细粒棘球绦虫Rad54基因的生物学分析及其在不同发育阶段表达检测

发布时间：2021-04-29 06:27

　　目的对EgRad54基因进行生物信息学分析,并对细粒棘球绦虫不同发育阶段的表达情况进行检测分析。方法克隆EgRad54基因并对编码产物的理化性质、二、三维结构进行预测和分析;采用MEGA5.0软件构建系统进化树并进行分析;采用qRT-PCR检测细粒棘球绦虫不同发育阶段的EgRad54 mRNA的表达水平。结果 EgRad54基因开放阅读框长度为1 714 bp,NCBI blast比对显示其序列与原始序列相似性为100%,DNAMAN比对相似性为95.40%;EgRad54蛋白含有581个氨基酸,相对分子质量为65.520 45×10³,理论等电点为8.91;在EgRad54蛋白二级结构中,ɑ-螺旋占44.41%,β-折叠占13.25%,β-转角占6.37%,无规则卷曲占35.97%;三级结构选择123i.A模型,GMQE为0.78,QMEAN为-3.51,序列相似度为69.33%,覆盖率为85.20%;进化树显示EgRad54基因与多房棘球蚴亲缘关系较近;以未消化原头蚴组作为对照组,qRT-PCR检测胃蛋白酶消化原头蚴组和囊泡组Rad54基因相对表达量分别为1.... 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2019,14(11)北大核心CSCD

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
材料与方法
    1 材料
    2 方法
        2.1 标本收集
        2.2 总RNA提取及cDNA逆转录
        2.3 基因克隆与测序
        2.4 EgRad54基因编码蛋白生物信息学分析
            2.4.1 理化性质预测
            2.4.2 二级结构和三级结构分析[5]
            2.4.3 EgRad54蛋白多序列比对与进化树的构建[6-7]
            2.4.4 不同发育阶段Rad54基因表达检测
        2.5 统计学分析
结 果
    1 EgRad54基因克隆
    2 EgRad54蛋白理化性质
    3 EgRad54蛋白结构
    4 Rad54蛋白多序列比对和进化树分析
    5 Rad54基因表达分析
讨 论


【参考文献】：
期刊论文
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[2]甘氨鹅脱氧胆酸对体外细粒棘球蚴原头节活力及ROS影响[J]. 汤光耀,姜玉峰,吕海龙,李佳洁,杨仁坦,秦文娟,马斌,马容基,王麟尧,陈琳,许雅.  中国人兽共患病学报. 2018(07)
[3]核糖体蛋白S6激酶β1的分子结构和理化性质分析[J]. 刘畅,刘安.  生物信息学. 2018(01)
[4]HCV NS2对细胞凋亡及DNA损伤应答信号的影响[J]. 赵玫,任来峰,王艳峰,杨万霞,宋静,陈思思,任云青,苏文.  中国病原生物学杂志. 2018(01)
[5]青蒿琥酯体外抗细粒棘球蚴活性氧对DNA作用机制影响的研究[J]. 郑海亚,文丽梅,吕国栋,卢帅,李亚芬,郑璇,木扎拜尔·木合地尔,赵军,王建华.  中国病原生物学杂志. 2017(08)
[6]包虫病病原在我国的流行现状及成因分析[J]. 刘平,李金花,李印,康京丽,戴琪,赵娜,孙向东.  中国动物检疫. 2016(01)
[7]DNA双链断裂与同源重组修复的研究进展[J]. 董隽,张天,文碧秀.  中国医学创新. 2015(03)
[8]细粒棘球绦虫核糖体蛋白S9基因克隆鉴定及其在不同发育阶段表达分析[J]. 肖云峰,刘辉,吕国栋,赵军,高惠静,李娟,王建华.  中国病原生物学杂志. 2014(02)

博士论文
[1]DNA双链断裂修复信号通路选择的分子机制研究[D]. 娄江曼.浙江大学 2018

硕士论文
[1]我国棘球蚴病疾病负担分析[D]. 张梦媛.中国疾病预防控制中心 2017



本文编号：3167027