结核与非结核分枝杆菌感染者血浆差异表达microRNA的初步筛选与功能分析

发布时间：2017-04-13 02:02

  本文关键词：结核与非结核分枝杆菌感染者血浆差异表达microRNA的初步筛选与功能分析，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：目的结核分枝杆菌(tuberculosismycobacterium,MTB)与非结核分枝杆菌(nontuberculosismycobacterium,NTM)感染肺部疾病患者相比,NTM感染的肺部疾病患者血浆中差异表达micro RNA(mi RNA)的筛选及验证,并对差异表达mi RNA调控的靶基因及其参与的生物学功能进行分析。方法1研究对象选择:收集唐山市第四医院与石家庄第五医院2013.10-2014.10期间就诊的符合要求的NTM感染肺部疾病患者19例作为NTM组,MTB感染肺部疾病患者37例作为MTB组,取得研究对象知情同意后取其血浆标本并进行一般情况调查。从每组中各选取6例研究对象用于芯片筛选;其余研究对象用于Real-time PCR(RT-q PCR)验证。2 NTM感染患者血浆中差异表达mi RNA筛选及验证:(1)采用Taq Man低密度芯片技术检测mi RNA的表达水平,根据校正后的两个样本间杂交信号强度的比值进行选择,比值大于1.8表示差异表达上调,小于0.7表示差异表达下调。(2)采用RT-q PCR技术验证芯片筛选结果,两组间mi RNA表达水平的比较采用两独立样本的t检验,以P0.05为统计学显著性差异标准。两组差异表达mi RNA的相对表达量用2-△△Ct方法进行计算,2-△△Ct大于1表示表达上调,2-△△Ct小于1表示表达下调。3差异表达mi RNA靶基因的预测及功能分析:通过mi Randa、Target Scan和mi Rwalk三个数据库联合对NTM组差异表达mi RNA的靶基因进行预测。基于Gene Ontology数据库对靶基因进行功能预测,利用Fisher精确检验的统计方法计算每个GO中靶基因的显著性,以P-value0.05作为判断标准。4统计学分析方法:对研究对象一般情况采用SPSS17.0进行统计分析,其中年龄变量采用两独立样本t检验,分类资料采用两独立样本2c检验,以P0.05为统计学显著性差异标准。结果1 NTM组差异表达mi RNA筛选及RT-qPCR验证:(1)NTM组差异表达mi RNA筛选:根据以下三个标准,本研究共筛选出差异表达mi RNA 11个,包括上调mi RNA 8个,分别为hsa-mi R-26a,hsa-mi R-24,hsa-mi R-222,hsa-mi R-191,hsa-mi R-155,hsa-mi R-126,hsa-mi R-122,hsa-let-7b;下调mi RNA 3个,分别为hsa-mi R-767-3p、hsa-mi R-1283、hsa-mi R-1281。筛选标准:①芯片初步筛选中上调或下调倍数较大的mi RNA;②参考既往各种感染性疾病中相关mi RNA研究报道;③被Target Scan、mi Rwalk和mi Randa databases数据库同时验证过,且在调控网络中功能较为突出。(2)RT-q PCR验证结果:结合芯片筛选结果及以往研究报道,选取其中上调倍数最大的3个mi RNA和全部3个下调mi RNA进行验证,分别为has-let-7b、has-mi R-155、has-mi R-26a、has-mi R-1281、has-mi R-1283、hasmi R-767。RT-q PCR验证结果与芯片筛选结果一致。2靶基因预测及功能分析:(1)上调的mi RNA调控了关键基因23个;下调的mi RNA调控了关键基因59个。主要调控以下三方面的生物学功能:①通过固有免疫应答和调控噬菌溶酶体对病菌的吞噬作用而参与炎性反应的调节;②通过相关信号通路影响细胞周期而诱导细胞凋亡影响疾病的进程;③通过调控细胞的浸润转移影响NTM患病的进展。(2)靶基因Gene Ontology分析结果:8个上调的mi RNA主要调节42个信号功能通路,主要通过调控蛋白激酶和糖质新生等过程参与炎症反应;3个下调mi RNA主要调节8个信号功能通路,主要通过调控代谢通路及信号转导通路参与细胞凋亡等过程。结论1与MTB感染组比较,NTM组感染者血浆中存在11个差异表达mi RNA,其中8个上调mi RNA,3个下调mi RNA。2 NTM组差异表达mi RNA主要参与调控炎性反应、细胞凋亡和细胞的浸润转移。
【关键词】：microRNA NTM MTB 基因芯片 功能分析
【学位授予单位】：华北理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R52
【目录】：

• 摘要4-6
• abstract6-10
• 引言10-12
• 第1章 结核与非结核分枝杆菌感染者血浆差异表达micro RNA的初步筛选与功能分析12-45
• 1.1 研究内容与方法12-17
• 1.1.1 主要材料12
• 1.1.2 研究对象的选择及血浆标本的选取12-13
• 1.1.3 差异表达mi RNA筛选及验证13-16
• 1.1.4 靶基因预测及功能分析16-17
• 1.1.5 统计分析17
• 1.2 结果17-31
• 1.2.1 研究对象一般情况17-18
• 1.2.2 差异表达mi RNA筛选结果及验证18-24
• 1.2.3 差异表达mi RNA靶基因预测分析24-31
• 1.3 讨论31-39
• 1.4 小结39
• 参考文献39-45
• 第2章 综述45-56
• 2.1 NTM和MTB流行现况及诊断研究进展46-48
• 2.1.1 分枝杆菌感染肺部疾病流行现状46-47
• 2.1.2 分枝杆菌检测方法研究现况47-48
• 2.2 MTB感染结核病与NTM结核分枝杆菌鉴别诊断研究现况48-49
• 2.3 mi RNA及其在疾病诊断中的应用49-50
• 2.3.1 mi RNA的生物学功能49
• 2.3.2 mi RNA作为疾病诊断的生物标志物的优势49-50
• 2.4 mi RNA在MTB和NTM感染肺病诊断中的应用50-52
• 参考文献52-56
• 结论56-57
• 致谢57-58
• 导师简介58-59
• 作者简介59-60
• 学位论文数据集60

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 陈菲菲;王春芳;钱爱东;;非结核性分支杆菌的致病性及其鉴定方法[J];中国畜牧兽医;2013年01期

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本文编号：302521