
3.3.8 HI试验
3.4 结果与分析
3.4.1 病毒EID50及LD50的测定
3.4.2 感染组临床症状和存活状况的统计
3.4.3 病理损伤观察
3.4.4 攻毒组中NDV组织分布情况
3.4.5 NDV排毒检测
3.4.6 NDV的HI抗体
3.5 小结 第四章 H9N2亚型AIV与vNDV共感染SPF鸡肺脏转录组学的研究
4.1 引言
4.2 实验材料
4.2.1 毒株和实验动物
4.2.2 主要试剂
4.2.3 主要仪器
4.2.4 主要软件
4.3 实验方法
4.3.1 病毒感染及肺脏的采集
4.3.2 肺脏总RNA的提取
4.3.3 文库构建及转录组测序(RNA-seq)
4.3.4 测序评估
4.3.5 比对统计
4.3.6 基因统计分析
4.3.7 DEGs的Heatmap分析
4.3.8 KEGG Pathway分析
4.3.9 GO显著性富集分析
4.3.10 qRT-PCR验证转录组结果
4.4 结果与分析
4.4.1 样本的重复性检测
4.4.2 基因表达数的统计
4.4.3 DEGs的GO分析
4.4.4 DEGs的KEGG Pathway分析
4.4.5 宿主抗病毒反应DEGs的聚类分析
4.4.6 qRT-PCR验证RNA-Seq结果
4.5 小结 第五章 鸡SOCS3蛋白在NDV复制过程中的作用研究
5.1 引言
5.2 实验材料
5.2.1 病毒与细胞
5.2.2 感受态细胞和载体
5.2.3 鸡胚与实验动物
5.2.4 主要试剂
5.2.5 主要试剂配方
5.2.6 主要仪器
5.3 实验方法
5.3.1 引物设计
5.3.2 鸡SOCS3基因的组织分布
5.3.3 蛋白免疫印迹(Western blot)动态分析NDV体外感染对SOCS3蛋白表达的影响
5.3.4 鸡SOCS3基因真核表达质粒的构建及蛋白表达
5.3.4.1 鸡SOCS3基因真核表达质粒的构建
5.3.4.2 转染
5.3.4.3 重组鸡SOCS3蛋白过表达的鉴定
5.3.5 体外过表达鸡SOCS3蛋白对NDV复制的影响
5.3.6 siRNA干扰DF-1 细胞中SOCS3基因的表达对NDV复制的影响
5.3.7 BAY11-7082 对NDV诱导SOCS3蛋白表达的影响
5.3.8 数据处理与分析
5.4 结果与分析
5.4.1 鸡SOCS3蛋白介导NDV感染过程中的蛋白互作网络
5.4.2 鸡SOCS3基因的组织分布
5.4.3 NDV体外感染可诱导鸡SOCS3蛋白的表达
5.4.4 鸡SOCS3基因的真核表达
5.4.4.1 携带鸡SOCS3基因的真核表达质粒序列测定结果分析
5.4.4.2 荧光显微镜下观察真核表达产物
5.4.4.3 重组SOCS3蛋白的Western blot鉴定
5.4.5 过表达鸡SOCS3蛋白对NDV增殖的影响
5.4.6 siRNA干扰SOCS3基因表达影响NDV在DF-1 细胞上增殖
5.4.7 干扰DF-1细胞中的SOCS3基因表达可促进干扰素刺激因子的表达
5.4.8 NDV感染可通过NF-κB信号通路调控SOCS3蛋白的表达
5.5 小结 第六章 全文讨论和总结
6.1 全文讨论
6.1.1 AIV与NDV在广东省流行病学的分析
6.1.2 H9N2亚型AIV感染影响v NDV对SPF鸡的致病性
6.1.3 H9N2亚型AIV与NDV共感染SPF鸡的肺脏转录组学的分析
6.1.4 SOCS3蛋白介导NDV复制过程
6.2 全文总结 致谢 参考文献 附录A：攻读博士期间发表文章 附录B：参加的学术会议
本文编号：3914068
【文章页数】：130 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要 Abstract 常用缩写词 第一章前言
1.1 研究背景
1.1.1 禽流感概述
1.1.1.1 H5亚型AIVs的流行情况
1.1.1.2 H7N9亚型AIVs流行情况
1.1.1.3 H9N2亚型AIVs的流行情况
1.1.2 新城疫概述
1.1.2.1 NDV的分类
1.1.2.2 NDV的流行情况
1.1.2.3 NDV的结构
1.1.3 AIV与NDV混合感染
1.1.4 病毒逃逸宿主免疫反应
1.1.4.1 SOCS3简介
1.2 研究目的与意义 第二章 广东省AIV与NDV流行病学调查
2.1 引言
2.2 实验材料
2.2.1 实验动物
2.2.2 主要试剂
2.2.3 主要仪器
2.2.4 主要分子生物学试剂
2.2.5 分子生物学软件
2.2.6 样本收集
2.3 实验方法
2.3.1 AIV与NDV分离鉴定
2.3.2 病毒RNA的提取及cDNA合成
2.3.3 引物设计与合成
2.3.4 PCR(Polymerase chain reaction)鉴定及产物的纯化
2.3.5 目的基因的连接转化及序列测定
2.3.6 序列分析
2.3.7 H5N6和H7N9亚型HPAIV对SPF鸡致病性和水平传播能力的研究
