基于生物信息技术对代谢酶基因多态性与肺癌易感性关系的研究

发布时间：2017-05-05 14:19

  本文关键词：基于生物信息技术对代谢酶基因多态性与肺癌易感性关系的研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：摘要：国内外对于代谢酶的基因多态性与肺癌易感性有很多研究报道,但结果不一致。本文基于生物信息技术研究Ⅰ相代谢酶CYP2A6、CYP1A1、CYP2D6的基因多态性在湖南汉族人群中的分布频率,探讨其基因多态性与肺癌易感性之间的关系。旨在为确定肺癌易感性遗传标记,为肺癌的病因学研究和早期预防提供一定的实验研究依据。 本文采取病例-对照研究方法,选取湖南省汉族168例肺癌患者及201例健康者作为对照,用蛋白酶K消化法提取外周血基因组DNA,用Primer Premier5.0软件设计PCR引物,采用两步法等位基因特异性PCR分析CYP2A6的基因多态性；采取PCR及PCR-RFLP技术检测代谢酶CYP1A1、CYP2D6基因型。对测序结果采用Chromas version2.22软件进行分析。对收集的数据采用SPSS16.0进行统计学分析,用χ2检验基因型的频率在正常对照组和肺癌组之间的分布差异,并进行多因素非条件logistic回归分析；采用MDR Soft-ware程序包(2.0_Beta版)进行基因-基因交互分析。 研究结果表明,病例组和对照组之间CYP2A6基因型：野生型(WW),杂合型缺失(WD)和缺失基因型(DD)的频率没有显著差异(P0.05)；病例组和对照组之间CYP1A1, CYP2D6的野生型(WW),突变型(MM)和杂合突变型(WM)的基因频率无显著性差异(P0.05)。然后进行多因素非条件logistic回归分析,CYP2A6、CYP1A1、CYP2D6基因多态性与肺癌患病风险无明显相关性。利用MDR(多因子降维分析法)检测环境与3个基因之间的交互作用,结果显示：CYP2A6、CYP1A1、CYP2D6三基因座交互模型为最佳模型,具有统计学意义(P值0.0004),交叉验证一致性10/10,检验样本准确度0.572。中国湖南汉族人群CYP2A6、 CYP1A1、CYP2D6三个基因不存在独立效应,但是存在三阶交互作用。CYP2A6、CYP1A1、CYP2D6基因型的改变对肺癌的发生不存在独立效应,但是,CYP2A6、CYP1A1、CYP2D6之间具有交互作用,增加肺癌遗传易感性。
【关键词】：细胞色素P450 生物信息技术 基因多态性 肺癌 遗传易感性
【学位授予单位】：中南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：R734.2;Q811.4
【目录】：

• 摘要4-6
• Abstract6-10
• 符号说明10-11
• 1 绪论11-15
• 1.1 研究背景11-12
• 1.2 国内外研究现状12-13
• 1.3 研究内容与意义13-14
• 1.4 本论文的组织结构14-15
• 2 提取基因组DNA15-19
• 2.1 样本收集15-16
• 2.2 主要仪器设备、试剂及生产厂家16-17
• 2.3 基因组DNA提取17-18
• 2.4 小结18-19
• 3. 采用PRIMER PREMIER 5.0软件设计PCR引物技术控制19-27
• 3.1 采用PRIMER PREMIER软件设计PCR引物的流程19-20
• 3.2 采用PRIMER PREMIER 5.0软件设计PCR引物具体的步骤及技巧20-24
• 3.3 三个基因引物的核苷酸序列24-25
• 3.4 扩增的三个基因目的序列25-26
• 3.5 小结26-27
• 4 三个代谢酶基因多态位点的检测27-34
• 4.1 三个代谢酶基因的基因型检测27-33
• 4.1.1 CYP2A6基因多态性分析27-30
• 4.1.2 CYP1A1基因MspⅠ多态分析30-31
• 4.1.3 CYP2D6基因多态性分析31-33
• 4.2 小结33-34
• 5 采用CHROMAS VERSION 2.22软件分析基因测序结果34-40
• 5.1 采用软件分析测序结果34-39
• 5.1.1 CYP2A6基因第二次PCR产物测序结果34-35
• 5.1.2 CYP1A1基因PCR产物测序结果35-37
• 5.1.3 CYP2D6基因PCR产物测序结果37-39
• 5.2 小结39-40
• 6 运用生物信息软件进行统计学分析40-49
• 6.1 代谢酶基因多态的分布与肺癌患病风险的关系41-48
• 6.1.1 对照组中基因型H-W平衡检验41
• 6.1.2 代谢酶CYP2A6基因多态的分布与肺癌患病风险的关系41-43
• 6.1.3 代谢酶CYP1A1基因多态的分布与肺癌患病风险的关系43-45
• 6.1.4 代谢酶CYP2D6基因多态的分布与肺癌患病风险的关系45-47
• 6.1.5 利用MDR检测3个基因之间的交互作用47-48
• 6.2 小结48-49
• 7 工作总结与展望49-51
• 7.1 研究总结49-50
• 7.2 研究展望50-51
• 参考文献51-56
• 攻读硕士学位期间发表的SCI论文56-57
• 致谢57

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 张文慧;郭华;王伟利;刘明;钱爱东;;禽流感病毒H5亚型及H7亚型基因的引物设计与多重RT-PCR扩增[J];安徽农业科学;2008年16期

2 顾艳斐,张树才,赖百塘,汪惠,湛秀萍;代谢酶基因多态性与肺癌易感性关系的研究[J];中国肺癌杂志;2004年02期

3 郭占林,周清华,朱文,李代蓉,袁天柱,王艳萍,陈晓禾,刘伦旭,伍伫,杨俊杰;代谢酶CYP2D6基因多态性与肺癌易感性的病例对照研究[J];中国肺癌杂志;2005年02期

4 顾艳斐,张树才,赖百塘,湛秀萍,张毅;CYP2A6基因多态性与肺癌易感性关系的研究[J];中国肺癌杂志;2005年04期

  本文关键词：基于生物信息技术对代谢酶基因多态性与肺癌易感性关系的研究，由笔耕文化传播整理发布。

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本文编号：346524