基于迭代函数的生物序列图形表示及其应用

发布时间：2017-05-27 11:10

  本文关键词：基于迭代函数的生物序列图形表示及其应用，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：近年来，生物大分子序列数据的积累速度愈来愈快，简单方便的序列分析方法显得尤为重要。图形表示方法由于可视性好，容易给出数学描述等优点越来越得到研究者的关注。本文主要探讨使用迭代函数系统进行生物序列的图形表示时，两个参数,值的变化对图形的影响。 基于等参数==12和异参数=34,=12，我们给出了几种蛋白序列图形表示方法，引入了一些描述符用来比较蛋白序列间的相似性。并且将这些方法分别应用在8个不同物种的线粒体NADH脱氢酶亚基6(ND6)的蛋白序列、60株不同的禽流感病毒的HA蛋白序列以及9个不同物种的线粒体NADH脱氢酶亚基5(ND5)蛋白序列的相似性比较上。我们分析得出的结论与生物进化过程是一致的。应用相关系数及其显著性检验将本文方法的结果、其他图形表示方法得到的结果均与Clustal W算法得到的结果作比较，表明了我们方法的有效性。 由于蛋白序列中包含20个氨基酸，不利于分析,在图形表示中的意义，所以我们选取DNA序列来进行研究。对碱基,,,选取三种不同的映射方式，并且对每个映射方式都采用,分别取1/4、1/2、3/4、1和5/4组成的25种排列方式，共得到25种不同的迭代函数系统。选取人类的-globin基因的第一个外显子序列来对这25种不同的迭代公式得出的图形进行比较分析。分析得出，当为一固定值时，图形的L/L矩阵的最大特征值是恒定不变的。对于一条DNA序列，选取12个图形表示的L/L矩阵的最大特征值构造一个12维的向量。通过对这些向量之间的相似性比较对应DNA序列之间的相似性。最后，选取9个不同物种的-globin基因的第一个外显子序列进行相似性比较。
【关键词】：迭代函数系统 图形表示 蛋白质 DNA 相似性 L/L矩阵
【学位授予单位】：浙江理工大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2014
【分类号】：Q7
【目录】：

• 摘要4-5
• Abstract5-7
• 目录7-9
• 第一章 绪论9-20
• 1.1 生物序列的研究概况9-16
• 1.1.1 DNA 序列的图形表示9-12
• 1.1.2 蛋白序列的图形表示12-16
• 1.2 蛋白质图形表示的应用现状16-18
• 1.2.1 系统发育分析方面的应用16-17
• 1.2.2 膜蛋白预测方面的应用17-18
• 1.2.3 蛋白质结构分类方面的应用18
• 1.3 本文的主要研究工作及内容18-20
• 第二章 等参数迭代函数的蛋白质图表示20-37
• 2.1 蛋白序列的图形表示20-24
• 2.2 蛋白序列的数值刻画24-25
• 2.3 蛋白序列的相似性比较及其评估25-31
• 2.3.1 蛋白序列的相似性分析25-27
• 2.3.2 方法的可靠性分析27-31
• 2.4 H7N9 亚型禽流感病毒的进化分析31-36
• 2.4.1 H7N9 亚型禽流感病毒简介31-32
• 2.4.2 H7N9 的进化分析32-36
• 2.5 小结36-37
• 第三章 异参数迭代函数的蛋白质图表示37-48
• 3.1 蛋白序列的数值模型37-40
• 3.1.1 图形表示方法37-39
• 3.1.2 数值描述39-40
• 3.2 蛋白序列相似性分析40-41
• 3.3 蛋白序列的模糊聚类分析41-45
• 3.3.1 模糊数学理论简介42-43
• 3.3.2 模糊聚类分析的应用43-45
• 3.4 与现有的蛋白序列图表示方法的比较45-46
• 3.5 小结46-48
• 第四章 DNA 图形表示的迭代函数系统研究48-56
• 4.1 DNA 图形表示48-51
• 4.2 DNA 图形表示的应用51-54
• 4.3 小结54-56
• 第五章 总结与展望56-58
• 5.1 总结56-57
• 5.2 展望57-58
• 参考文献58-63
• 攻读硕士学位期间的研究成果63-64
• 致谢64

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前1条

1 何清;模糊聚类分析理论与应用研究进展[J];模糊系统与数学;1998年02期

中国博士学位论文全文数据库 前1条

1 解小莉;生物序列的分析方法及其进化模型研究[D];西北农林科技大学;2012年

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本文编号：399751