2型糖尿病患者视网膜病变差异基因表达的研究

发布时间：2023-06-03 21:27

　　目的通过GO功能显著性富集分析和pathway显著性富集分析筛选出2型糖尿病视网膜病变患者外周血白细胞中差异表达的基因。方法入组解放军903医院内分泌科住院的14例2型糖尿病患者,其中DR组8例,DM组6例。两组患者临床各检查结果无统计学差异。按照中度以上NPDR或PDR的8例T2DM患者纳入DR组,不存在DR的6例T2DM患者纳入DM组。分组后分别提取白细胞,获取RNA总体信息并鉴定质量,信息分析流程以及数据质控与过滤,进行基因覆盖度统计与表达量统计,基因差异表达分析,差异基因GO(Gene Ontology)功能分析和Pathway分析。本研究设定的差异标准:同时满足“均数的差异倍数≥2倍”和“中位数的差异倍数≥2倍”且P值<0.05条件的基因为在糖尿病视网膜病变过程中的差异基因。结果共计筛选出差异表达基因共26个,包括表达上调12个,下调14个。包括KGFLP2、RGPD1、IQSEC3、GAS1、PRSS57、OTUD6A、PCDH1、DACT3-AS1、SH2D1B、OR7D2、ZNF135、CDCA3、RASSF6、HSPA7、ABHD11-AS1、CCDC64B、S...

【文章页数】：73 页

【学位级别】：硕士

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英文摘要
1、引言(前言)
2、材料与方法
    2.1 研究对象
    2.2 实验仪器
    2.3 实验试剂
    2.4 实验路线和方法
        2.4.1 研究对象分组
        2.4.2 白细胞的提取
        2.4.3 获取RNA总体信息并鉴定质量
        2.4.4 信息分析流程以及数据质控与过滤
            2.4.4.1 信息分析流程
            2.4.4.2 数据质控与过滤
        2.4.5 基因覆盖度统计与表达量统计
        2.4.6 基因差异表达分析(DEGs)
        2.4.7 差异基因GO功能分析和Pathway分析
    2.5 统计学方法
3.结果
    3.1 研究对象的一般资料的统计学分析结果
    3.2 RNA质量检测结果
        3.2.1 RNA nanodrop质检合格报告
        3.2.2 安捷伦2100检测RNA完整度质检报告
        3.2.3 样本测序数据质量评估报告
        3.2.4 RNA-seq文库质检报告
    3.3 各个样本检测基因覆盖度与表达量统计
    3.4 数据的过滤
    3.5 DR与 DM两组间差异表达基因
    3.6 GO功能显著性富集分析
    3.7 Pathway显著性富集分析
4.讨论
    4.1 糖尿病视网膜病变的特点
    4.2 应用转录组学技术研究DR过程中的关键技术
    4.3 DR相关易感基因及其生物学功能分析
    4.4 研究中的不足与反思
    4.5 下一步研究设想
5.结论
参考文献
附录 本人简历
致谢
综述
    参考文献



本文编号：3830074