基于rDNA-ITS序列分析与培养法的正常眼表真菌群落结构及物种多样性研究

发布时间：2024-03-02 12:01

　　目的:真菌性角膜炎是一种严重威胁视力的感染性角膜疾病,众多相关研究侧重于其发病机制与治疗方法,然而对正常眼表真菌群落的结构与物种多样性知之甚少,本研究旨在通过高通量测序联合培养法来初步探索人类的正常眼表真菌群落的结构与物种多样性。方法:(1)共45名健康成年人纳入本研究,并采集受试者双眼结膜囊标本,每名受试者的双眼结膜囊标本分别随机分配至测序组与培养组。(2)测序组标本经DNA提取与检测、PCR扩增、产物纯化、文库制备与库检合格后进行Miseq上机测序。Miseq测序完成后,利用overlap将原始下机的双端数据进行拼接,经质控、嵌合体过滤后获得高质量有效数据,并进行97%的相似度聚类,根据最终的OTU丰度及代表序列进行物种注释、多样性分析。(3)培养组标本接种于沙氏琼脂培养基中,置27℃恒温箱培养4周,每日观察1次,根据菌落形态特征及显微镜下菌丝与孢子特征进行菌种鉴定。结果:(1)测序组45例标本中,共18例结膜囊标本建库合格,并进行后续的ITS测序。18例标本中共产生568285个原始数据,经质控、嵌合体过滤后获得518703个有效数据,根据97%的相似度聚类为467个不同的OTU...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
引言
材料与方法
    1 实验材料
        1.1 研究对象
        1.2 主要试剂及耗材
        1.3 主要设备和仪器
    2 实验方法
        2.1 取材方法
        2.2 真菌培养
        2.3 ITS测序
    3 生物信息分析
        3.1 数据拆分
        3.2 数据处理
        3.3 OTU聚类统计
        3.4 Alpha多样性分析
        3.5 物种分类注释与统计分析
结果
讨论
结论
参考文献
综述
    参考文献
攻读学位期间研究成果
缩略词表
致谢



本文编号：3916830