2.4 结果与分析
2.4.1 病毒分离鉴定
2.4.2 H5N6亚型AIVs的HA与NA基因进化分析
2.4.3 H7N9亚型AIVs的HA与NA基因进化分析
2.4.4 H9N2亚型AIVs的HA与NA基因进化分析
2.4.5 NDVs的F基因进化分析
2.4.6 H5N6和H7N9亚型HPAIV对SPF鸡致病性和传播性分析
2.5 小结 第三章 H9N2亚型AIV感染影响vNDV对SPF鸡的致病性
3.1 引言
3.2 实验材料
3.2.1 毒株
3.2.2 鸡胚及实验动物
3.2.3 主要分子生物学试剂
3.2.4 主要仪器
3.2.5 主要分子生物学软件
3.3 实验方法
3.3.1 病毒EID50的测定
3.3.2 rGM株LD50的测定
3.3.3 实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR, qRT-PCR)
3.3.4 H9N2亚型AIV与vNDV的共感染SPF鸡试验
3.3.5 肺脏病理切片的制备
3.3.6 组织中NDV滴度检测
3.3.7 NDV排毒情况的检测
3.3.8 HI试验
3.4 结果与分析
3.4.1 病毒EID50及LD50的测定
3.4.2 感染组临床症状和存活状况的统计
3.4.3 病理损伤观察
3.4.4 攻毒组中NDV组织分布情况
3.4.5 NDV排毒检测
3.4.6 NDV的HI抗体
3.5 小结 第四章 H9N2亚型AIV与vNDV共感染SPF鸡肺脏转录组学的研究
4.1 引言
4.2 实验材料
4.2.1 毒株和实验动物
4.2.2 主要试剂
4.2.3 主要仪器
4.2.4 主要软件
4.3 实验方法
4.3.1 病毒感染及肺脏的采集
4.3.2 肺脏总RNA的提取
4.3.3 文库构建及转录组测序(RNA-seq)
4.3.4 测序评估
4.3.5 比对统计
4.3.6 基因统计分析
4.3.7 DEGs的Heatmap分析
4.3.8 KEGG Pathway分析
4.3.9 GO显著性富集分析
4.3.10 qRT-PCR验证转录组结果
4.4 结果与分析
4.4.1 样本的重复性检测
4.4.2 基因表达数的统计
4.4.3 DEGs的GO分析
4.4.4 DEGs的KEGG Pathway分析
4.4.5 宿主抗病毒反应DEGs的聚类分析
4.4.6 qRT-PCR验证RNA-Seq结果
4.5 小结 第五章 鸡SOCS3蛋白在NDV复制过程中的作用研究
5.1 引言
5.2 实验材料
5.2.1 病毒与细胞
5.2.2 感受态细胞和载体
5.2.3 鸡胚与实验动物
5.2.4 主要试剂
5.2.5 主要试剂配方
5.2.6 主要仪器
5.3 实验方法
5.3.1 引物设计
5.3.2 鸡SOCS3基因的组织分布
5.3.3 蛋白免疫印迹(Western blot)动态分析NDV体外感染对SOCS3蛋白表达的影响
5.3.4 鸡SOCS3基因真核表达质粒的构建及蛋白表达
5.3.4.1 鸡SOCS3基因真核表达质粒的构建
5.3.4.2 转染
5.3.4.3 重组鸡SOCS3蛋白过表达的鉴定
5.3.5 体外过表达鸡SOCS3蛋白对NDV复制的影响
5.3.6 siRNA干扰DF-1 细胞中SOCS3基因的表达对NDV复制的影响
5.3.7 BAY11-7082 对NDV诱导SOCS3蛋白表达的影响
5.3.8 数据处理与分析
5.4 结果与分析
5.4.1 鸡SOCS3蛋白介导NDV感染过程中的蛋白互作网络
5.4.2 鸡SOCS3基因的组织分布
5.4.3 NDV体外感染可诱导鸡SOCS3蛋白的表达
5.4.4 鸡SOCS3基因的真核表达
5.4.4.1 携带鸡SOCS3基因的真核表达质粒序列测定结果分析
5.4.4.2 荧光显微镜下观察真核表达产物
5.4.4.3 重组SOCS3蛋白的Western blot鉴定
5.4.5 过表达鸡SOCS3蛋白对NDV增殖的影响
5.4.6 siRNA干扰SOCS3基因表达影响NDV在DF-1 细胞上增殖
5.4.7 干扰DF-1细胞中的SOCS3基因表达可促进干扰素刺激因子的表达
5.4.8 NDV感染可通过NF-κB信号通路调控SOCS3蛋白的表达
5.5 小结 第六章 全文讨论和总结
6.1 全文讨论
6.1.1 AIV与NDV在广东省流行病学的分析
6.1.2 H9N2亚型AIV感染影响v NDV对SPF鸡的致病性
6.1.3 H9N2亚型AIV与NDV共感染SPF鸡的肺脏转录组学的分析
6.1.4 SOCS3蛋白介导NDV复制过程
6.2 全文总结 致谢 参考文献 附录A：攻读博士期间发表文章 附录B：参加的学术会议
本文编号：3914068
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/nykjbs/3914068.html