近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10的转录组差异研究

发布时间：2021-07-21 18:13

　　目的:对近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10进行转录组测序,对比其转录组差异,发现免疫反应相关差异基因,为药物体内活性评价动物选择提供参考。方法:采用Illumina Hiseq 2000测序平台进行测序,通过短序列分析获取转录本,通过基因功能分类（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库进行测序结果分析。结果:获得38 553 614个C57BL/6小鼠的原始序列和37 721 318个C57BL/10小鼠的原始序列。获得118 002个转录本,注释了46 193个差异基因。38 106个转录本注释到2 196个GO分类中,GO分类主要分为3类:细胞成分,分子功能和生物过程。1 600个转录本注释到254个KEGG通路中。另外,发现了4 651个单核苷酸（SNP）位点。结论:通过二代测序方法发现近交系小鼠C57BL/6和C57BL/10转录组存在显著差异基因。在KEGG通路分析中筛选了一系列与小鼠免疫应答相关的差异基因,为建立小鼠免疫评价模型积累了数据,对药物实验动物体内活性检测分析具有参考意义,为生物制品评价用实验动物的标准化提供技术支撑。 

【文章来源】：药物分析杂志. 2016,36(03)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1材料与方法
    1.1动物收集和RNA提取
    1.2 转录组测序文库准备
    1.3 聚类和测序
    1.4数据分析
        1.4.1质量控制
        1.4.2序列对应到参考基因组
        1.4.3基因表达水平定量
        1.4.4差异表达分析
        1.4.5差异表达基因的GO和KEGG富集
2结果与讨论
3 小结



本文编号：3295525