2014-2018年云南省文山州柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析

发布时间：2023-12-08 19:49

　　目的对2014-2018年云南省文山州从手足口病病例中分离的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CV-A10)完整VP1区基因(894 bp)进行基因特征分析。方法用486/488和487/489引物扩增CV-A10 VP1区5′端和3′端基因,用Sequencher 4.0软件对序列进行拼接和编辑,得到CV-A10 VP1区全序,并将测得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对,构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析。结果 2014-2018年云南省文山州手足口病实验室监测系统从2 774份标本中分离到197株肠道病毒阳性标本,病毒分离率为7.10%(197/2 774),其中检出8株CV-A10。基于VP1分型,8株毒株序列均为基因型C,其中4株为分支1;2株为分支2;2株为分支3。8株毒株VP1序列的核苷酸一致性为93.07%～94.10%,氨基酸一致性为97.74%～98.41%,与原型株Kowalik(基因库编号:AF081300)的核苷酸一致性为76.01%～76.65%,氨基酸一致性为91.78%～92.26%。结论 2014-2018年云南省...

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 标本来源
    1.2 病毒分离
    1.3 病毒RNA提取
    1.4 RT-PCR和病毒型别鉴定
    1.5 CV-A10病毒VP1区基因参考序列的选择
    1.6 病毒遗传系统进化树分析
2 结 果
    2.1 病毒总体分离情况
    2.2 CV-A10分离情况
    2.3 CV-A10文山分离株的基因特征
    2.4 CV-A10各基因型之间的基因差异
    2.5 文山CV-A10 3个分支之间的基因差异及与原型株Kowalik的比较
3 讨 论



本文编号：3871043